Именно в этот момент на исторической арене снова появился глава анабаптистов Томас Мюнцер. В отличие от Лютера, его волновали совсем другие проблемы. Он нисколько не осуждал бесчинства, творимые восставшими крестьянами, поскольку считал, что ими движет Провидение, призвавшее их для установления царства равенства на земле. Он не видел различий между князьями-католиками и князьями-лютеранами, между священниками старого толка и проповедниками нового учения. По его мнению, любая власть на земле заслуживала уничтожения, и виттенбергских пасторов следовало выкинуть на одну помойку с римскими прелатами. Когда вспыхнуло восстание, он понял, что сами небеса посылают ему знак. Приехав в Мюльхаузен, расположенный к северу от Эйзенаха, он сейчас же собрал вокруг себя всех местных смутьянов. Захватив власть в городе, они начали жечь окрестные монастыри. Вскоре Мюнцер обратился к рудокопам Мансфельда с таким воззванием:
«Вставайте, если хотите, чтобы с вами восстал Бог! У вас нет выбора: или примете муку Божью, или станете мучениками диавола! Поднимайтесь на Божий бой! Вы знаете, что на самой Святой Неделе в Фульде разорили четыре церкви? В Клегене и Шварцвальде уже поднялось триста тысяч крестьян, и число их растет с каждым днем. Одного боюсь, как бы эти безумцы не подписали какого-нибудь обманного мира, который приведет к самым роковым последствиям... К оружию, к оружию, к оружию! Час пробил! Злодеи уже дрожат, как жалкие псы! Они будут упрашивать вас, будут рыдать и молить пощадить их детей. Не поддавайтесь! Не слушайте стонов нечестивцев! Поднимайте деревни, поднимайте города, зовите за собой рудокопов! К оружию, к оружию, к оружию! Пока железо горячо, не дайте остыть своим обагренным кровью мечам! Пока живы эти людишки, вас будет вечно преследовать страх... Слышите, Бог шагает в строю? За ним!»
Скоро саксонские князья спохватились. Филипп Гессенский, Георг Саксонский, Генрих фон Брауншвейг, Альбрехт и Эрнст Мансфельдские каждый на своих землях дали крестьянам несколько сражений, в результате которых силы последних значительно уменьшились. В конце концов восьмитысячная крестьянская армия собралась под Франкенхаузеном и стала готовиться к решительному бою. Внимательно следившие за передвижениями крестьянских отрядов князья также начали стягивать силы воедино. Мюнцер понял, что наступил решающий миг — крестьянская армия против объединенного княжеского войска! Он примчался в лагерь восставших и здесь узнал, что идет обсуждение недавно полученных мирных предложений. Ни за что! Никаких переговоров! Бог не простит нам этого, увещевал Мюнцер повстанцев. Эти слуги сатаны, эти узурпаторы власти и защитники лютеранства должны быть уничтожены. Графам Мансфельдским он направил исполненное презрения письмо, в котором говорилось: «Разве ты не знаешь, что Бог приказал всем птицам небесным клевать княжескую плоть, а всем диким зверям — питаться княжеским мясом? Одумайся и обратись, пока не поздно! Приходи к нам, и мы примем тебя, как простого брата». Вручив это послание княжеским эмиссарам, Мюнцер выпустил их из своего лагеря, оставив лишь одного молодого рыцаря, которого велел казнить. Разумеется, после этого ни о каком мире ни одна из сторон уже не могла и мечтать.
Завидев издали вражеское войско, Мюнцер выстроил крестьян за частоколом и произнес речь: «С нами Господь! Раньше земля и небо поменяются местами, чем Он покинет нас! Сейчас Бог сотворит для вас чудо. Они будут стрелять, но я своим рукавом отмету от вас все пули». Все утро в тот день шел дождь. Но вот тучи раздвинулись, проглянуло солнце, и над землей раскинулась огромная радуга. Это знак победы, ликовал Мюнцер. Княжеское войско пришло в движение. Крестьяне затянули гимн Святому Духу и принялись ожидать чуда. В это время грянул пушечный залп, и жалкое подобие оборонительных сооружений мюнцеровского воинства разлетелось в щепки. С изумлением крестьяне обнаружили, что кое-кто из их собратьев остался лежать на земле. А на них, потрясая мечами, уже неслись конные рыцари. Началось паническое отступление. Несколько часов спустя пять тысяч трупов убитых крестьян усеяли поле; остальным удалось разбежаться.