В этих изменениях (патчах) предоставляются функции, которые в той или иной степени считаются коммерчески востребованными и способными тем самым обеспечить конкурентные преимущества на рынке. Иногда эти исправления принимаются в качестве основной ветви разработки. Фактически некоторые новые функции ядра изначально были разработаны компаниями-распространителями и, прежде чем стать частью основной ветки, появились в их дистрибутивах. Например, версия 3 журналируемой файловой системы Reiserfs была частью ряда дистрибутивов Linux задолго до того, как была принята в качестве основной ветки версии 2.4.
Итогом всех ранее упомянутых обстоятельств стали в основном незначительные различия в системах, предлагаемых разными компаниями-распространителями Linux. Это напоминает расхождения в реализациях в начальные годы существования UNIX, но в существенно меньших масштабах. В результате усилий по обеспечению совместимости между разными дистрибутивами Linux появился стандарт под названием Linux Standard Base (LSB) (http://www.linux-foundation.org/en/LSB). В рамках LSB был разработан и внедрен набор стандартов для систем Linux. Они обеспечивают возможность запуска двоичных приложений (то есть скомпилированных программ) на любой LSB-совместимой системе.
Двоичная портируемость, внедренная с помощью LSB, отличается от портируемости исходного кода, внедренной стандартом POSIX. Портируемость исходного кода означает возможность написания программы на языке C с ее последующей успешной компиляцией и запуском на любой POSIX-совместимой системе. Двоичная совместимость имеет куда более привередливый характер, и, как правило, она недостижима на различных аппаратных платформах. Она позволяет осуществлять однократную компиляцию на конкретной аппаратной платформе, после чего запускать откомпилированную программу в любой совместимой реализации, запущенной на этой аппаратной платформе. Двоичная портируемость является весьма важным требованием для коммерческой жизнеспособности приложений, созданных под Linux независимыми поставщиками программных продуктов — independent software vendor (ISV).
Впервые система UNIX была введена в эксплуатацию в 1969 году на мини-компьютере Digital PDP-7 Кеном Томпсоном из Bell Laboratories (подразделения AT&T). Множество идей было привнесено из ранее созданной системы MULTICS. К 1973 году UNIX была перенесена на мини-компьютер PDP-11 и переписана на C, языке программирования, разработанном и реализованном в Bell Laboratories Деннисом Ритчи (Dennis Ritchie). По закону не имея возможности продавать UNIX, компания AT&T за символическую плату распространяла полноценную систему среди университетов. Дистрибутив включал исходный код и стал весьма популярен в университетской среде. Это была недорогая операционная система, код которой можно было изучать и изменять как преподавателям, так и студентам, изучающим компьютерные технологии.
Ключевую роль в разработке UNIX сыграл Калифорнийский институт в Беркли. Там операционная система была расширена Кеном Томпсоном и несколькими студентами-выпускниками. К 1979 году университет создал собственный UNIX-дистрибутив под названием BSD. Он получил широкое распространение в академических кругах и стал основой для нескольких коммерческих реализаций.
Тем временем компания AT&T лишилась своего монопольного положения на рынке и занялась продажами системы UNIX. В результате появился еще один основной вариант UNIX под названием System V, который также послужил базой для нескольких коммерческих реализаций.
К разработке (GNU) Linux привели два разных проекта. Одним из них был GNU-проект, основанный Ричардом Столлманом. В конце 1980-х годов в рамках GNU была создана практически завершенная, свободно распространяемая реализация UNIX. Недоставало только работоспособного ядра. В 1991 году Линус Торвальдс, вдохновленный ядром Minix, придуманным Эндрю Таненбаумом, создал работоспособное ядро UNIX для архитектуры Intel x86-32. Торвальдс обратился за помощью к другим программистам для усовершенствования ядра. На его призыв откликнулось множество программистов, и со временем система Linux была расширена и портирована на большое количество разнообразных аппаратных архитектур.
Проблемы портирования, возникшие из-за наличия разных реализаций UNIX и C, существовавших к концу 1980-х годов, сильно повлияли на решение вопросов стандартизации. Язык C прошел стандартизацию в 1989 году (C89), а пересмотренный стандарт вышел в 1999 году (C99). Первая попытка стандартизации интерфейса операционной системы привела к выпуску POSIX.1, одобренному в качестве стандарта IEEE в 1988 году и в качестве стандарта ISO в 1990 году. В 1990-е годы были разработаны дополнительные стандарты, включая различные версии спецификации Single UNIX Specification. В 2001 году был одобрен объединенный стандарт POSIX 1003.1-2001 и SUSv3. Этот стандарт собрал воедино и расширил различные более ранние стандарты POSIX и более ранние версии спецификации Single UNIX Specification. В 2008 году был завершен менее масштабный пересмотр стандарта, что привело к объединенному стандарту POSIX 1003.1-2008 и SUSv4.