В изматывающей неразберихе, последовавшей за поражением и победой, разыскиваемому нацисту было относительно легко спрятаться в Европе или эмигрировать из нее вместе с семьей и начать новую жизнь на другом континенте. Однако для беглого дирижера оба эти пути были закрыты. Его профессия требует внимания публики и, поскольку возможности самореализации в Южной Африке или Сирии весьма и весьма ограничены, все причастные к делам нацистов дирижеры оказались на учете уже через несколько месяцев. Караян отыскался последним. В сентябре 1945 его нашел директор театра в Триесте, который направил к нему майора британской армии, чтобы тот привез дирижера для выступления перед солдатами. Он получил удостоверение личности и право свободного проезда домой, в Зальцбург — «нас везли в грузовиках, точно скот», вспоминал Караян. До конца года он тихо просидел в родительском доме — после концерта в Вене его подвергли долгому и дотошному допросу.
Обвинения, выдвинутые против него, были самыми серьезными из всех, что предъявлялись нацистским музыкантам. Мало того, что Караян играл в империи зла ведущую музыкальную роль, его обвиняли еще и в принадлежности к СД, тайной полиции нацистов, шпионстве за коллегами-музыкантами и выдаче замаскировавшихся евреев и левых. Подозрения эти документально не подтвердились и, в конце концов, были сняты. Караян отрицал все, подтверждая лишь, что он вступил в 1935-м в НСДАП да и то не по собственной воле.
«Я придерживался того мнения, — говорил он впоследствии, что определенные судебные органы были готовы действовать, не имея права принимать какое ни на есть решение на мой счет. Только что закончилась война, применительно к которой никто не мог так просто взять да и вынести приговор. А люди, которые по долгу службы решали, имею ли я право дирижировать или не имею, — я знал их слишком хорошо, чтобы считать достойными представителями власти».
Одним из следователей, с самого начала пытавшихся затянуть разбирательство, был Отто де (фон) Пасетти, венский тенор, который в 1933-м отбил Лотте Ленья у Курта Вайля, а после таскался за воссоединившейся четой по Америке. Пасетти, как говорили, получал удовольствие, терзая подозреваемых лживыми обещаниями о том, что все ограничения их свободы будут в скором времени сняты; Карла Бёма он промучил неизвестностью целых 18 месяцев — сладкая профессиональная месть со стороны серенького экс-певца. Другой следователь США, бывший австрийский писатель Эрнст Лотар, требовал надолго запретить выступления Караяна. «Предположение, что такой умный человек совершенно не понимал смысла и последствий принадлежности к партии, представляется абсурдным» — доказывал он.
Пока американцы пререкались, городские власти попросили Караяна организовать Зальцбургский фестиваль 1946 года. Он собрал музыкантов и начал репетировать с тремя оркестрами сразу, но тут американские офицеры приказали ему покинуть «Фестивальный дом». На роли дирижеров были взяты Крипс, Зваровски и Феликс Прохазка, Караян же прятался в суфлерской будке, помогая певцам. Еще до того, как запрет был отменен, Караяна ангажировал Люцернский фестиваль нейтральной Швейцарии, а «Общество друзей музыки», управлявшее концертными сезонами Вены, назначило его своим пожизненным художественным директором.
Всего Караян провел в состоянии вынужденного безделья тридцать месяцев — больше любого другого музыканта. При всяком выступлении в Нью-Йорке ему приходилось сносить демонстрации, а в 1989-м Министерство юстиции США провело в отношении Караяна расследование, основанное в точности на тех же обвинениях, какие предъявлялись ему в 1946-м. Если бы он был лично причастен к казням и высылкам, за десятилетия его славы наверняка отыскались бы люди, могшие дать против него показания, однако их не было. Затянувшееся «Дело Караяна» основано на внешних, не относящихся к существу дела уликах, которых ни один суд к рассмотрению не принимает.
Существовали музыканты, хоть и не вступившие в партию, однако имевшие куда более тесные связи с нацистами. Ганс Пфицнер пользовался покровительством своего тезки Ганса Франка, палача Польши, любовницей которого была прославившаяся после Первой мировой певица-сопрано. Рихард Штраус опирался на поддержку Бальдура фон Шираха, который гнал венских евреев в лагеря смерти, а после и сам едва избежал нюрнбергской виселицы. Хайнц Титьен, наполовину англичанин, зловещий управляющий театрами Пруссии в пору Веймарской республики и Третьего Рейха, нес, вместе с англичанином по рождению Уинифредом Вагнером, ответственность за переработку опер Вагнера в духе нацистской идеологии. Уинифреда пожизненно отстранили от управления Байройтским фестивалем, однако Титьен вскоре всплыл на поверхность, приняв на себя в 1948-м руководство Берлинской городской оперой, — два года спустя он уже дирижировал Вагнером в «Ковент-Гардене».