Певец был возмущен тем, в каком свете журналист представил его личную жизнь публике: «Я поверил ему, впустил его в свою жизнь и в жизнь моей семьи. Я хотел, чтобы обо мне рассказали правду. Он обещал мне быть справедливым и объективным. Не могу понять, как профессиональный журналист мог пойти на такой обман. Так меня еще никогда не предавали». После выхода программы, собравшей огромную зрительскую аудиторию, Джексон поспешил опровергнуть все обвинения, но эти попытки не дали результата.
А несколько месяцев спустя семья Арвизо подала на Майкла в суд. 18 декабря 2003 года полиция провела обыски в поместье «Neverland». Певцу снова были предъявлены обвинения в совращении малолетнего мальчика, которому предшествовало приведение его в состояние опьянения. Музыкант с возмущением отверг все обвинения, заявив, что семья «жертвы» просто хочет таким образом заработать на нем. Скандальный процесс над Джексоном длился почти пять месяцев — с января по май 2004 года. За его ходом следил целый легион журналистов — более 2200 средств массовой информации со всего мира аккредитовали своих сотрудников для освещения судебного дела. В конечном счете, в июне 2005 года Майкл Джексон был признан невиновным по всем десяти пунктам предъявленных ему обвинений в совращении подростка. Такой вердикт вынесло жюри присяжных.
В первом же интервью после окончания слушаний артист признался, что этот суд был самым тяжелым испытанием в его жизни. Скандал сильно подкосил Майкла — его близкие и друзья говорили, что он страшно подавлен, ни с кем не разговаривает и общается только с детьми. Джексон практически стал затворником, отгородившись от внешнего мира и даже от семьи.
И все же, несмотря на уголовное преследование, 16 ноября 2004 года певец выпустил альбом «Michael Jackson: The Ultimate Collection Box Set». Этот роскошный набор из 5 дисков, содержащий 57 треков и 13 ранее невыпущенных записей, охватывающий период с 1969 по 2004 год, плюс неизданный ранее живой концерт 1992 года на DVD, дает, пожалуй, самое полное представление об артистизме и таланте Майкла Джексона в его лучшие годы. Несмотря на то что в течение долгого времени он не создавал почти ничего нового, его музыка и в 2000-е годы была востребована, хотя, безусловно, вершины творчества короля поп-музыки были далеко позади.
После суда Майкл Джексон покинул «оскверненное» полицией поместье «Neverland» и вместе со своими детьми перебрался жить в Бахрейн по приглашению монаршей семьи этой ближневосточной страны. Скрывшись от людских глаз на искусственном острове Амвай в Персидском заливе, Джексон приступил к подготовке записи благотворительного сингла памяти жертв урагана «Катрина».
Однако переезд на Ближний Восток не спас певца от новых нападок журналистов. В ноябре 2005 года в газетах появилась информация о том, что семейство Джексона намерено отправить его на курс реабилитации от наркозависимости и что в Бахрейне с ним случилась передозировка кокаином. В ответ на это в декабре 2005 года было опубликовано официальное заявление представителей певца, гласящее, что «в данный момент мистер Джексон работает над своей новой песней, выпуск которой будет посвящен помощи пострадавшим от урагана „Катрина“. Он никогда не был более доволен и счастлив. Кто бы ни были те люди, настаивающие на искажении его морального облика и предоставлении заведомо фальшивой информации, им лучше начать подыскивать очень хороших адвокатов, потому что терпение мистера Джексона не безгранично». Новая песня, о которой шла речь, называлась «I Have a Dream» («У меня есть мечта»), и Джексон признавался, что написал ее во время суда. Певец планировал записать эту песню совместно с несколькими именитыми исполнителями, среди которых Стиви Уандер, Бритни Спирс, «Black Eyed Peas», «5 °Cent» и другие. Но вскоре выяснилось, что далеко не все приглашенные музыканты захотели участвовать в проекте, возглавляемом Джексоном. И хотя песня «I Have a Dream» была записана синглом, но по невыясненным обстоятельствам так и не вышла.
23 декабря 2006 года Майкл вместе со своими детьми тайно вернулся из-за границы в США (полтора года он провел в Бахрейне, а потом в Ирландии, где жил в кельтском замке затворником). С возвращением в Америку Джексону помог его друг Джек Вишна, известный американский бизнесмен, который ранее вел дела Бритни Спирс и Ричарда Брэнсона. Родина встретила экс-короля музыки новыми скандальными публикациями в прессе и разборками в суде.