Назначение Лидделла ректором открывало новую эпоху в жизни колледжа, который, по остроумному замечанию биографа Кэрролла Ф. Б. Леннон, начал «быстро переползать от Средневековья к современности». Для этого Лидделл оказался весьма подходящим человеком. Ректор Крайст Чёрч был очень влиятельным лицом: по статуту он занимал также пост настоятеля оксфордского собора. С годами Лидделл стал и вице-канцлером Оксфордского университета. Он оставался ректором в течение тридцати восьми лет, — это и по сей день самый долгий в Крайст Чёрч срок. Впрочем, после первых решительных шагов он несколько поостыл, чему немало способствовало его пошатнувшееся здоровье, потребовавшее вмешательства врачей и длительного отдыха на острове Мадейра. В 1860-х годах он стал избегать резких перемен, с помощью которых ранее заслужил репутацию радикального реформатора, и избрал политику постепенного введения новшеств, для чего старался привлечь на свою сторону влиятельных членов колледжа. Так началась новая эпоха в жизни Крайст Чёрч.
В конце июня 1860 года весь Оксфорд взволновало событие национального масштаба — дискуссия о дарвинизме, проходившая в Оксфордском университете. Недавно вышедшая книга Чарлза Дарвина «Происхождение видов путем естественного отбора» (1859) вызвала огромный интерес и ожесточенные споры. В оксфордской дискуссии науку представлял известный ученый Томас Гекели (Хаксли), а Церковь — не менее известный Сэмюэл Уилберфорс, епископ Оксфордский. Дискуссия проходила в новом оксфордском Музее естественной истории, где собралась огромная аудитория. К сожалению, отсутствие дневника за это время лишает нас возможности узнать, что именно думал по этому поводу Доджсон. Нам известно лишь, что он купил билет на дискуссию, заплатив за него две гинеи (42 шиллинга) — весьма значительную по тем временам сумму, принимал участие в подготовке самого собрания и после его окончания сделал серию фотографий известных деятелей, съехавшихся по этому поводу в Оксфорд, в том числе и обоих оппонентов — Гекели и Уилберфорса. Судя по всему, Доджсон надеялся продать эти карточки коллегам и гостям, чтобы покрыть расходы на реактивы и печать снимков.
Для образованного человека того времени было уже нелегко не принимать научные и исторические свидетельства, идущие вразрез с библейскими текстами. Даже самые преданные Церкви верующие понимали, что библейская картина Сотворения мира не могла быть буквально правдивой с научной точки зрения. Внимательное изучение библейских текстов вызвало горячие дискуссии о верности перевода некоторых мест. В библиотеке Кэрролла было несколько книг, подробно рассматривающих идею эволюции, но, как ни странно, дарвиновского «Происхождения видов» на его полках не было.
Эдвард Уэйклинг считает, что во время жарких споров по поводу книги Дарвина Чарлз занял позицию «сидящего на стене» — английское выражение, означающее уклонение от решительных выводов и заключений. Лишь позже, когда появились толкования дарвинизма с церковных позиций, Кэрролл принял их. Однако известно, что он относился к Дарвину с большим уважением и позже послал ему сделанную им самим фотографию улыбающейся «модели» (такие снимки весьма редко удавались из-за необходимости долгой выдержки) в качестве возможной иллюстрации для книги «Выражение эмоций у человека и животных» (1872).
Среди снимков, сделанных Чарлзом в начале его фотографических опытов, есть один, обративший на себя особое внимание уже в наши дни. 27 апреля 2000 года в газете «Индепендент», одной из самых влиятельных в Англии, в разделе «Искусство» появилась статья о проходившей в то время выставке викторианских фотопортретов в Национальном музее фотографии, кинематографа и телевидения в Брадфорде. Вот как она начиналась: «Молодой и представительный викторианский джентльмен во фраке стоит, дружески (и чуть ли даже не любовно) обняв за плечо скелет. Если не принимать во внимание одежду и плоть того, кто стоит слева, то окажется, что они почти одного роста и стоят в одинаковой позе, глядя направо. Возникает странное впечатление (то ли ужасное, то ли смешное), что джентльмен демонстрирует — в буквальном смысле слова — собственные кости, словно на схеме в анатомических учебниках. На столе рядом с этой странной парой — несколько черепов, а также полный скелет небольшого примата, какой-то мартышки или шимпанзе с огромными страшными глазницами. Всё страньше и страньше…» К удивлению журналиста, именно фотография под названием «Реджиналд Саути со скелетом и черепами» и была объявлена лучшей на выставке — ее признали «практически единственной, сделанной с чувством юмора, хотя и весьма своеобразным». Стоит ли говорить, что автором этой жутковатой композиции был Ч. Л. Доджсон? Об этом свидетельствует и известная цитата, приведенная журналистом, прежде чем назвать имя фотографа. Но вот что удивительно: снимок был сделан в 1857 году, за два года до выхода в свет книги Дарвина! Правда, слухи о ней ходили задолго до ее публикации…