И вот на его долю выпала обязанность организовать и провести в кратчайшие сроки подобную, но более масштабную наступательную операцию: в более высоких, крутых, обрывистых и отлично укреплённых (по их вершине проходила госграница) Рудных горах. Но в данном случае действительно другого выхода не было. Надо во что бы то ни стало помочь чехословакам в их нелёгкой борьбе, разгромить сильнейшую группировку врага, спасти от разрушений столицу государства, а её жителей от зверского истребления.
Именно поэтому маршал Конев требовал от командующих общевойсковых и танковых армий, чтобы формируемые ими передовые отряды состояли из представителей всех родов войск, располагали всеми необходимыми инженерными средствами разграждения, подрыва, уничтожения оборонительных сооружений противника. Маршал лично принимал участие в создании таких отрядов и сам инструктировал их.
В утверждённом Ставкой Верховного Главнокомандования плане Пражской операции Генштаб стремился максимально учесть требования командующих 1, 2 и 4-го Украинских фронтов, избрать наиболее реальную, эффективную и решительную форму наступления. Общий её замысел состоял в том, чтобы нанесением нескольких ударов по сходящимся направлениям на Прагу окружить, расчленить и в короткие сроки разгромить основные силы немецко-фашистских войск, не допустить их отхода на запад или юго-запад. Главные удары по флангам немецкой группы армий «Центр» должны наносить войска 1-го Украинского фронта из района северо-западнее Дрездена и войска 2-го Украинского фронта из района южнее Брно (Словакия).
В соответствии с этим замыслом Ставка отдала фронтам необходимые распоряжения. 1-й Украинский фронт ещё 1 мая, то есть сразу после звонка Сталина, получил директиву закончить ликвидацию окружённой группировки в районе Луккенвальде, в своей полосе очистить от противника территорию Берлина, не позднее 4 мая передать 1-му Белорусскому фронту занимаемый район в столице Германии и южнее её до линии Люббен-Виттенберг. Затем войска правого крыла фронта предполагалось использовать для стремительного наступления в общем направлении на Прагу.
Начало наступления ударных группировок обоих фронтов было назначено на 7 мая. Войска 4-го Украинского фронта продолжали выполнение поставленной задачи по ликвидации Оломоуцкого выступа противника.
В соответствии с этим общим замыслом операции Конев решил нанести главный удар силами 13-й армии, 3-й и 5-й гвардейских, 4-й и 3-й гвардейских танковых армий, двух танковых и кавалерийских корпусов из района Ризы вдоль левых берегов Эльбы и Влтавы в общем направлении на Прагу. Второй удар, с целью рассечь вражескую группировку, намечалось нанести на третий день операции из района северо-западнее Гёрлица силами 28-й и 52-й армий, а также механизированного корпуса в общем направлении на Циттау, Младу, Болеслав, Прагу. Третий удар в обход Дрездена с юго-востока должна совершить 2-я армия Войска Польского с 1-м польским танковым корпусом. При глубине операции сто пятьдесят километров среднесуточный темп наступления планировался двадцать-двадцать пять километров. Авиационное обеспечение наступления войск фронта возлагалось на 2-ю воздушную армию генерала С. А. Красовского.
Но пока планы составлялись, согласовывались с командованием 2-го и 4-го Украинских фронтов и докладывались Москве, резко обострилась военно-политическая обстановка внутри Чехословакии. 1 и 2 мая в ряде городов страны начались стихийные выступления против немецких оккупантов, постепенно приобретавшие организованную форму вплоть до создания Чешского национального совета, который взял на себя функции временного правительства. В ряде мест начались вооружённые стычки жителей с немецкими воинскими частями.
В субботу 5 мая в Праге вспыхнуло восстание. Фашистский наместник Франк и командующий группой армий «Центр» Шернер, которого рейхсканцлер Дениц возвёл в ранг главнокомандующего сухопутными войсками вермахта, решил потопить восстание в крови. Шернер отдал приказ: «Восстание в Праге должно быть подавлено всеми средствами…» К столице Чехословакии с трёх сторон подтягивались немецко-фашистские войска. Кроме этого среди пражан ходили слухи, что на подавление восстания была брошена так называемая Русская освободительная армия генерала Власова (РОА), одна из дивизий которой находилась на отдыхе в пятидесяти километрах к юго-западу от Праги. Другая версия утверждала, что будто бы Власов дал в Москву телеграмму противоположного содержания: «Могу ударить в тыл пражской группировке немцев. Условие — прощение мне и моим людям». Разумеется, торговаться с предателем об условиях сохранения ему жизни никто в Москве не собирался.