Тогдашний русский царь Петр I, занятый в это время войной со шведами, не мог отправить против них значительных войск. Боярин князь Петр Иванович Хованский вступил в мирные переговоры с бунтовщиками. Те обвиняли русских, и по праву, в непомерной тяжести новых налогов, роптали на рекрутскую повинность и заявляли, что восстанием хотят дать знать о своем негодовании русскому царю, поскольку, как они подозревали, их челобитные на это и на бесконечные притеснения воевод до него не доходят. Но умелые действия русского руководства в этот трудный и ответственный момент заставили восставших на время смириться с создавшимся положением. Царское правительство, скрепя сердце, вынуждено было пойти на некоторые уступки. Мятежникам, в свою очередь, было объявлено официальное прощение.
Бунтари разошлись по домам, но несмотря ни на какие договоренности у стен Казани, внутри самой Башкирии мятеж не утихал. К прежним причинам добавилась еще одна, тоже весьма понятная: башкиры были ограничены в праве владения лесами, произраставшими на их же собственных землях. Леса эти были подразделены на заповедные и незаповедные. Использовать заповедные леса для собственных нужд запрещалось категорически. Детям этих самых лесов и степей такое, разумное с точки зрения современного человека, требование принять было не просто. Лес был источником и частью их жизни, и подобное ограничение, тем более исходящее со стороны чужеземцев, они, естественно, могли воспринять как очередное покушение на собственную жизнь и свободу.
В связи с этим актом неповиновения взбешенный царь Петр I, который терпимостью вообще никогда не отличался, разрешил собрать народное ополчение и истреблять недовольных башкир всеми доступными способами.
На зов царя явились, конечно, калмыки. Две орды, по 10 000 человек каждая, под начальством стольника Бахметева. Калмыки вторглись в Башкирию, сжигая все на своем пути, грабя местных жителей, угоняя скот. Ордынцы резали мужчин, уводили в плен женщин и детей. В итоге башкирское восстание было жестоко подавлено. Но трудно сломить гордый дух кочевого народа: едва калмыки ушли с башкирских земель, восстание вспыхнуло с удвоенной яростью. Калмыки повернули назад – и все «мероприятие» повторилось снова. Убедившись, что одной лишь силой с башкирскими бунтами не справиться, российским руководством было решено принять более действенные меры.
В 1720 году стоявший с войсками в Мензелинске граф Головкин был отправлен в Уфу с грамотой царя, который обещал башкирам прощение, но при условии, что они выдадут беглых бунтарей и впредь принимать их у себя не станут. В то же время Головкину было поручено разобраться наконец в истинных причинах народных волнений. Башкиры, смирившись – временно – со сложившейся ситуацией, обещали выдать всех беглых, прибывших за последние десять лет. И действительно, с 1720-го по 1722 год в Казань было доставлено около пяти тысяч беглых семей. Но волнения не прекращались.
Петр I намеревался применить более действенные методы для умиротворения башкирского края, но смерть не дала ему этого сделать. Вместе с его кончиной мысль о наведении порядка на башкирских землях на время покинула головы российских лидеров.
В 1728 году в Москву явилась башкирская делегация, во главе которой стоял Ярней Янчурин, с челобитной от башкир всех четырех дорог. Башкиры вновь указывали на поборы воевод, на захваты их земель. Правительство милостиво приняло челобитную и, согласно пожеланиям башкир, отделило в 1729 году Уфимскую провинцию от Казанской губернии, подчинив ее непосредственно сенату. Удовлетворены были и другие жалобы башкирского народа. В том же году он был освобожден и от рекрутской повинности, впредь до нового указа.
Но, несмотря на эти миролюбивые действия, некоторые члены российского правительства были крайне негативно настроены в отношении башкир. В записке одного государственного чиновника подчеркивалось, что башкиры – мусульмане (и по сей день многие воспринимают ислам как религию, призывающую к войне с инакомыслящими), напоминалось об их прежнем жестоком отношении к русским и указывалось на необходимость, в связи со всем вышеизложенным, держать в Уфе грамотного воеводу. Правда, кроме этого в ней содержались также полезные хозяйственные рекомендации и советы по поддержанию безопасности в крае.
По поводу наведения порядка на башкирских землях еще решительнее выступил в 1734 году один из петровских питомцев, Кирилов, составитель первого атласа России. Кирилов слышал лично от Петра пожелание взять Башкирию под контроль и только и ждал подходящего для этого случая. И случай представился.