Но Чезаре столкнулся с еще одной серьезной проблемой, словно предательства самых верных ему соратников было мало. 20 декабря тяжелая конница, посланная ему на подмогу Людовиком XII, двинулась на Милан, лишив герцога «войск более чем наполовину, а доброго имени на три четверти». Это неожиданное событие переполошило придворных Борджиа, но Макиавелли, несмотря на долгие беседы с французскими командирами, причин произошедшего так и не выяснил. Тем не менее Чезаре продолжил свой поход, сохранив при себе 5 тысяч швейцарских, немецких, гасконских и итальянских пехотинцев. О следующей цели герцога ходило множество догадок, однако вскоре выяснилось, что он направляется в Сенигаллию, которую Джованна да Монтефельтро приберегла для юного сына Франческо Мария делла Ровере, и в этом ей помогал генуэзский кондотьер, а в прошлом знаменитый флотоводец Андреа Дориа.
Узнав о приближении Борджиа, все трое сбежали, приказав напоследок кастеляну сдать крепость. Чезаре прибыл к воротам Сенигаллии 31 декабря, и встретили его бывшие мятежники, Вителоццо Вителли, Ливеротто Эуфредуччи да Фермо и Паоло Орсини, которых он послал вперед захватить город. По некоторым свидетельствам, они замышляли убить предводителя, а уход французской кавалерии на самом деле спланировал сам герцог, чтобы новоявленные убийцы чувствовали себя в мнимой безопасности. Как бы то ни было, едва прибыв в Сенигаллию, Чезаре провел ловкий маневр: его солдаты оттеснили Паоло, Вителоццо и Ливеротто от их сил сопровождения, затем по условленному сигналу солдаты Борджиа схватили кондотьеров, связали, а потом расправились с их солдатами.
Прибывший в тот же вечер в Сенигаллию из Фано Макиавелли обнаружил, что в городе царил хаос. В кратком донесении правительству он заметил, что, по-видимому, пленники до утра не доживут. Его предположение оказалось верным: ночью по приказу Борджиа дон Микелотто задушил Вителли и Эуфредуччи. Орсини прожил на три недели больше — Чезаре и папа римский намеревались пленить семью Паоло, чтобы, как язвительно подметит Никколо, «можно было хорошенько повеселиться». Понтифик узнал о намерении сына накануне операции в Сенигаллии, и едва ему стало известно, что все прошло удачно, как глава клана Орсини в Риме был арестован и брошен в тюрьму. Вскоре дряхлый слепец и распутник, кардинал Джанбаттиста Орсини, считавшийся вдохновителем заговора в Маджионе, умер — по слухам, его отравили, — а папа конфисковал всю его собственность.
Макиавелли увиделся с Борджиа вскоре по прибытии в Сенигаллию и нашел герцога в прекрасном расположении духа. Чезаре сказал послу, что Флоренция должна благодарить его за то, что он избавил ее от «этих ядовитых сорняков, отравлявших Италию», а также потребовал, чтобы республика прислала ему Гвидобальдо да Монтефельтро, если тот скрывается во флорентийских владениях. Позже помощники герцога добавят, что Флоренции следовало бы направить к Борджиа подходящего посла, «избранного из числа наиболее выдающихся горожан». Макиавелли передал эти требования и другие обрывочные сведения Десятке. Горо Гери, разыскиваемый республикой за участие в разжигании бунта в Пистойе, был схвачен группой испанских солдат Борджиа, и те потребовали две сотни дукатов за его доставку во Флоренцию. «Вашей Светлости не стоит отметать это предложение», — писал Никколо в одном из писем Десятке. Спустя неделю пришел ответ: правительство заявило, что, разумеется, весьма заинтересовано в поимке Гери, однако предложенная цена слишком высока. Также Десятка распорядились, чтобы Макиавелли поторговался и сбил ее до «80, самое большее до 100» дукатов. Впоследствии Гери сбежал. Едва ли Никколо мог предполагать, что их путям суждено вновь пересечься, но при совсем иных обстоятельствах.
Тем временем Борджиа решил поквитаться еще кое с кем. Изгнав из Перуджи Джампаоло Бальони, герцог обратил свой взор на Сиену — он жаждал отомстить ее неофициальному правителю Пандольфо Петруччи за участие в заговоре в Маджионе. И вновь Чезаре прибавил хлопот Макиавелли, выдвинув уже знакомую идею заключения союза с Флоренцией, и подчеркнул, что республика охотно выложит 100 тысяч дукатов, лишь бы избавиться от Вителли и других заговорщиков; в итоге флорентийцы задолжали ему не меньше суммы, оговоренной в Кампи. Флоренции следует утвердить эту договоренность, если, конечно, она не желает «вопреки обычаю прослыть неблагодарной». Также Чезаре сказал, что истинным зачинщиком восстания в Ареццо был Петруччи. Так или иначе, французского короля Флоренция могла не опасаться, потому что Людовик XII обязался защищать Сиену, а не Петруччи. Борджиа вновь напустил на себя угрожающий вид, и потому Никколо с облегчением сообщил ему, что послом к его двору республика назначила Джакопо Сальвиати. Завершив свою миссию, 20 января Макиавелли отправился домой.