Конгресс продолжил работу без Лютера. Вдохновителем споров выступил Меланхтон. Надеясь побыстрее составить документ, который удовлетворил бы всех участников встречи, он отказался от своей идеи протолкнуть тезис о главенстве папы и предложил собранию два коротких текста, целиком выдержанных в антипапистском духе: «О власти и главенстве папы», «О власти епископов творить суд». Лютер перед отъездом поинтересовался, все ли богословы подписались под составленными им статьями, и Меланхтон, не желая огорчать умирающего, каким все считали Лютера, ответил утвердительно, что совершенно не соответствовало действительности. Написанные Лютером тезисы отнюдь не встретили единодушной поддержки, так что в конце концов их вообще решили снять с обсуждения.
Зато единогласного одобрения удостоились оба меланхтоновских текста. Избавившись от нависавшей над ним тени Лютера, тот теперь почувствовал себя первым богословом новой религии и спешил утвердиться в этой роли, снискав всеобщее признание. В знак почтительности перед тем, кого многие в мыслях уже называли «дорогим усопшим», и стремясь избежать ссоры с наиболее радикально настроенной частью собрания, являвшей большинство, он организовал переиздание «Обращения доктора Лютера к возлюбленным немцам», выдержанного в яром антипапистском духе.
Когда Реформатор узнал, что его «Шмалькальденские статьи» не получили поддержки конгресса, он выпустил их отдельной книгой, изложив ряд тезисов в еще более резкой форме и указав, что публикуемый текст «полностью одобрен участниками движения Реформации». Однако из-за болезни автора книга увидела свет только в 1538 году. Еще через год вышел трактат «О соборах и Церкви», в котором Лютер развивал свои идеи о духовной власти. Последнее слово в вопросе веры принадлежит не папской Церкви и не соборам, писал он, но Духу Святому, который проявляется лишь в сознании верующих. «Церковь это не папа, не епископы, не монахи, не имеющие веры в Иисуса Христа, но сами верующие христиане». Далее шли замечания менее научного характера: «Папа-осел придавил нас своей грязной, зловонной, поганой тушей. Он решил, что Церковь — его личный нужник, и потребовал, чтобы поклонялись всему, что вываливается из него и спереди, и сзади». Вместе с тем он выражал надежду, что папа все-таки созовет Вселенский собор и тем самым продемонстрирует всему миру свою несостоятельность.
Агрессивный антипапизм Шмалькальденского конгресса, воинственные заявления Филиппа Гессенского и успехи но-вой Церкви в ряде немецких земель заставили католиков всерьез задуматься о единстве. Договоренности, достигнутые в Десау, существовали только на бумаге. Особенно очевидным это стало после того, как баварские князья вопреки здравому смыслу присоединились к Шмалькальденскому союзу. По поручению Карла V советник императора Гельд, получивший задание расшевелить правоверных князей, в марте 1538 года собрал в Шпейере правителей земель, не изменивших католицизму. Он убедил их в необходимости образования военного союза и даже сумел привлечь к нему баварцев. Однако князья-епископы, с 1524 года входившие в Регенсбургский союз, отвергли предложение Гельда.
В апреле 1538 года в Брауншвейге (на землях герцога Брауншвейг-Люнебургского) состоялся еще один съезд князей-протестантов. Католикам стало ясно, что медлить дальше нельзя. 10 июня родился Нюрнбергский оборонительный союз, который возглавил лично император. В него вошли король Фердинанд, герцог Георг Саксонский, герцоги Эрих и Генрих Брауншвейг-Вольфенбютгельские и курфюрст Майнцский. Этого было слишком мало. Герцог Георг, старый и больной человек, давно утратил былой боевой дух, и командование войском Святого союза — второе название альянса — было возложено на герцога Генриха Брауншвейгского.
В Шмалькальдене прекрасно видели, сколь ничтожны силы союза. Филипп Гессенский сгорал от нетерпения вступить в открытый бой. Поражение армии католиков привело бы к тому, что вся Германия обратилась бы в лютеранство. Но как раз в это время снова вспыхнула турецкая угроза, и императору пришлось бросить все и мчаться к границе. С другого конца империи угрожала Франция, заключившая с протестантами союзнический договор.
Филиппа и его единомышленников ожидало крупное разочарование. 17 июня 1538 года, то есть ровно неделю спустя после образования Нюрнбергского союза, Карл V подписал в Ницце перемирие с королем Французским, развязав себе руки для других сражений. Но гессенцы по-прежнему рвались в бой. Колебания испытывал только курфюрст Саксонский Иоганн-Фридрих, который в 1532 году сменил на троне своего отца. В январе 1539 года Лютер направил ему послание, подписанное также Ионасом, Меланхтоном и Буцером. Конституция империи, говорилось в этом документе, и естественное право позволяют князьям брать в руки оружие, если враг угрожает Евангелию. Если император посмеет применить силу, он тем самым допустит святотатство по отношению к Богу и докажет, что поклоняется идолу. Тогда не останется никакой разницы между ним и заурядным убийцей.