Этот образ Иисуса с точки зрения христианского богословия выглядит не просто кощунством, вольной фантазией на тему Евангелия, но прямой ересью. Основное противоречие Булгакова с христианством лаконично (и крайне деликатно) выразил отец Александр Мень: «Христос в Евангелиях… не искатель истины, а сама Истина». Даже если вывести за скобки (если это возможно) отрицание основных догматов, Иешуа в романе вряд ли мог бы сказать: «Я есмь путь и истина и жизнь»; он не Бог, воплотившийся в человеке. По Мастеру, он даже не пророк, а скорее бродячий проповедник. В своих выступлениях и книге о «Мастере и Маргарите» диакон Андрей Кураев частично снимает и с Мастера, и с Булгакова ответственность за искажение христианского учения. Согласно Кураеву, Мастер – лишь инструмент в руках Воланда: это не сам Мастер пишет роман, а лишенный творческого начала Сатана использует его, чтобы создать новое Евангелие, представить свою версию событий, в которой Христос – лишь слабый человек, а его проповеди могут быть поняты только его палачом, земной властью, которая «вечно хочет блага и вечно совершает зло».
Трактовка Пилата у Булгакова также отличается от евангельской: он не просто умывает руки, отдавая Иисуса на суд толпы, но прямо отправляет на смерть человека, понимая, что тот невиновен, – а потом испытывает муки совести и отдает завуалированный приказ убить доносчика Иуду. Не будет преувеличением сказать, что Пилат у Булгакова не просто образ земной власти, но прямое отражение его размышлений о сути той конкретной власти, что поддерживала и запрещала его пьесы, наделяла всеми мыслимыми благами одних коллег Булгакова, а других отправляла на смерть.
Игорь Бэлза считает, что разночтения с каноническим текстом Писания связаны не с собственным «еретическим» богословием Булгакова, а скорее с его трактовкой происхождения Евангелий: «Автор романа не сомневался в историчности как Иисуса, так и Пилата, но не сомневался и в том, что все четыре Евангелия изобилуют позднейшими наслоениями, в особенности касающимися “чудес”». Это опять же сближает Булгакова с Толстым, который стремился очистить Евангелия от всего чудесного и фантастического, – и любопытным образом не противоречит современным теориям происхождения Евангелий, утверждающим, что в основе канонических текстов лежали логии, сборники изречений Иисуса, часть которых была отброшена, а часть вплетена в созданный евангелистами нарратив. Пергамент Левия Матвея, который разворачивает Пилат, и представляет собой подобный сборник изречений: «Смерти нет… Вчера мы ели сладкие весенние баккуроты… Мы увидим чистую реку воды жизни… Человечество будет смотреть на солнце сквозь прозрачный кристалл…» И первым критиком записей Левия Матвея в романе становится сам Иешуа: «…Ходит, ходит один с козлиным пергаментом и непрерывно пишет. Но я однажды заглянул в этот пергамент и ужаснулся. Решительно ничего из того, что там записано, я не говорил».
Какой бы смелой ни была трактовка евангельских событий, не будем забывать о том, что для времени написания (и даже публикации) романа само обращение к Священной истории в советской литературе было абсолютно немыслимым. И для Булгакова это обращение было не случайным: «ершалаимские» главы стали итогом его сложных и глубоко личных отношений с религией. Булгаков происходил из рода священников (по отцу и матери), его отец был профессором Киевской духовной академии, после его ранней смерти Булгаков увлекается дарвинизмом и поступает в медицинский институт. Сестра писателя Варвара Булгакова (в замужестве Карум) упоминает в дневниках о его частых конфликтах с матерью – уже тогда, в неполные двадцать, будущий писатель спорит о том, был ли Христос Богом. Первая его жена Татьяна Лаппа говорила Мариэтте Чудаковой, что Булгаков никогда не носил нательного креста. Однако у зрелого Булгакова воинствующий атеизм вызывал еще большее раздражение, чем у молодого – религия; известная его запись в дневнике от 5 января 1925 года после посещения редакции журнала «Безбожник»: «Соль не в кощунстве, хотя оно, конечно, безмерно… Соль в идее: Иисуса Христа изображают в виде негодяя и мошенника, именно его… Этому преступлению нет цены».