Реформа «со знаком плюс», ставившая своей целью не борьбу с ересью, а улучшение духовенства и через него — всей Церкви, определила деятельность многих религиозных организаций. Среди них в первую очередь заслуживает упоминания «Общество Иисуса», основанное Игнатием Лойо-лой. Этот бравый капитан участвовал в осаде Памплоны, был тяжело ранен, долго болел, а поправившись, совершил в одиночку паломничество ко святым местам. Только в 35 лет он поступил на факультет искусств в Алкале, затем учился в Саламанке и, наконец, в Сорбонне. 15 августа 1534 года вместе с еще шестью единомышленниками 43-летний Лойола организовал общество, поставившее себе одну цель — служение Богу. Три года спустя оно получило название «Общество Иисуса». Поначалу члены Общества занимались подготовкой кадров для выполнения различных ответственных поручений папы, затем занялись проповеднической деятельностью, обращая особое внимание на исконно христианские, но отошедшие от христианства страны. Они преподавали в учебных заведениях и организовали собственную систему «приютов», куда был открыт доступ священникам и верующим мирянам, желавшим в тиши уединения поразмыслить о вере и своей дальнейшей жизни.
Благодаря высокой образованности, дисциплине и самоотверженности иезуиты стали для папы чрезвычайно эффективным «инструментом», способным работать по всей Европе. Но наибольшее применение их таланты нашли в Германии, которая как никакая другая страна нуждалась в грамотных проповедниках. В 1540 году Пьер Фавр — один из ше-сти первых сподвижников Игнатия Лойолы — принимал участие в Вормсском коллоквиуме, а затем проповедовал в Шпейере, Майнце и Кельне, где поддержал народные выступления против архиепископа Германна фон Вида. Ле Жей участвовал в подготовке реформы Регенсбургского капитула и создании школ при университетах и семинарий в Южной Германии. Именно ему доверил представлять себя на Тридентском соборе епископ Аугсбургский. Бобадилья трудился в Нюрнберге, растолковывая прихожанам смысл Послания к Римлянам в духе католицизма, участвовал в диспутах с богословами-протестантами и получил от епископа Пассау задание подготовить реформу духовенства. Он же совершил большую поездку с публичными проповедями по всей Южной Германии. Петер Канизий — первый немецкий иезуит — в качестве богослова принимал участие в работе Тридентского собора.
Кроме иезуитов были и другие организации, посвятившие свою деятельность очищению католического духовенства. В 1517 году, том самом, когда Лютер обнародовал в Виттенберге свои тезисы, в Риме появилась Оратория божественной любви, основанная Жаном-Пьером Карафа (будущим папой Павлом IV), Гаэтаном Тиенским и гуманистом Садоле. Эта организация быстро распространилась по всей Италии. Свою задачу она видела в воспитательной работе с представителями духовенства. В 1524 году из ее недр вышла конгрегация театинцев, занявшаяся подготовкой церковной реформы. Первыми ее руководителями стали Карафа и Гаэтан Тиенский. Со своей миссией она справлялась так успешно, что ее ряды надолго стали тем надежным источником, из которого папство черпало кадры епископов и кардиналов, преданных идеям Тридентского собора.
Еще одна духовная организация того же типа — Духовенство св. Павла — появилась в 1528 году в Милане по инициативе Антонио-Марии Захарии. Основателям этого братства уже было хорошо известно, какая ситуация сложилась в Германии; они читали произведения Лютера и потому особенно ясно понимали, чем грозит Церкви дурное поведение и невежество лиц духовного звания. На севере Италии к этому времени обосновалось некоторое число поборников Реформации, однако Антоний-Мария и его сподвижники избегали вступать с ними в споры, полагая, что это бесполезно. Действительно, богословские диспуты могли привлечь только внимание интеллигенции, а их участники больше думали об удовлетворении тщеславия, чем о поисках истины. Другое дело — практика религиозных добродетелей (по терминологии Лютера, «дела»), без которых спасение души невозможно, а сердца остаются глухими к любым словам. Павел III, внимательно наблюдавший за деятельностью братства с момента его основания, быстро понял его перспективность и присвоил ему статус религиозной конгрегации. Отныне вступавшие в конгрегацию давали торжественный обет, а сама она прямо подчинялась Святому Престолу.