Некоторые исследователи предполагают, что это решение было лишь трусливой уступкой крайнему левому крылу, требовавшему изгнания императора в Сибирь, ввиду того что всем непрестанно мерещились заговоры в армии в пользу царя.
А ведь такой возможности и вправду нельзя было исключать. Так называемые «революционеры» в начале своего правления многими жителями России воспринимались не иначе как очередные бунтари, коих страна немало уже повидала на своем веку.
Цари на русской земле были всегда. И как бы ни был народ тайно или явно недоволен очередным Божьим помазанником, иного варианта, чем монархическое правление, он и представить себе не мог. Отказ от царя вообще, царя как такового был немыслим. Он был равносилен отказу от Бога (что в итоге и произошло), а для некоторых – и от родины. Поэтому, если раньше те же казаки и им подобные пытались «во имя всеобщего блага» заменить одного царя на другого, что было более или менее понятно и в какой-то мере привычно, то теперь все сложилось по-иному. А это дестабилизировало, выбивало почву из-под ног, особенно у жителей сельской глубинки.
До последней минуты дата и место, куда должны были отправиться Романовы, держались в секрете. 2 августа 1917 года поезд под флагом японской миссии Красного Креста в строжайшей тайне отбыл с запасного пути. Каждые полчаса по вагону проходил дежурный офицер в сопровождении часового, «удостоверяясь в наличии всех в нем помещенных»… Временному правительству посылались телеграммы с докладом.
5 августа 1917 года специальный поезд прибыл в Тюмень. Семье следовало здесь пересесть на пароход «Русь», который должен был по реке Тобол доставить их до места.
Жизнь в Тобольске, в так называемом «Доме свободы», который был предоставлен царской семье и их свите, не была особо тягостной, пока однажды, во время рождественского богослужения 25 декабря, произошел инцидент, о котором рассказывается в книге следователя Соколова. В присутствии семьи бывшего царя диакон Покровского храма Евдокимов провозгласил «долгие лета» всему императорскому дому, чем привел в замешательство присутствующих. После этого епископ Гермоген был вынужден объясняться с местными органами власти; по городу пошли упорные слухи о готовящемся побеге царской семьи, и режим содержания узников был ужесточен.
После прихода к власти нового, большевистского, правительства страсти вокруг заключенной в Тобольске царской семьи продолжали накаляться. В конце января 1918 года Совнарком принял, как уже говорилось, решение об открытом суде над бывшим царем, главным обвинителем должен был выступить Лев Троцкий. Суд планировали провести в Петербурге или Москве, причем для того чтобы доставить туда бывшего царя, в Тобольск был направлен комиссар В. В. Яковлев (Мячин).
22 числа того же месяца комиссар Яковлев прибыл в Тобольск. От первоначального плана – вывезти из Тобольска семью в полном составе – пришлось отказаться, так как 12 апреля Алексей сильно ушибся и был не в состоянии самостоятельно передвигаться.
25 апреля Яковлев встретился с бывшим царем и официально объявил, что собирается увезти его одного. Николай попытался спорить, но Яковлев недвусмысленно напомнил о его статусе арестанта и пригрозил насилием или же отказом от исполнения собственных обязанностей, в результате чего могут прислать другого, менее гуманного человека.
По свидетельству очевидцев, ни пункт назначения, ни причина отъезда бывшему царю сообщены не были (по другой версии, именно тогда императора должны были привезти на суд в Москву, но что-то не сложилось, поэтому вынужденная остановка и была сделана в том самом злосчастном доме Ипатьева). Сам Николай придерживался мнения, что его собираются вынудить скрепить своей подписью Брестский мир, и резко протестовал против этого.
Александра Федоровна приняла решение сопровождать супруга. Неизвестно, как случилось, что к ним присоединилась Мария. Кроме жены и дочери, сопровождать царя в этой поездке должны были князь Валентин Долгоруков, доктор Боткин, камердинер Чемодуров и горничная Демидова. Впереди и позади экипажей двигалась охрана из отряда Яковлева с двумя пулеметами и восемью солдатами тобольского гарнизона.
Поездка заняла два дня. Яковлев спешил. Причины этой спешки, возможно, заключались в том, что Яковлев вел двойную игру, пытаясь под предлогом исполнения распоряжений большевистского правительства передать царя немцам, оккупировавшим в то время значительную часть Советской России. Это мнение подтверждается и современными исследователями, причем доказательством тому служит факт, что в дальнейшем Яковлев перешел на сторону белых. Сохранились также сведения о том, что уральские солдаты, которым показалась подозрительной та почтительность, с которой Яковлев держался по отношению к членам царской семьи, устроили засаду у села Иевлева, неподалеку от переправы через Тобол, чтобы при малейшем подозрении на измену с его стороны отбить узников.