Духовно близкий Добролюбову Николай Гаврилович Чернышевский, учившийся по соседству в университете и бывший вполне в курсе дел Главного педагогического института, поместил тоже очень выразительную запись в дневнике студента Трофимова — персонажа романа «Пролог»: «Прощай, институт, убивающий умственную жизнь в сотнях молодых людей, рассылающий их по всей России омрачать умы, развращать сердца юношей, — прощай, институт, голодом и деспотизмом отнимавший навек здоровье у тех, кто не мог примириться с твоими принципами раболепства и обскурантизма, — прощай, институт, из которого выносили на кладбище всех, отважившихся протестовать против твоей гнусности…»
А что же Менделеев? Ведь происхождение и юношеские испытания, выпавшие на долю Менделеева и Добролюбова, были удивительно схожи. Добролюбов был из семьи священника; едва поступив в институт, он потерял обожаемую мать, а затем отца и такое количество других близких родственников, что даже боялся открывать письма из дома — почти в каждом сообщалось о чьей-то смерти. Наконец, они оба были больны.
И при этом — разительное отличие в отношении к своему учебному заведению. Что же являлось причиной искренней благодарности Менделеева институту и уважения к Давыдову, который по всем статьям был самый что ни на есть «латинянин» и защитник оторванного от жизни классического образования?
Во-первых, у Менделеева не было и не могло быть столкновения с Давыдовым на идейном поле. Дело не только в том, что Добролюбов и Давыдов были литераторами, а Дмитрий — естествоиспытателем. Традиции его семьи, истории корнильевского и Соколовского родов сформировали его как человека труда и долга, обязанного преуспеть в жизни — такой, какая она есть. Одним из самых запомнившихся событий его биографии стал момент, когда он, едва став студентом, должен был собственноручно написать расписку, что обязуется после окончания института отработать преподавателем не менее двух лет за каждый год обучения в институте: «Мы все твердо знали, давши при вступлении личные обязательства, что будем педагогами, а потому по косточкам разбирали всю предстоящую нам жизненную обстановку…» Ему даже в голову не могла прийти цель, которую ставил перед собой Добролюбов: добиться отставки из учебного ведомства. Молодой Менделеев был полностью лишен бунтарского инстинкта в его добролюбовском понимании, он ничего не имел против идейных основ института и, более того, был совершенно согласен с официальной трактовкой образования как процесса, который должен опираться на твердые основы и служить воспитанию благородных и полезных членов общества со страхом Божьим в душе, любовью к отечеству и повиновением начальству. Возможно, если бы Давыдов попытался вызвать Дмитрия на откровенный разговор, могла бы выясниться значительная разница в их взглядах на содержание этих самых «основ», понимании «полезности» и «благородства». К счастью, ни Давыдов, ни Менделеев не испытывали нужды в таком разговоре. Что же касается страха Божьего, любви к отечеству и повиновения царской власти, то их необходимость ему не Уваров с Давыдовым внушили, а завещала любимая мать. Впоследствии он, конечно, испытает проблемы и со страхом Божьим, и в отношениях с начальством, но причиной тому будет не бунтарство, а знание. И любовь к отечеству.
К тому же даже в студенческие годы лояльность Менделеева к институтскому начальству имела свои очень четкие внутренние границы. М. А. Папков рассказывает о случае группового протеста старшекурсников против режима наушничества, широко применявшегося в заведении. Вскрылось, что особенную роль в организации взаимного доносительства играл старший надзиратель А. И. Смирнов. Менделеев не принял в беспорядках никакого участия, а просто вычеркнул это имя из своего круга общения. Выпустившись из Главного педагогического института, он в письмах другу (Папков после реорганизации остался на третьем курсе) просил кланяться всем преподавателям и даже какому-то незаметному надзирателю по имени Александр Львович (фамилию Папков забыл), но только не потерявшему в его глазах репутацию благородного человека Смирнову.
Во-вторых, жесткая регламентация жизни, плотное, неусыпное попечение со стороны взрослых оказались в каком-то смысле спасительными для потерявшего мать и сестру юноши. Здесь о нем по-настоящему заботились, лечили и даже готовы были устроить на учебу в теплые края. Менделеев прекрасно понимал, что ни в одном другом учебном заведении, тем более открытом, учиться не сможет. Нищему студенту необходимы были пропитание, одежда, кров, книги и постоянное квалифицированное лечение — всё это он имел благодаря институту.