Мать Кеплера была теперь скрытной маленькой старушкой, чья назойливость и злой язык, вместе с ее подозрительным происхождением, заранее определили ее в качестве жертвы. Она была, как мы помним, дочерью трактирщика, выращенной теткой, которая, как говорили, погибла на костре; а муж ее был наемником, который скрылся, едва-едва избежав виселицы. В том самом 1615 году, когда Леонберг был охвачен ведьмовской истерией, у Катарины случилась ссора с другой старой каргой, ее бывшей лучшей подругой, супругой стекольщика Якоба Рейнгольда. Это, должно быть, и стало причиной ее несчастий. Жена стекольщика обвинила Катарину в том, будто бы та дала ей ведьминское варево, которое стало причиной хронической болезни (на самом же деле ее недомогания были вызваны абортом). И вот теперь стали вспоминать, что различные горожане заболевали в различное время после того, как им предлагали попить из оловянной кружки, которую Катарина всегда держала готовой для своих посетителей. Жена Бастиана Майера от этого скончалась, а школьного учителя Бойтельшпахера после того парализовало. Вспоминали и о том, что как-то раз Катарина просила могильщика достать ей череп ее родителя, из которого она желала сделать винный кубок для своего сына – того самого придворного астролога, а на самом деле – адепта черной магии. Она же сглазила ребенка портного Даниэля Шмидта, который сразу же после того и скончался; она была известна тем, что умела входить в дома сквозь запертые двери, а еще довела до смерти теленка, из которого она изготовила котлету и дала своему сыну, бродяге Генриху.
У самой большой неприятельницы Катарины, супруги стекольщика, имелся брат, который был придворным цирюльником герцога вюртембергского. В тот роковой, 1615 год, сын герцога, принц Ахиллес, прибыл в Леонберг поохотиться, забрав в своей свите и цирюльника. Цирюльник и городской провост (начальник местной полиции) напились вместе и притащили мамашу Кеплер в мэрию. Там цирюльник приложил кончик меча к груди пожилой женщины и потребовал излечить его сестру колдовством от всех тех недомоганий, которые наслала на нее ведьма Катарина. У той хватило ума отказать – иначе ее стали бы судить; и теперь ее семья подала иск о клевете, чтобы защитить старуху. Но городской провост заблокировал иск о клевете, начав судебное разбирательство, обвиняя Катарину в колдовстве. Случай, давший ему возможность вести дело, включал девочку двенадцати лет, которая тащила кирпичи в печь для обжига, но когда на дороге ей встретилась старуха Кеплер, девчонка почувствовала резкую боль в руке, что привело к временному параличу. Эти неожиданные и колющие боли в предплечье, плече или бедре сыграли серьезную роль в суде над Катариной и другими ведьмами; до нынешнего дня боли при люмбаго и кривошея в Германии называют Hexenschuss – выстрел ведьмы.
Разбирательства были долгими, ужасающими и подлыми. На различных стадиях суда младший брат Кеплера, Кристоф, инструктор по военной подготовке леонбергской милиции, и его свойственник, викарий, отказывались от пожилой женщины, пререкались относительно расходов на защиту, и вполне возможно, что были бы рады увидеть, как их мать сожгут, чтобы со всем уже было покончено; их останавливало лишь то, что подобный исход отрицательно повлияет на их буржуазную респектабельность. Кеплер всегда был обречен сражаться без союзников, за непопулярные идеи. И начал он с контратаки, обвинив преследователей своей матери в том, что их надоумил сам дьявол; и безапелляционно порекомендовал, чтобы Городской Совет Леонберга следил за своими действиями и не забывал, что сам он был Придворным Математиком Его Императорского Величества, в связи с чем он отослал ко двору копии всех документов, связанных с делом его матери. Подобного рода дебют произвел желательный эффект, в результате чего городской провост, цирюльник и их клика начали вести себя более осторожно и искать больше доказательств, прежде чем приступать к формальным обвинениям. Но тут Мамаша Кеплер любезно предоставила им таковые, предложив провосту серебряный кубок в качестве взятки, если тот не станет раздувать дело девочки с кирпичами. После этого, ее сын, дочь и зять решили, что единственным решением станет бегство, они упаковали Мамашу Кеплер и отправили ее в Линц к Иоганну, куда она и прибыла в декабре 1616 года. Сделав это, Кристоф с викарием написали в герцогскую канцелярию, что обвинения провоста, похоже, были оправданы, в связи с чем они отказываются от старой Катарины, так что пускай теперь ею занимается правосудие.
Старуха оставалась в Линце девять месяцев, после чего возжелала вернуться домой, и вернулась туда, чтобы жить с Маргаритой и ее викарием, независимо от того, что ей грозило сожжение на костре. Кеплер отправился за ней, читая по дороге Диалог о древней и современной музыке, написанный отцом Галилея.. Он остановился в Виттемберге на пару месяцев, где писал прошения и пытался добиться слушаний по оригинальному иску о клевете – но успеха не добился. Ему удалось лишь добиться разрешения забрать мать с собой в Линц. Но тут сварливая старуха уперлась; Австрия ей не нравилась. Кеплеру пришлось возвращаться без нее.