У Карла I денег больше не было, и ему пришлось решиться, несмотря на Генриетту и ее фаворитов, сторонников неограниченной королевской власти, на новый созыв парламента в апреле 1640 года. Но вскоре разгорелся конфликт, и в мае король распустил парламент, который вошел в историю как Короткий парламент. Тем временем началась «вторая война епископов» (1640 г.), в которой армия Карла была разбита. Король снова собрал парламент, который не разойдется до самой гражданской войны, пленения и казни Карла I в 1649 году — это будет Долгий парламент.
В ситуации хронического безденежья Карл перестал выплачивать содержание Марии Медичи и очень желал, чтобы она уехала на континент. Но королеве в Англии понравилось, и она вместе с Генриеттой участвовала в политической деятельности в защиту католицизма. Но все ее интриги в конечном итоге только вызвали раздражение в обществе, а также короля и королевы.
Нехватка денег по-прежнему была ее главной заботой. В начале 1641 года ей снова пришлось унизить себя, прося помощи у Франции. Через бывшую камерфрау мадам де Комбале, племянницу Ришелье, она смогла разжалобить кардинала рассказом о своих несчастьях, и тот выплатил ей 100 000 ливров. В письме к кардиналу она предлагала предать прошлое забвению и сообщала ему, что теперь она готова ехать во Флоренцию. Ришелье пообещал, что если королева не передумает, он передаст еще 100 000 ливров на дорожные расходы и с момента ее приезда во Флоренцию обеспечит ей ежегодное содержание в 300 000 ливров.
Ришелье просит духовника королевы, отца Сюффрена, оставшегося с ней, поблагодарить Марию Медичи за письмо и сообщает маршрут, которым она должна ехать из Лондона во Флоренцию: морем до Роттердама, по Рейну до Кельна, а оттуда до Базеля, по суше из Базеля через Констанц в Северную Италию, затем на корабле до Венеции, из Венеции в Болонью, а оттуда по суше — во Флоренцию.
Кардинал с большим раздражением узнал, что большая часть из 100 000 ливров, посланных королеве, оказалась в руках фаворита Фаброни, который имел наглость направить мадам де Комбале записку с требованием выплатить королеве-матери доходы от ее имущества, оставленного мужем, помимо обещанных кардиналом 300 000. Тогда Ришелье запретил племяннице заниматься этим делом, а Марии Медичи приказал передать, что эти доходы используют на укрепление гарнизонов приграничных городов.
Политическая обстановка в Англии резко обострилась. В Лондоне начались волнения и нападки на католиков. Мария Медичи вынуждена требовать особой защиты, но ее настолько не любят, что призванные охранять ее мушкетеры покидают свой пост. 11 мая 1641 года Палата Общин потребовала от Палаты Лордов, чтобы король убедил свою тещу уехать, потому что ее пребывание на английской земле отныне становится нежелательным.
Король, как, впрочем, и королева, устали от, на их взгляд, слишком затянувшегося пребывания. Получив от парламента 9000 фунтов стерлингов на дорожные расходы, в конце августа 1641 года Мария покидает Лондон и в Дувре садится на корабль, который отвезет ее в Голландию.
По дороге умирает ее духовник отец Сюффрен. Опечаленная его смертью, Мария бальзамировала тело и отправила во Францию. После чего, следуя маршруту, предписанному кардиналом, она прибыла в Кельн 12 октября 1641 года.
Кельн, 3 июля 1642 года
Мария Медичи вовсе не собиралась ехать во Флоренцию. Жизнь в Кельне имела для нее большие преимущества. С 1637 года в городе находились послы и полномочные представители, собравшиеся по просьбе папы Урбана VIII для поисков условий установления длительного мира в Европе. Дискуссии затянулись, но было ясно, что со временем они дадут результат. Таким образом, Мария Медичи оказалась в месте, где в более или менее близком будущем должна была решиться судьба мира.
С другой стороны, курфюрст Кельна — старинный друг Франции, и Мария окажется не слишком далеко от Парижа, если вдруг ее возвращение станет желательным или возможным.
Добровольное заточение мадемуазель де Лафайет позволило мадемуазель де Отфор — бывшей фрейлине Марии Медичи, фаворитке короля с 1630 года, снова занять место, которого ее лишила мадемуазель де Лафайет. В начале 1638 года она была в необычайной милости и предложила помочь своей большой подруге Анне Австрийской уничтожить кардинала во мнении короля.
Пытаясь защитить себя от опасности, которую представляла для него мадемуазель де Отфор, Ришелье приблизил к королю человека, которого считал себе безгранично преданным — молодого и красивого маркиза де Сен-Мара. Звезда мадемуазель де Отфор быстро закатилась, и в январе 1640 года Людовик XIII предложил ей покинуть двор.