Казалось бы, сделавшись священником, он получил возможность черпать силы для борьбы с искушением в самом отправлении божественной службы, однако в действительности с ним случилось прямо противоположное: «Я готовился к мессе с величайшим благоговением, однако, поднимаясь на алтарь, чувствовал одно лишь отчаяние и в отчаянии же спускался с алтаря». Уже не раз его посещала мысль о том, что не все ладно с состоянием его души. «Неужели я единственный, — вопрошал он себя, — кого вечно грызет эта внутренняя тоска?» Неизвестно, пытался ли он тогда же прояснить этот вопрос с собратьями по вере, однако тридцать лет спустя он уже давал на него определенно отрицательный ответ, распространяя собственное душевное беспокойство на всех монахов своей обители: «Мы изводили своих исповедников». Отметим все же ограниченный характер этого «мы», поскольку в его число не вошли исповедники, то есть все монастырские священники.
В конце концов он заболел, и его отправили в лечебницу. Похоже, никто из окружающих не догадывался, что в исцелении нуждалось не столько его тело, сколько душа. Его уложили в постель, обрекая таким образом на бездействие, одиночество и пустые мечтания. Вскоре у него начались галлюцинации: «Мне виделись призраки и другие зловещие фигуры». Очевидно, что им с новой силой овладели все прежние искушения. «Самые жестокие соблазны мучили и терзали мое тело. Я едва мог дышать, и никто не приходил меня утешить». Пожалуй, ему пошло бы на пользу, если бы его отправили с нищенской сумой собирать милостыню по домам. Возможно, занятие богоугодным делом отвлекло бы его от черных мыслей.
Не исключено, что именно с этой целью осенью 1508 года руководители решили направить его в другой монастырь. За три года, проведенных в Эрфурте, печаль, томившая брата Мартина, делалась все заметнее. Ни принятие обета, ни рукоположение в сан не только не помогли ему вырваться из состояния глубокой прострации, в которой он находился, но, напротив, даже усугубили его тоску. И ему велели собираться в Виттенберг, где его ожидала полная смена обстановки, лиц, привычек и новая деятельность. Монастырское начальство верно рассудило, что молодому человеку, чересчур занятому собой и анализом своих душевных переживаний, настоятельно необходимо более широкое общение с новыми людьми. Принимая это решение, наставники Лютера руководствовались как своим психологическим чутьем, так и правилами ордена. Раз брат Мартин учился в университете и выказал большие способности к наукам, раз он особенно интересуется Священным Писанием, пусть отправляется в Виттенберг преподавать Слово Божье. Поначалу его слушателями будут молодые августинцы, живущие в монастыре, а затем, если дела пойдут успешно, он получит кафедру в Виттенбергском университете, покуда занимаемую профессором о. Штаупицем.
Иоганн фон Штаупиц с 1503 года совмещал профессорскую должность с постом главного викария августинцев строгого устава всей Германии, причем второй своей обязанности отдавался с гораздо большим жаром, чем первой. Лекции в университете он читал крайне нерегулярно и вообще явно стремился отделаться от преподавания, разумеется, предварительно подыскав подходящую замену из числа «своих». В Средние века считалось нормальным, что кафедра принадлежит не конкретному человеку, а религиозному ордену, и именно орден назначал на должность преподавателя одного из наиболее достойных своих членов. Августинцы, весьма высоко ставившие свою репутацию, разумеется, строго следили за соблюдением должной преемственности. Таким образом, направляя о. Мартина Лютера в Виттенберг, его руководители преследовали двоякую цель: вырвать молодого монаха из терзавшей его меланхолии и подготовить хорошего преподавателя для университета.
Однако будущему профессору вначале следовало самому получить ученую степень, и сделать это предполагалось в том же самом заведении, где в дальнейшем он намеревался преподавать. И Мартин снова стал студентом. Правда, теперь его окружал совсем другой, не похожий на прежний, мир. Виттенбергский университет, созданный совсем недавно, всего за шесть лет до приезда сюда Лютера, все еще пребывал в стадии становления. Основание его обусловили причины политического характера. Дело в том, что Саксонское курфюршество не имело собственного высшего учебного заведения. Лейпцигский университет располагался на территории герцогства Саксонского и подчинялся двоюродному брату и сопернику курфюрста; Эрфуртский же университет, хоть и находился в самом центре владений курфюрста, принадлежал князю-архиепископу Майнцскому.