Земмельвайс продолжал всюду отстаивать свою точку зрения на причины распространения послеродовой горячки. Когда наконец ему удалось продвинуть свою теорию, Клейн пришел в неистовую ярость. Выходило, что молодой сотрудник обвинял врачей, в том числе самого Клейна, в том, что они собственноручно убивают пациенток! С таким «доносом» он не мог согласиться. (Сам Клейн объяснял снижение смертности в отделении Земмельвайса вентиляцией, установленной в палатах по его распоряжению.) В 1849 году, когда контракт Земмельвайса подошел к концу, Клейн отказался его продлить, по сути лишив молодого человека работы.
К тому времени у Земмельвайса было уже несколько единомышленников в медицинском управлении, особенно среди молодежи. Они уговаривали врача провести ряд экспериментов, чтобы подтвердить гипотезу, а затем написать статью в научный журнал, чтобы об открытии узнали в Европе. Однако Земмельвайс не мог переключиться, конфликт с Клейном всецело занимал его внимание. С каждым днем его возмущение росло. Упорство, с которым Клейн цеплялся за смехотворную, уже опровергнутую теорию, становилось преступным. При мысли о том, скольких жизней стоит подобная слепота, у Земмельвайса вскипала в жилах кровь. Разве нормально, что один человек диктует и своей волей определяет, что должно происходить? Почему он, Земмельвайс, должен тратить драгоценное время на доказательства, эксперименты, написание статьей, когда истина и так уже очевидна? Он согласился прочитать несколько лекций на эту тему, в которых с горечью высказывался по поводу узколобости и консерватизма многих представителей медицины.
На лекции Земмельвайса съезжались врачи со всей Европы. Некоторые относились к его гипотезе скептически, однако очень многих удалось переубедить и привлечь на свою сторону. Единомышленники в университете настаивали на том, чтобы талантливый врач продолжал исследования и написал книгу о своей теории. Но, почитав лекции на протяжении нескольких месяцев, Земмельвайс вдруг по непонятным причинам оставил Вену и вернулся в родной Будапешт. Здесь он нашел место в университете и должность врача-акушера, которой его лишили в Вене. Видимо, он ни минуты не мог больше оставаться в одном городе с Клейном и нуждался в свободе действий, даже несмотря на то, что по тем временам Будапешт в медицинском отношении сильно отставал. Друзьям и единомышленникам казалось, что их предали. Рискуя репутацией, они поддерживали Земмельвайса, а он их бросил.
В будапештской клинике, где теперь трудился Земмельвайс, он усердно внедрял свою систему дезинфекции. Делал он это с таким усердием, что сумел значительно сократить смертность, но... ценой стала отчужденность почти всех врачей и сестер, работавших под его началом. Он наживал все больше врагов и недоброжелателей. Земмельвайс категорично настаивал на применении своих новаторских методов, но поскольку не мог подкрепить их книгами и достоверными результатами научных исследований, то казался окружающим не то фанатиком, навязывающим свои причуды, не то желающим прославиться гордецом. Пыл, с которым он отстаивал свою правоту, лишь привлекал еще больше внимания к отсутствию серьезных научных доказательств. Медики терялись в догадках, пытаясь докопаться до истинной причины снижения смертности от послеродовой горячки в клинике Земмельвайса.
Наконец, в 1860 году, под давлением коллег Земмельвайс все же решил написать книгу с полным объяснением своей теории. Когда работа была завершена, оказалось, что труд, изначально задуманный как небольшая брошюра, разросся до 600 страниц довольно бессвязного, изобиловавшего повторами текста, прочитать который было, увы, мало кому под силу. Аргументы Земмельвайса превращались в гневные, почти апокалиптические обвинения, когда он называл своих оппонентов убийцами за то, что те отказывались признать его правоту.
После публикации книги недоброжелатели и противники полезли из всех щелей. Взявшись за ее написание, Земмельвайс сделал свою работу так скверно, что доводы его выглядели бездоказательными, и недруги получили возможность разбить его в пух и прах, да еще и справедливо обвинить в грубости и некорректности высказываний. Бывшие союзники не встали на защиту Земмельвайса — они уже и сами с трудом его терпели. Он вел себя все более нелепо и претенциозно и спустя некоторое время был уволен с должности в клинике. Затравленный, никем не понятый, оставшись без гроша, он заболел и скончался в 1865 году в возрасте сорока семи лет.