Протестантский конгресс собрался в Шмалькальдене 9 февраля 1537 года, то есть еще до начала работы католического собора. Папа делегировал на него нунция Ван дер Ворста, император — советника Гельда. Из-за нежелания участников прийти к соглашению по вопросу присутствия Христа в таинстве евхаристии работа конресса затянулась. Блауэр высказывался против, Амсдорф — за. Меланхтон встал на сторону Блауэра. Неожиданно для всех заболел Лютер. С ним случился жестокий приступ почечной колики, доставивший ему ужасные физические страдания. Все тело горело, он не мог принимать никакой пищи и решил, что настал его последний час. Впоследствии в своих «Застольных беседах» он вспоминал об этом эпизоде и рассказал, как молился: «Господи! Ты знаешь, с каким рвением и твердостью проповедовал я Слово Твое! И вот теперь я умираю, пылая ненавистью к папе». Его тешила мысль, что оба они вскоре предстанут перед Высшим Судом, только его ожидает вечная радость, а папу — вечный позор.
Боль все не унималась, и тогда он решил, что это проделки дьявола, вонзившего ему в тело занозу, как когда-то святому Павлу (снова сравнение себя с апостолом, хоть и в новом аспекте). Полагая, что ниспосланное ему суровое испытание — лишь пробный камень, он не без удовлетворения сравнивал себя со святым Этьеном, побитым каменьями. В одной из доверительных бесед с Меланхтоном у него вырвалось признание, что ему горько умирать отлученным от Церкви. Правда, он сейчас же спохватился: «Папа умрет, отлученный навеки Господом моим Иисусом Христом!» Невыносимые физические страдания, кажется, лишили его способности логично рассуждать, и он уже смешивал в одну кучу недостатки прежней Церкви и ошибки новой. «Отец Небесный! — взывал он. — Услышь мои стоны и облегчи мои муки! Под ненавистным гнетом папизма мы не знали истинного Евангелия кроме жалких латинских обрывков, которые бормотали, не понимая их смысла, в церкви, за столом, на утрене. Неужели миру суждено вернуться к этому?! И почему кругом столько ссор и вражды? Каждый только и думает, как бы прокричать собственные бредни и заставить остальных в них верить!»
В этом тяжелом состоянии он пробыл долгих восемь дней, еще дыша, но уже думая о переходе в мир иной. Никакого значения на конгрессе он не имел. Перед смертью ему захотелось встретиться с единомышленниками; к тому же его крайне угнетала мысль, что своей кончиной он доставит радость «мерзкому папскому легату». 26 февраля курфюрст распорядился приготовить для Лютера карету. Перед отъездом больной осенил остающихся размашистым крестом: «Да благословит вас Господь и да преисполнит ваши сердца ненавистью к папе!» От сильной тряски на неуклюжих носилках камешки, которые не смогли изгнать из почки Лютера медики, выскочили сами собой. Больной почувствовал громадное облегчение. Меланхтону он написал: «Господа тронули ваши слезные молитвы, и Он отверз мой мочевой канал. Благодарите же вместе со мной Всемилостивого и Всеблагого Бога! Да сохранит нас Господь, да сгинут под нашими стопами сатана и все его приспешники из римской курии!»
Впрочем, мысли о скорой кончине еще не оставили его. Об этом он через Бугенхагена сообщал Ионасу, намеренно придавая своим словам характер завещания: «Слава Богу, я понимаю, что правильно поступил, с помощью Слова Божьего поколебав папизм, ибо папизм — это гнусное преступление против Бога, Христа и Евангелия. Передайте слова утешения моей Катарине. Пусть со смирением встретит весть о моей смерти. Она была мне достойной супругой и верной помощницей». Затем он просил передать ландграфу, чтобы тот не волновался по поводу конфискации церковных земель (можно подумать, Филиппа Гессенского донимали угрызения совести!), поскольку он пошел на этот шаг исключительно в интересах истинной религии. Своим соратникам он велел продолжать начатое дело. О себе он писал, что готов встретить смертный час, хотя мечтает дожить хотя бы до Троицы, чтобы еще раз прилюдно обличить «римского зверя». В заключение он заявил, что предает свою душу в руки Спасителя Иисуса Христа. Он исповедовался Бугенхагену, получил отпущение грехов, дал указания, как следует поступить с его прахом. 14-го он добрался до Витгенберга, и здесь здоровье его понемногу пошло на поправку. «Я заново учусь есть и пить. Милостью Божией я, наверное, снова встану на ноги».