Как и следовало ожидать, в Риме «Резолюции» Лютера произвели скорее отрицательное, нежели положительное впечатление. Папа поручил компетентным инстанциям разобраться с этим делом. Брата Мартина вызвали для объяснений в Рим и заказали монаху-доминиканцу Сильвестру Маццолини, по прозвищу Приерий, преподававшему в Ватикане, подготовить отчет по рассматриваемому вопросу. 7 апреля Лютер получил и вызов в Рим, и отзыв доминиканца, составленный в самых суровых выражениях. Почувствовав реальную опасность, он стал думать о защите. Справедливо рассчитав, что более надежной поддержки, чем помощь светской власти, ему не найти, он направил записку курфюрсту Фридриху, который в это время находился на заседании рейхстага в Аугсбурге.
Рейхстаг являл собой весьма широкое собрание, в котором участвовали все князья империи и представители городов, обсуждавшие дела общенационального масштаба. Опасаясь за свою свободу, Лютер обратился к Фридриху с просьбой оказать ему содействие и добиться, чтобы его допрашивали не в Риме, а на территории Германии. Курфюрст с готовностью исполнил эту просьбу, и в Риме ее приняли благосклонно. Ответственным за организацию процесса в Германии назначили папского легата кардинала Каетано, присутствовавшего на рейхстаге.
Это был человек, вполне достойный возложенной на него миссии. Фома де Вио, по прозвищу Каетано (он был родом из Гаэты), считался одним из выдающихся мыслителей своего времени. Вступив в орден доминиканцев, он преподавал в Падуанском университете, пока в 1508 году не занял пост главы своего ордена. Кардинальский сан и звание легата он получил незадолго до своего появления в Аугсбурге. Каетано придерживался философских взглядов, которые вполне могли привлечь к нему симпатии Лютера. Придавая Откровению гораздо большее значение, нежели доводам разума, он учил, что в вопросах веры философия бесполезна. В отношениях с окружающими он проявлял себя человеком сдержанным, терпеливым и дружелюбным. Внимательно изучив толстую папку с делом Лютера, он пришел к выводу, что из всех выдвинутых последним тезисов только два находятся в противоречии с католической верой, но эти два заслуживают звания еретических: во-первых, тезис об отрицании заслуг Христа, служащих основанием для отпущения грехов и получения индульгенции, а во-вторых, тезис о том, что вера действенна без добрых дел.
Допрашивать Лютера он начал 12 октября и первым делом убедился, что приписываемые последнему тезисы действительно принадлежат его перу. Затем он предложил ему отречься от своих взглядов, но это предложение не встретило отклика: брат Мартин подошел к этапу окончательного формирования своих убеждений, которые ему предстояло пронести через всю жизнь. В то же время он с настойчивостью подчеркивал, что остается покорным сыном Церкви. «Я стою перед вами, — в первый же день заявил он легату, — как смиренный и послушный сын Святой Христианской Церкви; я готов безропотно выслушать все, в чем меня обвиняют, и, если выяснится, что я ошибаюсь, с радостью принять истинное учение». Начало казалось вполне конструктивным, и Каетано решил даже, что легко одержит над строптивцем верх. Однако, как рассказывает сам Лютер, «каждый поднятый вопрос приводил все к новым противоречиям, так что нам не удалось добиться согласия почти ни по одному пункту».
На втором допросе история повторилась. Брат Мартин упорно защищал тезисы, противоречившие церковному учению, но при этом каждый раз оговаривал: «Сегодня я заявляю, что никогда не замышлял и не делал ничего, что противоречило бы Священному Писанию, святоотеческим заветам, установлениям папы и здравому смыслу. Все, чему я учил, я и сегодня считаю святым, истинным и верным католичеству». На третий день он принес с собой письменное объяснение, последнюю попытку оправдаться, но и здесь легат обнаружил сплошное отрицание того, что внушал ему накануне. Вскоре по Аугсбургу пронесся слух, что глава августинцев отдал приказ об аресте Штаупица и Линка, обвинив их в поддержке Лютера и потворствовании его заблуждениям. Говорили также, что викарий снял с брата Мартина обет послушания, после чего вместе с Линком бежал в Нюрнберг. В свою очередь, кардинал понял, что сломить сопротивление упрямца ему не удастся, и прекратил допросы.
В дальнейшем инициативу взял в свои руки Лютер. Он направил кардиналу пространное послание, в котором просил прощения за свое поведение и заявлял, что больше вообще не будет говорить об индульгенциях. Заканчивалось письмо признанием, что, несмотря на его горячее желание отречься от высказанных ранее мыслей, он все-таки никак не может согласиться с тем, что сформулированные кардиналом догматы являются истинным выражением учения Церкви. Как видим, он по-прежнему метался между одними и теми же полюсами: желанием и рассудком. В конце концов он обратился непосредственно к папе, чей авторитет столь решительно отвергал всего несколькими днями раньше. Затем, 20 октября, он тайно скрылся из Аугсбурга, оставив Каетано записку, в которой просил легата «милостиво признать» его «полную покорность» и «доложить о ней Святому Отцу нашему папе».