Между 1931 и 1941 годами Уэсиба преподавал одновременно в нескольких залах: Сонэдзаки-додзё, Суйда-додзё, Оцука-додзё и др. Именно в это время некоторые известные мастера, в большинстве своем ученики Кано Дзигоро (основателя дзюдо), стали его последователями: Сиода Годзо, Хоси Тэцуоми, Мочидзуки Минору, Томики Кэндзи.
В 1939 году он отправился в Маньчжурию для проведения там показательных выступлений. В 1940 году Кобукан приобрел особый статус, утвержденный Министерством Здравоохранения, а в 1941 году Бутоку-кай (официальный союз японских боевых искусств) решил признать Уэсиба-рю-айки-будо. Но именно в это время Уэсиба, вопреки всяким ожиданиям, покинул Токио. Он поручил руководство Кобуканом своему сыну, и поселился в маленькой деревне Ивама (префектура Ибараги).
Укрывшись в этом мирном убежище (шла война, Токио регулярно бомбили!) Уэсиба тренируется, молится и медитирует. В 1942 году он дал окончательное название своему искусству: Айкидо. Именно это название было зарегистрировано в том же году в Бутокукае. Отныне разрыв с Такэ-да-рю и Дайто-рю завершен.
В Ивама Уэсиба открыл новое додзё и заложил фундамент храма, посвященного Айкидо и Кото-Тама: Айки-Дзи.
Преподобный Дегучи, находившийся в тюрьме с 1935 года, в 1942 освободился. Морихей Уэсиба умер в 1943 г. От Ивама война далеко. На новой земле Уэсиба взял себе в ученики Тохея Коичи, Абэ Тадаси и Сайто Морихиро, о котором говорят, что он был любимым партнером учителя во время работы с оружием. Уэсиба жил в Ивама до конца жизни, но он часто ездил отсюда в Токио и за границу с целью распространения своего искусства.
В 1942 году он снова побывал в Маньчжурии, чтобы участвовать в праздновании 10-й годовщины государства Маньчжоу-го и выступал там перед императором Пу-И (1906–1967). В 1948 году он поддержал создание Айки-кай под руководством своего сына Уэсиба Киссомару, с резиденцией в Токио. В 1961 году он побывал на Гавайях, где произнес эти вошедшие в историю слова: «На сегодняшний день я построил в Японии золотой мост. Я прибыл на Гавайи, чтобы построить серебряный мост, который соединит страны мира в истинном духе Будо, духе гармонии между народами и незыблемой любви».
Уэсиба Морихэй вернулся в Великий Источник (Оомото) 26 апреля 1969 года.
Айкидо представляет собой одновременно и сумму, и превышение, и упрощение старинных восточных единоборств. В течение первых лет работы над ним, называя его «Айки-Дзюцу», «Ко-Бу-Дзюцу», «Айки-Бу-Дзюцу» и «Айки-Будо», он думал о новом варианте старинного Айки-дзюцу. Но под влиянием доктрины Оомото-Кё он заимствовал доктрину Каибара Эккёна (1630–1714), самурая из клана Курода, который проповедовал «любовь ко всякой вещи и гармонию с природой через отношение доброжелательности, основанное на владении энергией Ки».
С точки зрения Уэсиба, айкидо несет новый свет для всех религий. В нем — конкретная надежда на мир на земле, а не просто фактор социальной интеграции, айкидо — это средство отождествления Человека и Вселенной: динамическое выражение Космической Любви.
Следуя логике своих мистических концепций, Уэсиба постепенно модифицировал приемы
Дайто-рю-айки-дзюцу. Его приемы имеют по своей сути защитный характер. Они воплощаются в круговых движениях, этих носителях «живой созидающей силы», в полном согласии с «универсальными законами», внутри естественного плавного ритма, и тем самым гасят любой конфликт присущей воинственному противостоянию. Защита осуществляется на основе Соединения Энергий (Айки): энергии нападающего и энергии защищающегося, который стремится контролировать нападение изнутри, сломить волю к совершению зла в порыве братского примирения.
Определенное таким образом, айкидо выступает как нравственная дисциплина, стремящаяся к тому, чтобы сохранить физическую целостность нападающего, что никогда не было свойственно айки-дзюцу, более того, прямо ему противоречит.
В противовес широко распространенному мнению отметим, что существует не один стиль, а несколько стилей айкидо. «Официальный» — это стиль Айки-кай в Токио, возглавляемый Уэсиба Киссомару и его сыном, Уэсиба Моритэру. Айки-кай в последние годы предлагает курсы для иностранцев с присвоением соответствующих степеней.