Среди них, увы, не было лучшего выпускника Главного педагогического института Дмитрия Ивановича Менделеева. Командировка, обещанная ему Давыдовым, так и не состоялась в 1856 году: в Педагогическом институте начались серьезные неурядицы, приведшие в 1859 году к закрытию и расформированию этого учебного заведения. В разгар этих неурядиц администрации института было, конечно, не до заграничных командировок бывших воспитанников, пускай даже и особо отличившихся. Пожалуй, при других обстоятельствах Дмитрий Иванович очень огорчался бы и переживал, но летом 1856 года у него на переживания просто не было времени.
Прибыв из Одессы в Петербург в середине мая, он немедленно, еще не обосновавшись толком на новом месте, подал П. Плетневу, ректору Петербургского университета, прошение о допущении его к сдаче экзамена на степень магистра химии. Причем из-за стесненности во времени просил проэкзаменовать его в течение оставшихся двух недель мая. Просьба эта была уважена, и 18, 25 и 30 мая двадцатидвухлетний Менделеев, как говорится, тряхнул стариной, не такой уж, впрочем, далекой: с момента его триумфа на выпускном экзамене прошел всего год. Блестяще ответив устно на вопросы по химии, физике, минералогии и геогнозии, он 31 мая сдал письменный экзамен по химии, после чего ему был назначен срок защиты магистерской диссертации — 9 сентября.
За два летних месяца Менделеев закончил начатую еще в Одессе магистерскую диссертацию «Удельные объемы», и, поскольку времени и средств на ее опубликование у него не было, ему разрешили защиту под тем условием, что за это время он напечатает подробные положения о сущности своего труда. 9 сентября, едва только профессор А. Савин от лица физико-математического факультета объявил, что «г. Менделеев достоин степени магистра химии», как неугомонный магистр подает новое прошение. Он желает защищать еще одну диссертацию — «Строение кремнеземистых соединении» — на право читать лекции по химии в Петербургском университете. 21 октября защита состоялась, 1 ноября совет университета обратился к попечителю Петербургского учебного округа с ходатайством о переводе магистра химии Менделеева на службу в Петербургский университет в звании приват-доцента по кафедре химии. Это ходатайство было утверждено, и 9 января 1857 года штурм, предпринятый Менделеевым, завершился полным успехом.
Университет дал молодому магистру очень много: возможность читать лекции, работать в лаборатории, общаться с первоклассными профессорами. Единственное, чего на первых порах университет не дал Менделееву, — это денег. Как приват-доцент, он за чтение лекций определенного жалованья не получал. В зависимости от состояния университетских финансов правление раз в год выплачивало ему 300–400 рублей.
«Лучшее никогда не уйдет от вас», — писал когда-то Менделееву в Одессу профессор Степан Семенович Куторга. И действительно, заграничная командировка, о которой мечтал учитель одесской гимназии, не ушла от него, а только отодвинулась на три года. А поскольку эти три года он не потерял понапрасну, администрация Петербургского университета, рассматривая в конце 1858 года вопрос о командировании приват-доцента Менделеева за границу «для усовершенствования в науках», имела дело с кандидатурой не начинающего новичка, едущего набираться школьной премудрости, а магистра химии, ученого со своими собственными взглядами на эту науку и своей собственной программой действий. «Менделеев… несмотря на молодые годы… был уже готовым химиком, а мы были учениками», — скажет Иван Сеченов, с которым Дмитрию Ивановичу в скором времени предстояло познакомиться в Гейдельберге.
А пока он читал лекции и вел практические занятия со студентами, с нетерпением ожидая окончания семестра. И когда эти бесконечно тянувшиеся четыре месяца наконец прошли, Дмитрий Иванович не мешкая приобрел за 38 рублей серебром билет на почтовый дилижанс, отправлявшийся 14 апреля 1859 года из Петербурга в Варшаву. Шесть суток тащился дилижанс по дорогам Российской империи, и все это время Дмитрий Иванович просидел на своем самом дешевом месте рядом с кучером… «Кажется, еще и до сих пор болят бока от езды в дилижансе, который увез из Петербурга», — писал он знакомым в августе. За первые три месяца Менделеев объехал не меньше десятка европейских университетских городов, прежде чем его внимание остановилось на двух: Париже и Гейдельберге. Ж. Дюма, М. Бертло, А. Вюрц, А. Сент-Клер-Девилль — эти французские имена блистали на химическом небосклоне первой половины XIX века так же ярко, как имена гейдельбергских химиков — прославленных Р. Бунзена, Г. Кирхгофа, Э. Эрленмейера, Г. Кариуса. Но, по всей видимости, не сопоставление имен определило выбор Дмитрия Ивановича. Ему очень пришелся по душе сам Гейдельберг: «Наш (я буду здесь жить два года, а потому употребляю слово «наш»), — пишет он Феозве Лещовой, — городок хорош… маленький, длинный, лежит в долине, по которой течет Неккар, идущий верст 40 до Рейна. Соединение гористой местности с плоскостью, зелень, ровный климат, превосходные окрестности, хороший университет, близость отовсюду делают Гейдельберг местом жительства многих иностранцев».