Посреди Вавилона, обитатели которого прислушиваются только к голосу плоти, новый Илия провозгласил Церковь Духа. Истинная Церковь не имеет ничего общего с тем учреждением, которое сформировалось под именем христианства и обросло иерархической структурой, институтами духовенства, таинств, заповедей, настроило себе церквей... Истинная Церковь невидима глазу и зиждется на душах посвященных. Между собой эти души равны, ведь Христос ничего не говорил о необходимости епископов и священников и уж, конечно, ни словом не обмолвился о существовании папы. Если у новой Церкви и есть свои пасторы, единственная задача которых заключается в проповеди Божьего Слова, то облечь их властью может только сама община. Новая Церковь — не монархия, а демократия. Именно на эту отличительную черту своей Церкви — ее невидимость — и ссылался Лютер в 1518 году, когда пытался дезавуировать процедуру отлучения. Отлучение есть орудие, которым пользуется видимое церковное сообщество, и именно поэтому оно не имеет никакого смысла, ведь истинная Церковь невидима. Чтобы стать ее членом, достаточно принять крещение.
Уже в 1520 году Лютер писал: «Как только христианин выходит из крестильной купели, он становится священником и может считаться принявшим любой духовный сан вплоть до епископского и папского». Носителем священничества становится таким образом весь Божий народ, наделяющий кого-то из своих представителей конкретными функциями: «В случае, если христианин, подобным образом избранный священником, в дальнейшем лишается этого звания из-за допущенных злоупотреблений, то он просто становится тем, кем был раньше; стоит верующим низложить его, как он возвращается в крестьянское или бюргерское сословие, из которого вышел, и больше ничем не отличается от прочих крестьян и бюргеров, на собственном примере убедившись, что священник остается священником лишь до тех пор, пока его считает таковым община».
В 1523 году в поучении, обращенном к своим сторонникам, он уточнил теоретические обоснования этого положения: «Всякая община имеет право высказывать свое суждение об учении, а также назначать и смещать пасторов». Таким образом, он подверг сомнению не только авторитет папы, епископов и церковных богословов, но и авторитет священного собора, к которому еще недавно сам обращался через посредничество нотариуса. «Что значат эти со всех сторон несущиеся вопли: «Собор! Собор!»? Ах, Собор опирается на авторитет ученых докторов и епископов и охраняет традицию? Но кто сказал, что Слово Божье должно быть в рабстве у традиции? в рабстве у обычая? в рабстве у епископов? Никогда тому не бывать! Пусть же епископы на своих соборах и дальше болтают что хотят и переливают из пустого в порожнее!» Ученых отцов, трудящихся над определением веры, он именует узурпаторами, человекоубийцами, разбойниками, волками и отступниками.
И разве не должен свободный народ требовать восстановления своих законных прав? Те, кто его обманул, «в полной мере заслужили изгнание из рядов христианства. Их надо гнать, как гонят волков, разбойников и убийц, потому что они вопреки Слову Божьему навязали нам свои собственные догматы и захотели подчинить нас своей власти». Епископы — это «апостолы дьявола», пребывающие в «бесовской шкуре», они ничем не лучше турок и евреев, а потому им место среди собак и ослов. В 1524 году в письме к одну из друзей он излил свое возмущение перед соборами, которые «хотят решать за нас и приказывать, во что нам верить».
Но, оказывается, Церковь извратила не только религиозные догматы, но и учение о нравственности. В Церкви Духа все христиане пользуются свободой сынов Божьих, той самой христианской свободой, которую провозгласил манифест 1520 года. Церковь вообще не имеет никакого права диктовать своим верным, как себя вести, потому что подобное вмешательство означает насилие над их совестью. В этом вопросе Лютер мог ограничиться ссылкой на собственный догмат о непобедимости похоти и с откровенной насмешкой объяснить, что Церковь только зря теряет время, пытаясь приказать нам сделаться чистыми, отважными и добрыми, ибо в силу первородного греха мы изначально похотливы, ленивы и злы. Но он предпочел перенести дискуссию с церковной почвы на почву пелагианства. Если Церковь насилует нашу волю, заставляя исполнять предписания, без которых лучше было бы обойтись, это означает, что сама эта воля свободна. Однако Лютеру этого мало. Чтобы подчеркнуть весь вред, наносимый церковными заповедями, он пытается воспользоваться авторитетом святого апостола Павла, учившего, что с момента возвещения Евангелия человек перешел из-под власти закона под власть благодати. Таким образом, церковные пастыри, навязывающие нам те или иные законы, превышают свои полномочия.