Съехавшиеся старшины и полковники подвергли розыску Сеньку Троцкого.
«Помни страшный суд Божий и смертный час свой, — говорили ему, — скажи правду. Кроме Мишки Васильева кто еще был с тобою в соумышлении?»
«Я уже все сказал на Москве, — отвечал подсудимый, — никаких не было соучастников. Если бы кто в сем деле был со мной, я бы еще в Москве все сказал — не стерпел бы таких жестоких пыток с огня».
Его приговорили к смертной казни. Тогда царский гонец сказал: «Итак, мне остается казнить его тотчас».
«Казнить его тотчас нельзя, — возразил гетман, — мы о нем к великим государям писали. Подождем царского указа. Еще надобно дать преступнику время покаяться да и людей собрать побольше, чтобы все видели казнь его. Недурно было бы повезти его по всем городам, чтобы народ везде его увидел. Мишку же Василевича надобно заслать на вечное житие в самые дальние сибирские городы… Скорбно мне то, что злые люди из малороссийских жителей клевещут на меня. будто я служу великим государям неправдою, будто думаю изменить и передаться польскому королю в подданство. Сокрушаюсь, когда я слышу об этом. На прежних гетманов таких наветов не было, как на меня».
До получения царского указа Сеньку Троцкого держали в тюрьме. Царской милости не последовало. Сеньку казнили смертью 7 октября 1692 года.
Гетман был доволен, что ему удалось уничтожить одного из злейших врагов своих, Михайла Василевича, но ему хотелось также утопить Леонтия Полуботка и сына последнего, Павла. Гетман говорил Языкову:
«Говорил нам миргородский полковник Данило Апостол: как мы с старшинами ехали к Троице по указу государя Петра, Павел Полуботок догнал на дороге ехавшего в карете Апостола и сказал, что был у Михайла Василевича и тот едва ли не исполнит давнишнего намерения своего снять с плеч голову гетману. Дело выходит так: если знал Павел Полуботок про такой замысел, то и отец его, Леонтий, наверное знал. Явно показывается злоба их обоих ко мне: от; знали об умысле на жизнь своего властителя и не предостерегли его».
Войсковой суд решил обоих Полуботков лишить маетностей и держать под стражей.
Дело чернеца Соломона осталось неразъясненным и загадочным. Устрялов, в. своей «Истории Петра Великого», склоняется к такому мнению, что Мазепа в самом деле тайно посылал в Польшу этого чернеца. Но на это нет никаких оснований. Невозможно, чтобы Мазепа, доверивши Соломону такое страшное для себя дело, сам потом добивался, чтобы Соломона выдали в Москву и допрашивали его там, а не в Батурине. Не следует допускать тайной измены в 1690 году на том только основании, что этот человек оказался изменником через 18 лет. Обстоятельства позже были совсем иные, чем ранние. Мазепа действительно был истый поляк по своему польскому воспитанию и шляхетскому происхождению, но раз, отступивши от Полыни к козачеству, он сделался гетманом, получил в козачестве такую высокую степень, которая ставила его, как он сам о себе выражался, мало меньше польского короля; обласканный московским правительством, не имея притом повода опасаться прекращения к себе доверия, Мазепа ничем не мог быть побуждаем к измене: польская сторона не была могущественна, а московская слишком слаба. Мазепа не был еще тайным врагом русского царя и русской державы, потому что это не представляло ему никаких выгод. Был ли кем-нибудь подослан Соломон или же по собственному побуждению составил подлог, это остается неизвестным, тем более что у нас в руках не было допросов, сделанных ему в Москве, и очной ставки с Михайлом Василевичем. Во всяком случае, нет причины не допускать вероятности того. что выставлено причиною появления этого чернеца именно интриги Михайла Василевича, который так же ненавидел Мазепу, как и Мазепа его, преследуя упорнее, чем кого бы то ни было из своих недоброжелателей. По настоянию Мазепы, в Сибирский приказ дан был царский указ — «сосланного в Сибирь Мишку Василева беречь строже, как человека вельми коварнго и неусыпного изобретателя козней». Все имущество осужденного было отписано на гетмана. Но сын сосланного, Данило. упросил возвратить ему движимое отцовское имущество, хотя слободу Михайловку отдали племяннику гетмана Обидовскому. Мазепа был недоволен и этой милостью к сыну своего лютого врага. Тем не менее последний нашел себе в Москве настолько покровительства, что мог упросить, чтоб его родителя не отправляли в Красноярск, дабы не дать ему там умереть с голода, а оставили на житье в Тобольске.
Кроме таких крупных врагов, как Михайло Василевич и Полуботки, гетману досаждали другие, не столько важные лица. Так, в начале 1690 года глуховский сотник доносил севскому воеводе, что в город Глухов приезжал из Севска ротмистр Соболев с тремя рейтарами и в ратуше, в собрании товарищества, произносил непристойные речи о гетмане и о великих государях, говоря так: «Худо великие государи делают, что служилым людям волокиту чинят;соберемся и убьем гетмана, а другого поставим!» Произведено было следствие. Соболев запирался в худых речах о государях, а в речах о гетмане сознался, говоря, что произнес это в пьяном виде, и за это козак бил его по щекам. Соболева указано было севскому воеводе казнить смертью, «чтоб иным непостоянным людям неповадно было таких лукавых и возмутительных слов изрыгать». Двое из ходивших по городским и сельским ярмаркам торгашей: один — москвич Кадашевской слободы, другой — калужанин, говорили: «Гетману не долго быть на уряде; скоро пришлют из Москвы бывшего гетмана на его место, затем, что малороссийский народ не только не хочет иметь Мазепу у себя гетманом, но желал бы, чтоб имя его здесь не вспоминалось». Индуктор, собиравший на границе торговые пошлины, услыхал это и донес. Обвиняемые на допросе, учиненном над ними в Севске, заперлись и их посадили только в тюрьму. Явился еще врагом гетмана некто Михайло Чалиенко. Родом он был из Черкас, немалое время находился в татарской неволе, после освобождения явился в Киев и подал донос на гетмана в таком же смысле, как подавались и прежние доносы: гетман по природе поляк и желает отступить от державы великих государей под польскую власть; в этих видах он приобретает себе заранее маетности в польских владениях и просил зятя своего Войнаровского, земского старосту владимирского, селить людей в селе Мазепичах (Мазепинцах), где родился Мазепа. Доносчика было приказано наказать кнутом и сослать в Архангельск; но Чалиенко убежал оттуда, скитался и в 1693 году был, вместе со своим братом Лукою, схвачен в малороссийском городе Воронеже тамошним сотником и отправлен в Батурин. Царским указом от 2 июня ведено было казнить его смертью. Мазепа, неумолимый к таким врагам, которых опасался, зная, что за ними есть в Москве протекция, склонен был показывать великодушие к врагам неважным и малосильным. Он ходатайствовал о милосердии Чаленку. «Сам я человек грешный, — писал он, — и верю, что Господь наипаче прощает грехи тем, которые прощают другим причиненные им досады». Московское правительство отозвалось, что опасно оставлять в живых таких, которые могут убежать в польскую сторону или пристать к врагам в случае неприятельского вторжения. В Москве какой-то малороссиянин Порваницкий распространял о гетмане худые слухи, и хотя, когда его схватили, он под пыткою показал, что болтал в пьяном виде, однако его отправили в Батурин для совершения над ним казни.