Контрразведывательная функция органов госбезопасности, значение которой резко возросло после Октября 1917 года и которая в наше время явно не является главной в работе Федеральной службы безопасности Российской Федерации, оставалась неизменной со времени зарождения российских спецслужб. Изменения носили в основном технический характер. А вот разведка в XVIII–XIX вв. велась эпизодически, в основном по военной и дипломатической линии. Со времен Николая I главной задачей Заграничной агентуры русской тайной полиции было наблюдение за русской эмиграцией, и только с созданием советской разведки деятельность этой службы была поставлена на серьезную, научную основу. Успехи царской и советской разведок вряд ли могут быть сравнимы.
Деятельность военной контрразведки начинается со времен Отечественной войны 1812 года, когда появляется Высшая военная (позднее военно-секретная) полиция. Постепенно, начиная с восстания декабристов, когда армия перестает быть опорой режима, контрразведывательные функции таких учреждений уступают место функциям охранительным, поиску «крамолы». Создание в 1903 году контрразведывательного подразделения в военном ведомстве не очень изменило ситуацию — тем более что новая структура состояла в основном из жандармов, как и последующие спецслужбы белых правительств. Впрочем, таких широких оперативных возможностей, как Особые отделы в Рабоче-крестьянской Красной армии, а затем в Советской армии, царские органы военной контрразведки не имели. Особые отделы оставались в армии как форма недоверия к военным специалистам, и их полномочия постоянно расширялись. Правда, в 1930 году они были объединены с органами контрразведки, и окончательное (на сегодняшний день) их разъединение состоялось в 1936 году, в преддверии предстоявших в Красной армии репрессий. После двух экспериментов (в феврале 1941 года и в апреле 1943 года) по передаче Особых отделов в военное ведомство они вернулись в систему госбезопасности.
Вопросами экономики занимались еще III отделение и МВД Российской империи, но создание отдельной структуры произошло при большевиках, организовавших отдел по борьбе со спекуляцией ВЧК, далее существовавший в виде Экономического управления, а в наше время — Департамента экономической безопасности ФСБ. Аналогичные органы на транспорте также существуют еще с жандармских времен. Охрана первых лиц государства, которой при царизме спецслужбы занимались вместе с военными структурами, окончательно перешла в ведение органов госбезопасности в 1935 году и после реорганизации КГБ в 1991 году осуществляется выделенной в самостоятельное ведомство Федеральной службой охраны РФ.
Органы пограничной стражи, существовавшие до революции в виде самостоятельной структуры и претерпевшие за 100 лет многочисленные преобразования, с 1991 года стали отдельным ведомством — Федеральной пограничной службой РФ, а с 2003 года снова входят в состав Федеральной службы безопасности РФ. Таким образом, рассматривая историю отдельных подразделений системы органов государственной безопасности в России, можно проследить в отдельных случаях преемственность их функций в течение всей истории нашего государства.
Среди функций спецслужб в России, так же как и в других странах, было проведение операций, направленных против врагов существующего строя как на своей территории, так и за границей и против режимов недружественных государств во время конфликтов между ними и Россией/СССР. Такие действия предпринимались и до 1917 года — например, акции Заграничной агентуры Департамента полиции и ее руководителя П.И. Рачковского против эмигрантов-народовольцев (нападение на типографию в Женеве и др.).
Наибольший размах эти операции приобрели сразу же после окончания Гражданской войны 1918–1921 годов, когда за рубежами России оказалось около 2 миллионов эмигрантов, среди которых были тысячи реваншистов, непримиримых врагов нового народного строя, имевших боевой опыт и мечтавших о возврате утраченных привилегий. Тому свидетельство — деятельность белоэмигрантских организаций, в первую очередь Российского общевоинского союза (РОВС), развернувшего активную работу в Европе и Азии и засылавшего не только группы вооруженных боевиков, но и целые отряды на советскую территорию.
Следствием этой борьбы с агрессивной частью белой эмиграции стали ликвидации (похищение или убийство) чекистами некоторых ее наиболее оголтелых и опасных для советской власти лидеров. Так, в 1921 году в Китае был убит генерал А.И. Дутов, из Китая же в 1926 году был вывезен атаман Б.В. Анненков, а в Париже были похищены председатели РОВС — генералы А.П. Кутепов (в 1930 году, за подготовку массового восстания) и Е.К. Миллер (в 1937 году, за связи с немцами).