Эксперименты показали, что прут работал также и в руках других людей. Но вскоре стали раздаваться возражения, утверждающие, что если на этот метод полагаться при решении вопроса о вине или невиновности, то это приведет к возможным ошибкам. Пьер Лебрен, священник и преподаватель риторики, написал отцу Николасу Мальбраншу, известному ученому-картезианцу, сообщая ему о «странной практике, которую, кажется, принимает почти все население Гренобля и Дофине». Что касалось самого Лебрена, то он верил: прут действовал выборочно, при перемещении к чему-либо такому, что пользователь определенно хотел найти, и ничему иному. Например, при поиске воды прут игнорирует металл и наоборот. Мальбранш вообще был против этого искусства, неважно, используется ли оно для того, чтобы найти некие материальные объекты, или применяется для решения неких моральных проблем, и это при том, что Лебрен в принципе не возражал против его употребления при розыске воды или полезных ископаемых.
Последовал публичный скандал. 3 сентября 1692 года Эмар был вызван в Лион, чтобы пройти проверку у выдающегося врача Пьера Гамье перед свидетелями. Впоследствии был издан вердикт – «Философский трактат», в котором Гамье утверждал, что успехи Эмара вызваны вполне естественными причинами. Он заявил, что крошечные частицы, которые выдыхают убийцы во время преступления, отличны от тех, которые они испускают обычно. Эти частички проникают через кожу лозоходца и вызывают брожение в его крови, увеличивая ритм биения сердца и вызывая конвульсии. По его представлениям, эти частицы не затрагивали прут непосредственно, но прошли сразу в руки, заставляя их крутить прут. Он предложил два новых термина, предвосхитив открытие того, что известно сегодня как магнитное поле: «материя убийства» (частицы, обнаруженные на месте преступления) и «материя преступления».
Гамье поддержал доктор Пьер Шовен, который в письме объявил, что частицы остаются на месте, независимо от того, был ли ветер или действовали какие-нибудь другие причины, способные переместить их. Шовен не согласился, что частицы непосредственно воздействуют на лозоходца, предположив вместо этого, что они стимулируют его «животные инстинкты», порождая неосознанное сокращение мускулов пальца.
Довольно скоро аббат де Бальмонт Пьер Лоррен представил возражения против этих теорий в своей книге «Оккультная физика, или Трактат о лозоходстве». Труд вызвал сенсацию, когда был издан в Париже в 1693 году. Де Бальмонт полагал, что лозоходство может быть большим благом для человечества. Эмара по приказу принца Конде привезли в Париж, чтобы проверить еще раз, на сей раз членами Академии наук. В саду вырыли 6 ям; 4 были заполнены различными металлами, 5-я – гравием, а 6-я оставлена пустой, и поверх всех высажена трава. Эмар нашел гравий и пустую яму, но не металлы.
Эмар также не сумел несколькими днями раньше выследить убийцу дозорного стрелка, некоего фехтовальщика. Знаменательно, что его прут даже не двигался при приближении к тому месту, где лежала жертва. Эмар утверждал, что прут не будет двигаться, если фехтовальщик был очень зол или пьян в момент нападения, или если он уже признался.
Объяснение казалось неубедительным, и отец Лебрен поспешил воспользоваться представившейся ему возможностью. Он написал собственную книгу, «Письма о заблуждениях философов в отношении лозоходства», изданную анонимно в Париже в 1693 году. Он использовал информацию, поступившую к нему от непосредственного начальника, кардинала Гренобля ле Камю, который выступал против использования лозоходства при решении моральных вопросов. Против употребления прута было выпущено особое предписание.
В 1694 году другой священник, Клод-Франсуа Менестрье, включил эссе на сей предмет в свою книгу «Философия загадочных явлений», приглашая писать ему любого, кто может поставить информацию относительно того, как работал тот или иной лозоходец. Он заключил, что прут может отвечать на вопросы относительно прошлых и настоящих дел, но ненадежен для предсказаний. Он также выступал против того, чтобы использовать его при определении невиновности или вины.
К тревоге Лебрена, первый популярный самоучитель «Прут Якова», написанный Жаном Николасом, стал бестселлером. Он засел на несколько лет, чтобы произвести на свет другое антилозоходное сочинение, «Критическую историю суеверных методов», вышедшую в 1702 году, и, без сомнения, порадовался, когда книга де Бальмонта была помещена в списке запретных, выпущенном инквизицией 26 октября 1701 года.