Однако все эти меры не гарантировали безопасность небольшого Мангазейского острога, и поэтому в 1606 г., направляя на реку Таз — уже от имени самозванца Лжедмитрия I — воевод Давыда Васильевича Жеребцова и письменного голову Курдюка Петровича Давыдова, Тобольск распорядился построить на месте острога Мангазейский город. То, что этот город был срублен при Жеребцове и Давыдове, Данила Наумов нашел точные документальные доказательства. В древней летописи Мангазеи, которая велась в соборной церкви Троицы, он отыскал такую запись: «Во 115 (1607) году зарублен город Мангазея на Тазу реке, а зарубил тот город Давыд Жеребцов». Сопоставляя наказные памяти первых воевод, он увидел, что именно после Давыда Жеребцова в них стали писать отсутствующую в прежних документах фразу, а именно: принять дела у Жеребцова и Давыдова «от города и острога и на городе и на остроге наряд и казну зелья…». В наказах до Жеребцова она читалась так: принять «…острог и на остроге наряд, и казну зелья». Наказ, в котором впервые упоминалось слово «город», выдан в 1608 г. мангазейским воеводам Ивану Нелединскому и письменному голове Степану Забелину от имени царя Василия Ивановича Шуйского. Итак, выходило, что город Мангазея был построен при воеводах Жеребцове и Давыдове.
Что же представлял собой этот легендарный город? Вот здесь и пригодился «Расписной список» 1626 г. Судя по нему, Мангазея не отличалась ничем особенным от других рубленых русских средневековых городов Севера. В ней имелась крепость — кремль, крепостная стена, посад, кладбище, три церкви, гостиный двор, «государевы житницы». Но было в нем и такое, что не повторилось ни в одном русском городе. Здесь находилась аманатская изба — явление чисто сибирское. Городские постройки стояли на вечной мерзлоте, поэтому их фундаменты укреплялись на слое замороженной строительной щепы. Под фундамент подкладывались листы бересты, чтобы грунтовая вода не проходила в подвалы здания и не разрушала смороженного слоя. Строительство такого города, насчитывавшего, по некоторым данным, до 500 домов, в которых могли разместиться до 1000–1500 человек, не считая сотни казаков и стрельцов, требовало особого умения и немалого искусства.
В городе было пять башен: одна — проезжая, остальные — глухие угловые. Не удалось выяснить только, какое место в плане строительства города занял старый Мантазейский острог. Правда, в наказных памятях мангазейским воеводам, выданных после Жеребцова и Давыдова, как видно, есть упоминания об остроге: «…принять от города и острога и на городе и остроге наряд…». Но что собой он представлял, неясно. Судя по устройству других русских рубленых городов, в особенности северных, острог защищал городские стены и башни и служил как бы первой линией укреплений. Но в Сибири были и такие остроги, как Илимский, где наряду с городом-крепостью существовал еще и острог, внутри которого находился посад. По всей вероятности, в Мангазейском городе имелась еще и вторая стена. Во всяком случае так полагал Наумов, когда, копируя старую Мангазею, возводил Новую Мангазею: около городской стены осталась старая острожная.
К строительству города Жеребцов и Давыдов не могли приступить раньше 1607 г., так как приехали в Мангазею осенью предыдущего года, а зимой какие-либо работы на вечной мерзлоте исключались. Отбыли они назад в 1608 г. летом. Отсюда видно, что город Мангазея «зарублен» в 1607 г. Строили его не только стрельцы и казаки. Гарнизон нес дальние службы в ясачных зимовьях. Город рубили торговые и промышленные люди — крестьяне Поморья, конечно, с участием тобольских и березовских стрельцов и казаков. Очевидно, вначале ставили проезжую башню, чтобы обеспечить свободный проезд и доступ к угловым глухим башням с внутренней стороны. Проезжую башню заложили в спасов день, поэтому и башня, и ворота под ней получили название Спасских. В башне 4 сажени высотой было 3 бойницы, 45 венцов. На высоте 32-го венца был положен «обламок», откуда последние 13 венцов, более широких, шли вплоть до самой кровли. Облам — это выступ на городской стене, срубленный для удобства защиты крепости. Осажденные с облама, нависающего над нижней частью стены, могли бросать через щель на головы осаждающих камни, лить кипящую смолу и т. д. От Спасской башни на юго-запад и северо-восток шла городская стена. В конце стены стояла угловая Успенская башня, законченная к 13 августа, в успеньев день. В этой башне, более скромной по высоте и ширине, насчитывалось 40 венцов, обламок и одна бойница. Городская стена между Спасской и Успенской башнями держалась на 11 городнях — толстых бревнах с пазами, между которыми укладывались бревна, составляющие стену. Стена поднялась на 20 венцов, или 1,5 сажени. Та стена, которая шла от Спасской башни к реке Таз, завершалась Зубцовской башней «о 38 венцах и мерою 3 сажени». Она, как и все остальные, была четырехугольной, с двумя бойницами, в которых установлены были две затинные железные пищали. Эта стена в длину равнялась 7 саженям, в высоту 1,5 сажени. Когда восточная стена крепости, выходящая на реку Осетровку, была закончена, воеводы приказали рубить западную и северную напольную стены. К реке Ратиловке стена протянулась на 30 саженей и 2 аршина, опиралась она на 22 городни. Оканчивалась четырехугольной Ратиловской башней высотой 2 сажени и 2 аршина с одной бойницей, в которой стояла затинная железная пищаль и лежало железное ядро весом 8 золотников. Западная стена имела 17 городен высотой 4,5 сажени. Последней строилась южная стена, что выходила на реку Таз. Руководил строительством этой стены и угловой башни воевода Давыдов, поэтому пятая башня, угловая, была названа его именем. Здесь поставили 18 городен длиной 27 саженей и высотой 3 сажени. Давыдовская башня поднялась вверх до обламки на 36 венцов, на высоту 3 сажени с аршином. В башне имелись две бойницы, две затинные железные пищали и два железных ядра.