Но Строцци категорически отказал делла Стуфе, заявив, что утром сообщит обо всем властям, тем самым позволив новоявленному убийце сбежать, пока его не хватились. Лишившись главного подозреваемого, Комиссия Восьми по охране государства допросила отца Принцивалле, Луиджи, и хотя он сказал, что ничего не знал о намерениях сына, в ходе дальнейшего расследования выяснилось, что Луиджи и его жена помогли Принцивалле бежать. Родители получили письмо от Лукреции де Медичи, супруги Джакопо Сальвиати, в котором та сообщила, что вместе с мужем узнала о заговоре от одного из братьев Филиппо, Маттео Строцци, женатого на одной из дочерей Аламанно Сальвиати. Пьеро Содерини хотел отдать Луиджи делла Стуфу под суд, заявив, что заговор был направлен не только против него, но и против власти республики.
Незадолго до бегства Принцивалле нанес визит Юлию II и кардиналу де Медичи в Болонье и, как утверждают, упоминал о том, что якобы в заговоре замешан сам понтифик. Но папа, узнав об этом, пришел в ярость, обвинив гонфалоньера и других членов Синьории в бесстыдной лжи. Едва ли Принцивалле сумел заручиться поддержкой Медичи в деле, которое с самого начала казалось гиблым, хотя последующее свержение Содерини не могло их не обрадовать. В конце концов, власти объявили Принцивалле бунтовщиком и лишили Луиджи должности правителя Пизы, приговорив к трехлетней ссылке в Эмполи, что в тридцати пяти милях от Флоренции. Политическое давление его друзей спасло Луиджи от более сурового наказания. Хотя этот вердикт и был компромиссным, он все же означал поражение Содерини, продемонстрировав неспособность гонфалоньера заручиться необходимой поддержкой, чтобы покарать общепризнанного врага государства.
Нет никаких документальных свидетельств, указывающих на мнение Макиавелли об этом деле, но, так или иначе, мысли Никколо были заняты совершенно другим. Кроме того, для набора рекрутов в кавалерию ему пришлось отправиться в Сиену и напомнить Петруччи о том, что его перемирие с республикой вскоре истекает, а также обсудить условия нового перемирия на еще более длительный срок, по условиям которого Сиена обязывалась вернуть Флоренции Монтепульчано.
5 мая 1511 года Никколо отправился в Монако с поручением освободить флорентийский корабль, захваченный местным правителем Лучано Гримальди, и попытаться договориться с ним о сотрудничестве в морской торговле. Пока Никколо был в пути, правительство передумало, рассудив на этот раз так: «Постыдно, ежели не рискованно принимать в наши порты его [Гримальди] суда с краденым грузом». Лучано и вправду получал немалую прибыль от пиратства, и оказывать ему какую-либо помощь означало спровоцировать крупный дипломатический скандал. Но Макиавелли все-таки добился освобождения захваченного судна и 11 июня вернулся во Флоренцию.
За время его отсутствия многое переменилось на итальянской политической арене. В первые месяцы 1511 года состоялось успешное наступление объединенных войск папы и Венеции на французских союзников в Северной Италии. В конце января вследствие нерешительности французского губернатора Ломбардии Шарля д’Амбуаза, правителя Шомона (племянника кардинала д’Амбуаза), Юлий II занял Мирандолу, стратегически важный укрепленный город. Но в феврале обстановка резко изменилась: Шарль безвременно скончался, и во главе войск Людовик XII решил поставить пожилого, но энергичного Джанджакомо Тривульцио и импульсивного Гастона де Фуа, герцога Немурского. Стиль командования войсками изменился, что вскоре возымело последствия, когда весной французская армия направилась на юг, к Болонье, вынудив папу бежать в Равенну.
Юлий II доверил оборону города кардиналу Франческо Алидози, но этот прелат вызывал такую ненависть местного населения, что болонцы, едва завидев французов, подняли восстание, изгнали папский гарнизон и с распростертыми объятиями приняли бывших правителей Бентивольо. В отсутствие понтифика торжествующие горожане выместили свой гнев на бронзовой статуе папы работы Микеланджело: они разбили скульптуру на осколки, из которых затем герцог Феррары отлил одну из своих знаменитых пушек. Когда Юлий II принялся изливать свой гнев на Алидози за то, что тот упустил Болонью, кардинал попытался переложить вину на герцога Урбино Франческо Мария делла Ровере, который позже подстерег вероломного клирика в Равенне и вонзил ему в голову кинжал.