А в 1995 году три банкира предложили Черномырдину свои услуги в организации займа в 1,8 млрд долларов (правительство тогда, как обычно, очень нуждалось в деньгах). В качестве залога государство обязано было предоставить этой «троице» пакеты акций нефтяных предприятий. По итогу заключенного соглашения ЮКОС прибрал к рукам Ходорковский, нефтяная группа «Сиданко» досталась Потанину, а Смоленский обеспечил Борису Березовскому «Сибнефть». «Нефтяные бароны» тут же разделили территории влияния: Ходорковскому надлежало «делать деньги» в центре Сибири, на Средней Волге и в европейской части страны, Потанину – на Дальнем Востоке и северо-западе Сибири, а Березовскому – на юге Сибири.
Несмотря на то что «Менатеп» уже тогда был одной из самых мощных структур в стране, у Ходорковского оставалась нереализованная мечта: он хотел создать крупную транснациональную корпорацию, которая могла бы занять лидирующее положение в мировом масштабе.
В момент создания ЮКОСа и ОАО «Восточная нефтяная компания» (ВНК) обе организации представляли собой холдинг, в который входил ряд предприятий с реальными активами. В оба общества государство вложило контрольные пакеты акций нефтедобывающих предприятий, перерабатывающих заводов, структур, занимавшихся геологоразведкой, техническим обслуживанием, а также сбытом нефтепродуктов. Так В 1995–1997 годах «Менатеп» получил через подставные компании, формально не имевшие никакого отношения к Ходорковскому, 78 % акций ЮКОСа и 54 % акций ВНК. Но при этом, по сути, Ходорковский заплатил меньше реальной стоимости, обещал инвестиции, ничего не вложил, а когда цены на нефть стали расти, его новая структура стала подниматься, превратившись в компанию-миллиардера. Эта схема позволила ему получить полную власть над нефтяными владениями значительной части страны.
Во главе бизнеса встало ЗАО «Роспром», учрежденное «Менатепом» и управлявшее непосредственно ЮКОСом и ВНК. Далее Ходорковский осуществил трехступенчатую схему, которая формально не являлась уголовно наказуемой. Так, в 1997 году он продал акции тех компаний, контрольные пакеты акций которых были внесены государством в качестве оплаты своей доли уставного фонда в холдинги. В следующем году из подконтрольных предприятий были выведены ликвидные активы, после чего эти предприятия стали собственностью новосозданных ЗАО – как взнос в уставные капиталы. А в 1999 году бизнесмен осуществил последнюю часть своего замысла и продал контрольные пакеты созданных год назад ЗАО «сторонним» фирмам, которые на самом деле через цепочку офшоров замыкались на том же Роспроме. В результате ЮКОС и ВНК остались практически без активов, зато на них «повисла» вся задолженность уже не существующего холдинга. Даже если бы государство в тот момент захотело оспорить итоги приватизации, собрать по офшорным фирмам имущество еще недавно мощных компаний не получилось бы (судиться с зарубежными компаниями было бесполезно, ведь процесс проходил бы за границей). Как видим, с юридической точки зрения операция была проведена вполне законно, а связь между офшорными компаниями и «Роспромом» доказать не удалось бы.
Тем временем сам Ходорковский и не скрывал, что является первым официальным российским нефтяным олигархом и самым богатым человеком страны. Он также стал первым человеком в России, публично показавшим размеры своего личного состояния: в 2002 году выяснилось, что он является крупнейшим акционером гибралтарской Group MENATEP Limited (GML). Эта организация владела 61 % акций ЮКОСа, а доля Ходорковского в компании равнялась 7,8 млрд долларов.
При этом, как выяснилось потом, ЮКОС хотел также купить «Сибнефть», потом совместную компанию продать американцам. Если бы сделка состоялась, то к ним бы перешел контроль над третью российской нефти.
Однако в основу первого уголовного дела, возбужденного против основателя «Менатепа», была положена сделка с ОАО «Апатит», 20 % акций которого через подставные фирмы купил Ходорковский. Официальный собственник акций (фирма «Маяк») обещал вложить в комбинат около 36 млн долларов в течение двух лет, взяв на эту сумму кредит в «Менатепе» под 25 % годовых. Затем комбинат отказался от инвестирования. Российский федеральный фонд тут же затребовал возврата 10 % акций «Апатита» в госсобственность. Но сделать это так и не удалось, поскольку не только этот пакет, но и еще 60 % акций комбината к тому моменту разными путями уже «перекочевали» в руки австрийского банка Kreditanstalt, представлявшего интересы американского бизнесмена Кеннета Дарта.