Из всех версий «Мессершмитта», появившихся после начала серийного производства, эта модель, несомненно, стала самой прославленной.
По-настоящему массовый выпуск «сто девятого» начался с модификации Bf 109Е, которая открыла череду ошеломляющих побед Люфтваффе по всей Европе, от Польши до России. В этой версии характеристики Bf 109 были существенно улучшены, особенно это касалось вооружения и двигателя. «Эмиль», как его называли летчики истребительных подразделений, считался лучшим истребителем этого периода, и только такие выдающиеся машины, как Spitfire и D.520, у которых были весьма схожие летные характеристики, могли превзойти его в бою. При этом, как уже подчеркивалось, Bf 109Е обладал также высокими эксплуатационными качествами, был простым в производстве, обслуживании и ремонте, что в военное время имеет первостепенную важность.
Перед началом военных действий Люфтваффе решили вооружить свои истребительные подразделения этой модификацией, которая тогда не была еще сколько-нибудь известна большинству воюющих сторон. Во время «Странной войны», большая часть подразделений Люфтваффе, оснащенных Bf 109Е, была размещена за линией Зигфрида, а другие дислоцированы на севере страны.
| Авиачасть | Дислокация |
| Lehrdivision | |
| Stab LG 2 | Ютерборг |
| l(J)/LG 2 | Гарц |
| Luftflotte 1 | |
| l./JG 1 | Йезау |
| l./JG 26 | Кёльн |
| 1 l./JG 26 | Дюссельдорф |
| Luftflotte 2 | |
| l./JG 2 | Дёбериц |
| Stab JG 3 | Бернбург |
| l./JG 3 | Цербст |
| l./JG 20 | Дёбериц |
| I./JG21 | Йезау |
| II./ZG 1 | Фюрстенвальде |
| Luftflotte 3 | |
| l./JG 51 | Бад-Айблинг |
| l./JG 52 | Бёблинген |
| l./JG 53 | Висбаден |
| ll./JG 53 | Маннгейм |
| Luftflotte 4 | |
| l./JG 76 | Вена (Асперн) |
| l./JG 77 | Бреслау |
| ll./JG 77 | Пильзен |
Другие авиачасти имели в своем составе Bf 109С и D, Bf 110С, Arado 68F, а одна группа, 11.(J)/1 86 (Marinefliegerverband), была вооружена как Bf 109В, так и Bf 109Е.
Планер Bf 109Е во многом был таким же, как у «Доры» (Bf 109D). Главным новшеством стало оснащение самолета давно ожидавшимся двигателем с системой непосредственного впрыска топлива Daimler Benz 601 А, мощностью 1 1 00 л. с. С установкой нового мотора нос самолета удлинился на 25 см и приобрел более чистые очертания. Радиатор с большим воздухозаборником под двигателем уступил место двум радиаторам меньшего сечения, которые теперь размещались под крыльями. На Bf 109Е был установлен металлический трехлопастный винт. Вооружение также было усилено, начиная с модели Bf 109Е-3, и состояло из 20-мм пушек в крыле, из-за которых на нижней стороне крыла появились характерные обтекатели. Расположение приборов и оборудования в кабине осталось практически таким же, как на предыдущих моделях, кроме некоторых изменений в управлении вооружением. Эти усовершенствования, однако, привели к увеличению веса машины на 360 кг, что отрицательно сказалось на ее летных характеристиках. Управление стало более тяжелым, а радиус виража значительно увеличился на высоких скоростях. В 1939 г. производство Bf 109Е было перенесено из Аугсбурга в Регенсбург, лицензию на выпуск истребителя получили также фирмы Arado, Erla, AGO и WNF.
Первые войсковые испытания «Эмилей» (Е-1 и Е-3) были успешно проведены в Испании. Эти испытания проходили уже после окончания гражданской войны, незадолго до Польской кампании и «Странной войны».
Серийное производство «Эмиля» было развернуто в начале 1939 г., а с февраля 1939 г. Bf 109Е-1 стали поступать на вооружение первых подразделений Люфтваффе, наряду с Jagdgruppe 88 в Испании.
Модель: E-l Двигатель: DB601A1 (Daimler-Benz) Вооружение: четыре пулемета MG 1 7 в носовой части и в крыльях.
Модель: Е-2 Двигатель: DB 601А1 (Daimler-Benz) Вооружение: два пулемета MG 1 7 в носовой части, две 20-мм пушки MG FF в крыльях и одна, стреляющая через втулку винта.
Модель: Е-3 Двигатель: DB 601Аа (Daimler-Benz) amp; Вооружение: два пулемета MG 17 в носовой части, две пушки MG FF в крыльях. На фонаре можно установить зеркало. Модель: Е-3/В Вариант истребителя-бомбардировщика (см. схему Е-4)
Модель: Е-4 Двигатель: DB 601 Аа amp; Вооружение: два пулемета MG 1 7 в носовой части, две пушки MG FF в крыльях. Модифицирован фонарь, добавлена бронеспинка за сиденьем пилота.
Вариант Е-4Trop. (тропический) Модифицирован воздушный фильтр.
Вариант Е-4/В Истребитель-бомбардировщик, оснащенный бомбодержателем ЕТС 500 и бомбой SC 250. Вариант E-4/N Двигатель: DB 601N (1200 л. с.), использовался особый бензин С-3 (с октановым числом 96 или 100).
Модель: Е-5 Двигатель: DB 601А1 Вооружение: два пулемета MG 17 в носовой части, два в крыльях. Разведывательный вариант, оборудованный фотокамерой Rb 21/18 в фюзеляже.
Модель: E-6/N Двигатель: DB 601 N Вооружение: четыре пулемета MG 1 7 Оборудован фотокамерой.
Модель: Е-7 Двигатель: DB 601А или DB 601Аа Вооружение: два пулемета MG 17 в носовой части, две пушки MG FF в крыльях. Оснащен 300-литровым подвесным топливным баком. Самолеты 7./JG 26 могли оснащаться телескопическим прицелом.