Природа в романе Исаакса выступает как живое действующее лицо, откликаясь на все перипетии любовной драмы героев. Она радуется вместе с ними наутро после встречи: «Когда я проснулся, птицы звонко распевали, порхая в листве, яблонь и апельсиновых деревьев, а стоило мне приоткрыть дверь, как в комнату ворвался аромат цветущего сада. Я тут же услышал чистый и нежный голос Марии…» Природа соперничает в красоте с Марией в счастливый день поездки в горы на свадьбу друзей: «Когда мы выехали в пампу, солнце, прорвавшись сквозь туман, затянувший горы у нас за спиной, уже разливало золотистое сияние по лесам… Мы переезжали вброд речушки, и они, сверкая под солнечными лучами, терялись в темноте лесов… Мария опустила вуаль на лицо; сквозь колеблемый ветром небесно-голубой газ я видел порой устремленные на меня глаза, и перед ними меркла вся роскошь окружающей нас природы». Природа разделяет тревогу Эфраина во время путешествия по Атрато к умирающей Марии: «Большая полная луна уже заходила и, выглядывая из черных туч, заливала дальние леса, прибрежные мангровые заросли и спокойную гладь моря трепетным бледно-желтым светом, подобным сиянию погребальных свечей, озаряющих мраморный пол и стены склепа».
Но не только обращение к родной природе придало роману Исаакса столь яркий национальный характер. Важнее другое. Присущий европейскому романтизму интерес к местному колориту, фольклору, быту людей, не утративших кровной связи е природой, тоже привел писателя к реальной жизни его соотечественников – земледельцев, рабов, рыбаков, гребцов. Одним из ответвлений романтизма, прочно укоренившимся в латиноамериканской литературе, был так называемый костумбризм: писатели этого направления стремились отразить местные нравы, обычаи, быт. К костумбризму, который являлся как бы предвестием дальнейшего реалистического развития латиноамериканских литератур, очень близок в своем романе Хорхе Исааке. Он описал повседневный быт и сельские работы на горной ферме старого мулата Хосе, тяжкий и опасный труд гребцов на бурной Атрато, обряды негритянской свадьбы, характерные черты различных этнических групп, и колумбийскому читателю впервые открылись в художественном изображении те стороны народной жизни, которые еще никем не были показаны в латиноамериканской литературе.
Особое место в романе занимает история африканки-рабыни Най, названной при крещении Фелисианой. Это вставная новелла, созданная по образцу подобных новелл в классическом испанском романе. Некоторые исследователи творчества Хорхе Исаакса видят в этой истории дань экзотизму романтического направления, считая, что в данном случае Африка явилась для автора тем, чем была Северная Америка для Шатобриана. Но если в африканской части новеллы Исаакс действительно не поскупился на экзотические детали, то судьба Най, привезенной в Америку и проданной в рабство, была неотъемлемой частью колумбийской действительности.
Кроме того, бичующее разоблачение жестокостей работорговли в стране, где закон об отмене рабства был принят только в 1851 году, а подневольное положение негров и рабовладельческие пережитки сохранились еще на десятилетия, прозвучало как слово настоящего гуманиста и борца за социальную справедливость.
Постоянное обращение автора к жизни своего народа, к подлинным человеческим отношениям и чувствам не могло не сказаться и на трактовке основной темы – любовной драмы главных героев. Несмотря на всю романтичность и идеальность их любви на нежное покровительство влюбленным со стороны родителей и изображение отца Эфраина как благородного сердечного человека, от читателя не может укрыться, что виной. смерти Марии было решение отца отправить Эфраина в Англию, в основе же этого решения лежал трезвый буржуазный расчет: молодой человек должен сделать карьеру, а тем временем выяснится, насколько серьезна болезнь Марии, не опасна ли она для будущности сына.
Как уже было сказано, «Мария» Хорхе Исаакса – произведение романтическое. Этому роману так же, как романам родственного направления в европейской литературе, свойственны и чрезмерная чувствительность, и явная идеализация, а подчас и фальшь при описании добрых патриархальных нравов в имении богатого землевладельца или отеческого отношения хозяина к своим рабам, слугам, арендаторам. И все же реалистическая тенденция произведения оказалась сильнее. На первый план выступило основное его содержание: подлинная жизнь страны и художественное открытие ее природы. Писательская зоркость Исаакса помогла ему распознать расчетливость и своекорыстие еще только складывающегося буржуазного сознания, его враждебность человеческим чувствам. Автор «Марии» чуть ли не первый в латиноамериканской литературе ввел в роман социальную тематику, обличив жестокость рабовладения, описав тяжкий труд народа.