Епископ Мерзебургский, занимавший пост канцлера Лейпцигского университета, воспринял идею проведения диспута весьма неодобрительно. К чему спорить о том, что и так ясно? Пусть Лютер и его сторонники прямо скажут, согласны они с католическим учением или нет, и дело с концом. Георг, герцог Саксонский, напротив, отнесся к предстоящему мероприятию благосклонно. Послушный сын Церкви, он искренне надеялся, что великий Экк сумеет заткнуть глотку Лютеру. Кроме того, его приятно грела мысль о той чести и славе, какая выпала на долю Лейпцига среди всех соперничавших университетов. Впрочем, не желая раздражать канцлера, он выдал пропуск одному Карлштадту, правда, с припиской «с сопровождающими его лицами». Лучшего способа пригласить Лютера не выдумал бы никто.
Герцог приказал подготовить для приема богословов и слушателей свой замок в Плейсенбурге и сам лично приехал встретить их из своей дрезденской резиденции. Он прибыл ровно за пять дней до начала диспута, чтобы успеть принять участие в торжественном шествии по поводу праздника Тела Господня. Доктор Экк тоже приехал заранее. Что касается виттенбергских богословов, то они предпочли не мешаться с толпой своих противников и появились на месте через день после праздника. Их процессию возглавлял Карлштадт. То ли он сам счел себя героем дня, то ли университетское руководство велело ему прикрыть собой Лютера. За ним выступал ректор Виттенберга с дюжиной профессоров, среди которых выделялись Меланхтон, Армсдорф и Ланг. Вся компания шествовала в окружении двух сотен вооруженных студентов. И в это время от епископа Мерзебургского прибыл посланец с пастырским предписанием, запрещающим проведение диспута. Герцог приложил все усилия, чтобы замять эту неприятную новость, и утром 27 июня слушания начались.
В течение четырех дней Карлштадт и Экк вели друг с другом спор. Экк выглядел уверенным в себе, говорил язвительно и иронично, держался обвинительного тона. Как утверждал Пиркхаймер, в его манере сквозило «что-то от яростной дерзости». Маленький и горячий Карлштадт кипятил-ся, зачастую не находил нужных слов, а найденные бормотал глухо и неразборчиво. Главная тема обсуждения сводилась к проблеме благодати и свободы воли. Экк защищал католическую доктрину об их совместимости, Карлштадт настаивал на пассивной роли человеческой воли перед Божьей благодатью. Виттенбергский ученый без конца сопровождал свою речь цитатами, которые по ходу дела подыскивал в толстых книгах, принесенных на заседание. В конце концов его лейпцигскому оппоненту это надоело, и он заявил, что подобная практика несовместима с серьезным спором. Драгоценные источники у Карлштадта отняли, и он потонул в собственных объяснениях. «Дерзкий Экк торжествовал», — свидетельствует Кун.
4 июля настала очередь Лютера. Среди присутствующих его появление вызвало всплеск любопытства, тем более что обсуждать собирались проблему папской власти, которую Карлштадт — скорее из осторожности, чем из убеждений — отказался включить в свое выступление. Публика ожидала, что Лютер сразу перейдет в наступление, но ничего подобного не произошло. Почувствовав, что сопернику удалось почти целиком покорить аудиторию (как он, должно быть, сожалел, что уступил первую роль Карлштадту!), он начал с того, что громко заявил о своем почитании папского престола, а потом обвинил Экка в навязывании ему темы, по которой он не желал дискутировать. Тогда слово взял Экк и с присущей ему уверенностью, демонстрируя глубочайшую эрудицию, прочитал всем присутствующим целую лекцию по теологии, которую закончил сопоставлением тезисов Лютера с гуситской ересью. Это был чрезвычайно ловкий, дважды выигрышный ход: во-первых, он заставил Лютера защищаться, поскольку обвинение в ереси оставалось самым тяжким; во-вторых, удачно сыграл на враждебности саксонцев к чехам, в частности лейпцигских ученых к пражским. Он направил немецкий национализм в другое русло, заставив аудиторию на время забыть о своих претензиях к далекому Риму и обратить их против ближайшего соседа. Лютер почувствовал себя в опасности и принялся вилять. Он признал авторитет папы, однако отказывался принять догмат о его божественном происхождении.
На следующий день Экк явился на заседание, полный решимости окончательно добить загнанного зверя. Он зачитал присутствующим гуситские тезисы, весьма схожие с тезисами Лютера. В ответ Лютер во всеуслышание провозгласил себя католиком и назвал клеветнической попытку сравнивать его с раскольниками, пошатнувшими единство Святой Церкви.