Для руководства работами в России 19 декабря 1992 года в Париже была создана «административная» ложа под названием «Григорий Вырубов», которую возглавил А.В. Липский.
В августе 1991 года в Москву прибыла делегация Великой Ложи Франции; вскоре состоялась церемония открытия ложи «Николай Новиков». В 1992 году Великой Ложей Франции была открыта ложа «Геометрия» в Харькове, а в 1993 году — ложа «Лютеция» в Москве.
А вот как рассказывает о воссоздании масонских лож в России информированный источник:
«Руководство ВЛФ решило направить в Москву семь «братьев» русского происхождения— ровно столько, сколько необходимо для открытия там временной масонской ложи.
По словам Великого магистра ВЛФ Мишеля Бара, «семь человек выехало в Россию. Не советские. Но они поехали туда и там начали работать. И посвятили в масоны нескольких советских граждан. Точнее русских. После этого, завершив свою миссию, они уехали»... Делегацию или вернее мобильную масонскую ложу, сопровождали две машины с масонским оборудованием (современная аппаратура, фартуки, мечи, мастерки и даже канделябры со свечами).
В Москву они добрались благополучно, хотя и опасались таможни. Однако события в Москве (дело было в конце августа 1991 г.) их основательно напугали. Возникли даже сомнения: уж не поторопились ли они? До поры до времени московские профаны прятали французских «братьев» на одной из подмосковных дач. Вскоре, однако, стало ясно: «путч» гэкачепистов провалился. Путь для внедрения масонства в России был окончательно открыт...
30 августа 1991 года на одной из подмосковных дач посланцам ВЛФ удалось, наконец, учредить здесь свою первую масонскую ложу— «Николай Новиков». В дальнейшем к ней присоединилась еще одна московская ложа— «Лютеция» (основана 30 октября 1993 года). Была учреждена соответственно (в августе 1994 года) и петербургская ложа ВЛФ, поучившая типично петербургское название — «Сфинкс».
Нельзя забывать, что Великий Восток и Великая Ложа Франции олицетворяют собой политическое или либеральное направление в масонстве. Главные ориентиры братьев этих послушаний — не нравственное «просветление» человека, а борьба за торжество демократических и либеральных ценностей в мире.
Не успели «политические масоны» организовать на территории России свои первые ложи, как уже 5 июня 1993 года поспешили подписать между собой, то есть русскими ложами Великого Востока и Великой ложи Франции, масонский договор в Страсбурге (текст его опубликован), где прямо заявили, что борьба за создание «единой политической и социальной Европы» является их, то есть русских масонов, первостепенной задачей...».
В сентябре 1992 года в Москву прибыла делегация из семи французских высокопоставленных масонов Великой Национальной Французской Ложи (в их числе были М.В. Гардер и великий секретарь Ив Трестурнель), которая 7 (8) сентября 1992 года инсталлировала, уже в Москве, регулярную ложу «Гармония», получившую в списке Великой Национальной Французской Ложи № 698.
В 1992—1993 годах в союзе Великой Национальной Ложи Франции были основаны новые ложи: в Москве— «Лотос» (12 октября 1993 г.), в Санкт-Петербурге — «Новая Астрея» (с 1995 года — «Астрея»), в Воронеже — «Гамаюн».
Рост числа «регулярных» масонов в России происходил благодаря посвящению новых членов и регуляризации масонов из союзов Великого Востока Франции и Великой Ложи Франции. Например, в 1994 году перешли в регулярный масонский союз многие члены харьковской «Геометрии», затем петербургского «Сфинкса», в 1996 году московской «Северной Звезды»; 18 октября 1997 года произошла регуляризация архангельской «Полярной Звезды».
11 июня 1993 года Управление юстиции г. Москвы выдало свидетельство за 2743 о регистрации устава общественного объединения «Великая национальная ложа».
В качестве своих основных целей данная организация провозглашала «нравственное совершенствование людей, развитие духовного потенциала личности, утверждение в своей практике идеалов мира, любви и братства».
Таким образом, масонство в России стало легальной организацией, что позволило Великой Национальной Французской Ложе, вслед за образованием Великих Лож в Габоне, Кот д'Ивуар, Того и Бенине приступить к созданию подобной организации и в России.
Первая Великая Ложа России (ВЛР) была основана Великой Национальной Ложей Франции 24 июня 1995 года. состав вошло 5 законно учрежденных символических мастерских.