Самое крещение начинается сряду после оглашения (обыкновенно перед литургией, за которой новокрещенный должен причаститься). Священник облачается в белые одежды: епитрахиль, фелонь и нарукавницы (оглашение совершается в одной епитрахили), далее возжигаются светильники в храме и священник кадит купель. Белая одежда священника и возжжение светильников выражают духовную радость Церкви, веселящейся о возрождении новых чад своих. Обыкновенно три свечи поставляются на самой купели, а также даются свечи в руки восприемникам. Первая часть чина состоит из освящения воды. Священник начинает чин литургийным возгласом: «Благословенно царство…» Диакон произносит Великую ектению с особыми прошениями об освящении воды и о крещаемом. Во время этой ектении священник начинает тайно читать молитву, которую по окончании ектении продолжает уже велегласно с троекратного возглашения: «Велий еси, Господи, и чудна дела Твоя, и ни едино же слово довольно будет к пению чудес Твоих…» Эта молитва в первой своей части одинакова с молитвой на освящение воды, которая читается на праздник Богоявления, что дает повод некоторым священникам опускать ее в чине крещения и, вместо освящения воды, подливать в купель немного Богоявленской воды. Но это совершенно недопустимо, принимая во внимание к тому же, что во второй половине этой молитвы содержится моление о крещаемом: «…явися, Господи, на воде сей, и даждь претворитися в ней крещаемому…» По освящении воды происходит освящение елея и помазание им крещаемого. (Обыкновенно елей освящается сразу на несколько крещений вперед и хранится в особом сосуде и в таком случае молитва на освящение елея не читается). Освященным елеем помазуется вода в купели при возглашении: «Вонмем» и троекратном пении: «Аллилуиа» в воспоминание того, как находящимся в Ноевом ковчеге Господь послал с голубицей масличную ветвь, — знамение примирения и спасения от потопа: над водой творится крест елеем в знак того, что воды крещения служат к примирению с Богом, что в них явлена людям–грешникам милость Божия, спасающая их от вечной гибели. За сим крещаемый помазывается елеем, как подвижник Христов, имеющий вступить в борьбу с миром, во зле лежащим. У него помазуется чело —. во Имя Отца и Сына и Святого Духа, перси во исцеление души и тела, уши — в слушание веры, руки — для святых дел, ноги — чтобы ходить по стопам заповедей Господних.
Тотчас же по помазании святым елеем, священник возлагает на помазанного руку, «зряща на восток» и трижды погружает его в воду, произнося при первом погружении: «Крещается раб Божий, имярек, во имя Отца, аминь, при втором погружении: и Сына, аминь, при третьем: и Святаго Духа, аминь». «Аминь» произносит троекратно и восприемник. Греческое название крещения: «то ваптисма» — βαπτισμα или βαπτισμος способ совершения крещения обозначается словом βαπτιζω — что значит по–русски: «погружение». Поэтому крещение должно совершать через погружение, а не чрез обливание, как это принято на западе, а у нас под влиянием католиков вошло в обычай в юго–западной Руси. Чрез погружение знаменательно выражается сущность таинства — смерть для жизни греховной, плотской и воскресение или рождение заново для жизни святой, духовной. Погружение есть спогребение Христу, а возникновение из воды есть совосстание Ему. Погружение бывает троекратное во–первых, в честь трех лиц Пресвятой Троицы, воссоздающей человека через благодатное крещение, во–вторых, дабы изобразить тридневное воскресение Господа Иисуса Христа.
По совершении крещении положено петь трижды псалом 31–ый, указывающий на предопределение Божие об оставлении грехов: «Блажени, ихже оставишася беззакония…» В это время священник облачает вышедшего из купели в ризу правды — в белую одежду. Это означает, что крестившийся облекся во Христа (Гал. 3, 27), или в нового человека, созданного по Богу в правде (Ефес. 4, 24), сделался чистым от всякого греха. При этом возлагается на крещенного крест для постоянного напоминания о заповеди Христовой: «Аще кто хощет по мне ити, да отвержется себе, и возмет крест свой и по мне грядет» (Матф. 16, 24).