Хотя интернализация ЛСД сессии и активная психологическая работа в заключительные периоды сессии может облегчить интеграцию материала, нет никакой гарантии того, что все психологические гештальты будут завершены к тому времени, как ЛСД перестанет действовать. Риск того, что интеграция сессии будет неполной и приведет к развитию клинических осложнений, кажется, прямо пропорционален тому, насколько серьезными были изначальные эмоциональные проблемы субъекта, и объему негативных обстоятельств на сессии, которые не позволили удерживать переживания внутри. Крайними примерами этого являются усиление начальных симптомов, появление новых форм психопатологии, затянувшиеся реакции, психотические срывы и возвращение ЛСД симптомов («флэшбэки») Все это следует рассматривать, как закономерные феномены, которые являются неотъемлемой частью динамического раскрытия подсознательного материала и представляют собой рассчитанный риск ЛСД психотерапии.
В некоторых публикациях, обсуждающих возможный механизм этих осложнений, выдвигается идея того, что в мозгу остается некое количество ЛСД на протяжении неопределенных периодов времени. Это объяснение противоречит основным принципам фармакологии, а также результатам лабораторных исследований метаболизма и распределения ЛСД в теле. Согласно этим данным, препарат выводится из мозга в то время, когда психоделическое переживание достигает кульминации. Существуют убедительные клинические свидетельства того, что неприятные последствия ЛСД сессий отражают глубокую, основополагающую динамику подсознательный процессов.
Психопатологические симптомы, которые могут проявиться как результат недостаточно завершенных ЛСД сессий, сильно варьируются. По существу дела, любой аспект активированной динамической матрицы или специфического подсознательного материала, который остался неразрешенным, может сохраняться после сессии неопределенные периоды времени и вернуться через какое-то время. Наиболее часто наблюдаются такие эмоциональные состояния, как депрессия, чувство неполноценности, суицидальные чувства, эмоциональная несдержанность, чувство одиночества, тревога, вина, параноидальные мысли, агрессивность или маниакальная эйфория. Среди психосоматических симптомов можно отметить тошноту и рвоту, затрудненное дыхание, кашель и рвотные движения психогенной природы, кардиоваскулярный дистресс, запор или диарею, головные боли и боли в различных частях тела, озноб и приливы жара, повышенное потоотделение, ощущения, сходные с похмельем, симптомы, сходные с симптомами гриппа и простуды, гипервентиляция, кожные высыпания и различные психомоторные явления, такие как общая вялость или перевозбуждение, мышечный тремор, судороги и подергивания. Активированный и незавершенный подсознательный гештальт может также особым образом повлиять на мыслительный процесс субъекта. Некоторые представления о различных вопросах, таких как пол, мужчины, женщины, брак, власть и философское мировоззрение о смысле жизни, роли религии в жизни, страдании, несправедливости и многих других проблемах могут быть отражением глубокого подсознательного материала. Категорические суждения и системы ценностей в различных областях могут резко измениться, когда открытый подсознательный гештальт будет завершен.
Появление различных изменений перцепции после неразрешенной сессии встречается сравнительно редко. Спустя значительное количество времени после того, как препарат перестанет действовать, пациент может отмечать искажения в цветоощущении, размытость, шлейфы, спонтанные видения, необычное восприятие своего тела, обострение слуха, звон в ушах или другие странные физические ощущения. Иногда различные комбинации вышеперечисленных эмоциональных, психосоматических, мыслительных и перцептуальных изменений создают абсолютно новые клинические синдромы, которых раньше у субъекта не было. Возникновение новых форм психопатологии можно понимать как результат активизации и экстериоризации содержания ранее латентных подсознательных матриц. Эти симптомы обычно исчезают сразу после того, как порождающий их материал переживается и интегрируется.