Одним из важнейших и трагических для России противоречий царствования Александра II Менделеев считал противоречие между политическими и гражданскими реформами и экономической политикой нового царствования. Англоманство, охватившее тогда чиновно-бюрократический Петербург, достигло такой степени, что сам министр внутренних дел П. Валуев исчерпывал свою политическую мудрость из ежеутреннего чтения «Таймс». На беду русской промышленности немало нашлось английских поклонников и в экономических вопросах. «Смотрите! — говорили они. — Англичане перешли к свободной торговле, а ведь они не дураки. Значит, свободная торговли благодетельна для государства, раз такая передовая в промышленном отношении страна, как Англия, придерживается ее. Стало быть, и нам надлежит скорее начать действовать как англичане». К этому рассуждению теоретиков с радостью присоединился малочисленный, но весьма влиятельный в России слой — крупное чиновничество… «Говорят, и говорят громко, противу протекционизма люди, живущие на определенные средства и не хотящие участвовать в промышленности, — писал Дмитрий Иванович. — У них доходов не прибудет от роста промышленности, а от протекционизма им страшно понести лишние расходы, особенно если все их вкусы и аппетиты направлены к чужеземному. Помилуйте, говорят они, вы налагаете пошлины на шляпки и зеркала, а они мне надобны, и я не вижу никакого резона в ваших протекционистских началах; для меня протекционизм тождествен с воровством… Не в одних темных углах гостиных толкуют так. Литературы полны такою недодумкою».
Под влиянием таких далеких от государственных интересов соображении протекционный тариф Е. Канкрина постепенно искажался, пока наконец в 1868 году не был утвержден новый, вполне фритредерский тариф. «Всякий проживший 60-е и 70-е годы… по сумме личных впечатлении — если они не ограничивались гостиными и канцеляриями, — писал Менделеев, — чувствовал в 70-х годах, что страна не богатела, что ее достаток не возрастал, что надвигается что-то неладное. Корень дела был… экономический и связанный с ошибочною торгово-промышленною политикой, выражающеюся в необдуманном таможенном тарифе… Крепостная, т. е. в сущности экономическая, зависимость миллионов русского народа от русских помещиков уничтожилась, а вместо нее наступила экономическая зависимость всего русского народа от иностранных капиталистов. Вольный труд возбуждался, но ему поприще открыто не было…
Центры тяжести перемещались от непроизводительных классов в производящие, только не русские, а иностранные, ибо эти миллиарды рублей, ушедшие за иностранные товары, и этот русский хлеб кормили не свой народ, а чужие. Просвещение развивалось, а ему производительного приложения не оказывалось в ином месте, кроме канцелярий и резонерства классического строя. Отсюда, по моему мнению, вполне объясняется то поголовное отчаяние, в которое впала масса русских людей…»
Так что не случайно именно в 1870-х годах мучительные раздумья привели Дмитрия Ивановича к мысли о протекционизме. Но в отличие от великосветского обывателя, для которого протекционизм — это обложение пошлиной иностранного товара, а фритредерство — беспошлинный ввоз; для которого протекционизм — это дороговизна, а фритредерство — дешевизна; в отличие от банковского и чиновного люда, склонного рассматривать протекционизм как чисто финансовую акцию, Менделеев смотрел на протекционизм иначе. Он считал, что протекционизм — это не только покровительственный таможенный тариф, но это еще наличие в стране всех условий для развития покровительствуемой промышленности, то есть природные ресурсы и рабочая сила, это еще и государственные мероприятия, прямо стимулирующие инициативу, прилив капиталов и знающих дело людей в покровительствуемую отрасль.
Менделеев считал своим гражданским долгом противодействовать распространению фритредерских идей. «Если… представить себе, что ныне же все страны мира сразу согласились бы держаться «свободной торговли», то произошло бы, в конце концов, полное рабство земледельческих народов, т. е. порабощение их промышленными… Развить же у себя свою промышленность земледельческие страны не имели бы никакой возможности при полной свободе торговли, потому что иностранные промышленные их конкуренты сознательно губили бы всякие зачатки таких предприятий».