Хорошо, что эти священные сокровища не вернулись из Росслина, После очередного поражения шотландцев при Пинки Клу Холируд был снова разграблен. На сей раз английские захватчики смогли унести только свинец, содрав с крыши последний металл. Разрушение было до того полным, что самая прекрасная церковь в Шотландии стала после Реформации карьером для мародеров. Однако стражу религиозных сокровищ, сэру Вильяму Синклеру, было доверено сопровождать маленькую Марию, королеву Шотландскую, во Францию, где она обручится с дофином; тем временем ее мать пыталась в отсутствие дочери править непокорной Шотландией. На высокопоставленных католических священнослужителей уже совершались нападения. Джон Нокс, будущий лидер Реформации, увидел Божью волю в поражении шотландцев при Со-луэй Мосс, а возложение короны регента на голову Марии де Гиз назвал помещением "седла на спину норовистой коровы". В тот же месяц, когда она подписала "Обязательство" Вильяму Синклеру, группа лордов из Файфа ворвалась в замок Сент-Эндрюс и до смерти замучила кардинала Битона за то, что он осудил на сожжение на костре ведущего протестантского проповедника. Джон Нокс присоединился к мятежным лордам и стал проповедовать с кафедры сент-эндрюсского прихода, потом его отправил на галеры французский десант, отбивший замок для Марии де Гиз. В 1556 году ей пришлось предоставить право безопасного проезда своему доверенному лицу, Вильяму Синклеру, и отправить его во Францию за новыми подкреплениями. Он был на год освобожден от обязанностей верховного судьи, и Мария де Гиз поклялась защищать спрятанные в Росслине сокровища.
Религиозные войны в Шотландии обострились со смертью в 1558 году бездетной католической королевы Англии Марии Тюдор и восшествием на престол ее единокровной сестры, протестантки Елизаветы. К этому времени Мария, королева Шотландии, была уже замужем за дофином, и французский король Генрих Второй немедленно провозгласил ее королевой не только Шотландии, но и Англии с Ирландией. Поэт Ронсар писал, что Юпитер предопределил ей править Англией три месяца, Шотландией три года, а Францией полгода. Французская и католическая угроза казалась такой неминуемой, что шотландские мятежники-протестанты атаковали пограничные районы и на время заняли Эдинбург. Еще одно срочное воззвание к "нашему избранному сыну", Вильяму Сент-Клеру из Росслина, Мария де Гиз за год до своей смерти, в 1560 году, подписала от имени Франциска и Марии, как Deo gratis Rex et Regina Scotorum (Милостью Божией Король и Королева Скоттов). Там содержался приказ контратаковать пограничных мятежников, захватить и арестовать их, сколько бы их ни было, уничтожить их укрепленные дома и наказать за убийства и поджоги. Сам он получил неподсудность за все противозаконные действия, которые мог предпринять.
Твердые сторонники Стюартов и католического дела, росслинские Синклеры были обречены Реформацией, которая произошла на другой год, шотландский парламент ввел протестантское вероисповедание, отменил юрисдикцию папы и запретил отправление мессы под страхом смертной казни за третье нарушение запрета. Эти акты были представлены на утверждение Марин, королеве Скоттов, однако такового не получили. Впрочем, они стали залогом принятия Реформации в Шотландии, и росслинские лорды будут осуждены за свою веру и верность короне. С падением Марии, королевы Шотландской, и пленения ее англичанами через семь лет после смерти матери, Вильям Синклер был арестован, будущее его владений оказалось в опасности, однако в конце концов их возвратили ему.
Нападения эдинбургской черни в 1592 году опустошили Росслинскую часовню, хотя сотню образов Девы Марии, апостолов и святых убрали из них в подвалы с усыпальницей и священными сокровищами католической веры. Четыре алтаря, посвященные Деве Марии, святым Матфею, Андрею и Петру, были разрушены. Однако роскошная часовня, полная языческих по сути изображений и Зеленых людей, не была разрушена полностью по двум причинам. Первая заключалась в том, что Синклеры оставались наследственными Великими Магистрами цехов, гильдий и масонов Шотландии, хотя многие из этих организации вышли из католической веры и приняли протестантскую. Второй причиной послужил секрет, доверенный Марии де Гиз, которой она сохранила в секрете — местонахождение под алтарем сокровищницы, где хранились религиозные реликвии и драгоценности, в том числе вывезенные из Холирудского аббатства и оставшиеся после падения храмовников, в надежных руках Синклеров или Санкто Кларо. Сознание, что Росслинская часовня представляет собой священное место, чтимое как масонами, так и католиками, остановило молотки и топоры религиозных фанатиков.