Отцам церкви пришлось отступить от затеи укрепить славу и могущество Мангазеи с помощью подстроенного чуда. А мощи Василия Убиенного перенесли в другое, более модное место, в Троицкий Туруханский монастырь, основанный в 1660 г. На это решился черный поп Тихон, библиотекой которого пользовался Данила Наумов. «В Мангазее дерзновением своим, — писали впоследствии об этом, — и не отписався к нему, митрополиту, гроб ночною порою в часовне вскрыл и мощи, которые называют Мангазейского чудотворца, смотрел и в новый гроб переложил и в Мангазее в соборную церковь из часовни со звоном перенес и молебствовал и из Мангазеи перевез на Турухан в Троицкий монастырь и поставил в церкви в монастыре, где он, Тихон, служит, по правую сторону царских дверей». Характерно, что события эти разыгрались незадолго до того, как Мангазея была покинута жителями.
Часовня Василия Мангазейского на реке Таз (фото И. Н. Шухова. 1915 г.).
Не дало желаемых результатов и укрепление Мангазеи как административного центра воеводства. На протяжении 30–60-х гг. XVII в. тобольские и центральные власти, вопреки здравому смыслу, продолжали сосредоточивать в городе управление всеми зимовьями, большая часть которых находилась к востоку от Енисея. Удобнее и полезнее было бы расположить его если не в Туруханском остроге, то поблизости от него, так как основной торговый и промышленный люд направлялся в эти годы по Нижней Тунгуске на реку Лену. В старых же районах Мангазейского уезда соболь был выбит, пушные промыслы передвинулись на восток. Об этом писали в своей челобитной царю Михаилу Федоровичу промышленные люди Мангазеи еще в 1627 г. Они сообщали, что около Мангазейского города, Туруханского зимовья, вверх по Енисею и по Нижней Тунгуске соболи и бобры «опромышлялись». Через семь лет они повторили свою жалобу, заявив, что во всех старых «землицах» «живет беспромыслица».
О переводе управления Мангазейским уездом в Туруханское зимовье первый написал воевода Григорий Орлов. В 1634 г. он вынужден был даже оставить на время город и поселиться на Турухане, откуда ему удобнее было руководить всеми делами. Просьбу переместить резиденцию воеводы в Туруханское зимовье посылал в Москву в 1640 г. и воевода Никита Борятинский. Воевода Петр Ухтомский также «сидел» в Туруханске, а в Мангазею приехал после «ярманки». В 60-х гг. в управлении Мангазеей наступил кризис. Сибирскому приказу пришлось собрать в Москве бывших ранее в Мангазее воевод и спросить их мнение — нужно ли оставлять в городе «государевы службы». Ответ был единодушный: Мангазею следует покинуть, а воевод перевести на Енисей. Но и на это Сибирский приказ должным образом не отреагировал. Тогда мангазейский воевода Родион Павлов в 1668 г. своей властью приказал из-за «хлебной скудости» перевести на «вечное жилье» часть мангазейских казаков и стрельцов в Туруханское зимовье.