Последний, впрочем, вскоре нашел и иные поводы для ссоры с Церковью, ополчившись против поста, воздержания и целибата, — всего того, что Лютер именовал «делами». В Цюрихе состоялось два диспута. Оппонентами Цвингли на них выступали представители епископа Констанцского. Городской совет полностью одобрил тезисы, выдвинутые Цвингли. После этого проповедник вступил в официальный брак со своей любовницей и тогда же получил от совета поручение заняться организацией Реформации в городе. Из храмов начали выкидывать образа, монастыри переоборудовали в лечебницы, наложили запрет на служение мессы, заменив ее обрядом причащения, который принял еще более поверхностный вид, чем в Виттенберге. С 1525 года католицизм окончательно исчез из Цюриха, а наиболее упорные проповедники-паписты отправились на костер. Из Цюриха движение Реформации двинулось в Базель (благодаря Эколампадосу), оттуда — в Берн, Аппенцель, Сен-Галлен, Шафхаузен, Гларус и Гризон.
В 1518 году Цвингли признавал в Лютере учителя и открыто восхищался им. Однако уже в 1523 году, осознав собственное значение сначала в городском, а затем и в общенациональном масштабе, он стал называть себя Реформатором Швейцарии. В 1524 году он направил Матеусу Альберу письмо, посвященное проблеме евхаристии, в котором отрицал реальность присутствия в этом таинстве Христа; в то же самое время, трактуя слова Иисуса, произнесенные на Тайной Вечере, он выдвинул теорию иносказательного толкования Писания. Слово Божье, учил он, следует понимать не в прямом смысле, а как аллегорию.
Эта идея привела к столкновению Лютера и Цвингли. Правда, поначалу Лютер предоставил право обрушиться с яростной критикой на тех, кого он именовал таинственниками, своим ученикам, но и сам не упускал случая лишний раз с сожалением высказаться об этих заблудших душах. «Я удручен тем, что даже такой мудрый человек, как Эколампадос, погряз в этом болоте, в этом ничтожестве, в этом убожестве мысли. Видно, его толкнул туда сам сатана! Да поможет ему Бог выбраться назад!» «Паписты действуют втихомолку, так же, как таинственники. Они — орудие в руках сатаны, не дающего мне покоя. Я до сих пор и не подозревал, сколь велико его вероломство. Да поднимет Господь свое воинство против этих новых еретиков!» Отныне одно упоминание о Цвингли приводило его в ярость. Цвингли превратился для него в исчадие сатаны, второго Мюнцера, чуму для Церкви, смердящий яд. В течение четырех лет оба лагеря осыпали друг друга проклятиями в печати, но в конце концов силы Лютера истощились. Он переживал труднейшую пору своей жизни, противники же его, напротив, процветали. Состоявшийся в Марбурге коллоквиум не только не привел к взаимному примирению, но и еще больше обострил и усугубил имевшиеся разногласия.
Поскольку в Швейцарии, как и в Германии, гонениями и на католиков, и на протестантов занимались представители власти, решение религиозных проблем не могло не коснуться сферы политики. В Швейцарии события разворачивались особенно стремительно именно в силу того обстоятельства, что отдельные ее кантоны не подчинялись единой верховной власти. В 1527 году Цюрих, Базель и Берн заключили между собой альянс, к которому впоследствии присоединились и другие, менее крупные кантоны. Аналогичный союз при поддержке Фердинанда Австрийского образовали в 1529 году и прокатолически настроенные кантоны. Его подписание состоялось в Валезе. Уверенные в своих силах цвинглиане изгнали аббата знаменитого монастыря Сен-Галлен, основанного в VII веке швейцарским апостолом. Этого католики вынести уже не могли и перешли в наступление. Решающая битва разыгралась в Каппеле, близ Цюриха, 11 октября 1531 года. Протестанты потерпели сокрушительное поражение, а сам Цвингли пал на поле боя.
Его гибель не оставила Лютера равнодушным. «Вот чем закончилась слава, которой искали богохульствующие цвинглиане! Она обернулась позором!» Рассуждая о трагической судьбе Цвингли, он не мог не вспомнить анабаптистов: «На наших глазах Божий суд в первый раз покарал Мюнцера, а во второй — Цвингли. Не я ли предрекал, что Господь не потерпит столь нечестивого святотатства? Что ж, они получили то, к чему стремились!»
Дабы рассеять любые сомнения в умах своих сторонников, в марте 1528 года виттенбергский наставник опубликовал «Исповедь Мартина Лютера о святом причастии». Этот текст представляет собой подробное изложение лютеранского символа веры. Большая его часть посвящена борьбе с ересью внутри самого лютеранского учения. Мимоходом автор останавливается на божественной сущности Богородицы и непорочности зачатия Иисуса Христа, рожденного «без участия греха от Святой Девы Марии и Духа Святого». Христос, утверждает в этом сочинении Лютер, есть «единственный истинный Сын Господа и Девы Марии».