Как и предчувствовал Лисянский, в Адмиралтейском департаменте рукопись оказалась у Никольского. Тот, следуя неизменным суждениям начальства, не утруждая себя, заключил, что «журнал остался почти таким же, как был прежде, и по множеству погрешностей против русского языка и слога никак не может быть издан в том виде в Морском департаменте». Не раздумывая, Лисянский ответил, что больше переделывать записки не намерен и «не может убавить ничего, что им написано». Вскоре рукопись вернули автору, и это ускорило решение покинуть службу.
«Записки Гидрографического департамента» в те времена справедливо заметили странный парадокс: «Крузенштерн представил Морскому министру I-ый том своих записок в 1809 году и в том же году они начали издаваться за казенный счет. С изданием Путешествия Лисянскому не посчастливилось. Он представил рукопись еще в 1806 году, рукопись неоднократно была возвращена автору. Сделав, наконец, издание на свои деньги в 1812 году, но Департамент купил только пять экземпляров, несправедливость видимая… Книга, впрочем, написана очень грамотно и заключает много хорошего».
В январе 1809 года Лисянский уволился со службы, а спустя месяц состоялся «Указ об отставке Ю. Ф. Лисянского капитаном I-го ранга».
Вскоре уволились в отставку Повалишин, Берх — по болезни. Подали рапорта об увольнении Арбузов, Коведяев.
Свое прошение об отставке Лисянский мотивировал согласно «Указу» «дурным состоянием здоровья». Действительно, хотя ему было только 36 лет, могли сказаться последствия его ранения и контузии, а также беспрерывная служба, четверть века, на кораблях. Но явно были и другие причины, в частности позорная волокита с изданием его труда. Не исключено, что рукопись просматривали в Морском департаменте люди, имевшие акции Российско-Американской компании, а Лисянский упоминает не раз о беспорядках в Русской Америке, его довольно смелые суждения о роскоши и бедности в Китае могли у кого-то вызвать нежелательные аналогии, наконец, личная неприязнь к независимому в суждениях мореплавателю министра Чичагова.
В сентябре возвратился из Англии Ананий. Рассказал подробно о злоключениях русской эскадры в Лиссабоне, о передаче кораблей англичанам.
— Ежели б не мудрость адмирала Сенявина, не досчиталась бы Россия многих кораблей и служителей. Однако государь неприязненно попомнил Дмитрию Николаевичу за его разумность. Не может простить ему, что сие произведено без его соизволения. Даже в Петербург не допустил адмирала по прибытии из Англии.
Ананий обещал брату помочь деньгами для издания записок. Начались хлопоты, переговоры с издателями, поиски дешевой бумаги.
Зимой к бывшему командиру заглянул Василий Берх.
— Вот, Юрий Федорович, и я обратился в цивильного субъекта, — пошутил он, — уезжаю на Урал, в Пермь. Определился на службу советником в казенной палате. — Помолчав немного, добавил: — Подумываю заняться историческими изысканиями о тамошнем крае… Времени будет предостаточно, а там, даст Бог, попытаюсь о прошлом плавании сочинить что-либо…
Спустя несколько месяцев в петербургских журналах появились первые статьи Берха. В марте 1812 года к нему в Пермь заехал старинный приятель Данила Калинин с женой и сыном.
— Заключил я, друже, контракт с Компанией, — сообщил он, — наша «Нева» нынче в Охотске. Еду на нее штурманом. Поведу шлюп из Охотска на Ситху, — кивнул на жену с ребенком, — семью содержать средства надобны…
Состояния Калинин не имел. За храбрость в войне со шведами его произвели из нижних чинов в офицеры.
После издания в 1810 году на казенный счет второго тома сочинений Крузенштерна Лисянский на свои личные средства выпустил в свет свою книгу. Пришлось потратить все деньги, полученные за кругосветку, и занять у жены. Издание обошлось в 18 500 рублей, сумма для того времени огромная, но что поделаешь, жаль было и своих трудов и хотелось поделиться пережитым с петербургской публикой. Отлично изданную книгу начали раскупать, хотя и не прытко. Одним из первых откликнулся «Вестник Европы»: «Сочинение г-на Лисянского вышло из печати в С. Петербурге прошлого февраля месяца. Оно содержится в двух томах и при них равным образом находятся географические карты. Книга сия доставит полезное и приятное занятие любителям основательных сведений и без сомнения переведена будет на разные европейские языки. Между тем известно, что г. Лисянский перевел свое сочинение на английский язык и скоро приступит к печатанию. Он вознамерился присоединить к своему переводу метеорологические и астрономические таблицы, которых нет при Российском подлиннике.