Такой взгляд, такой подход к объекту не как к куче камней, а как к гармоничному архитектурному сооружению был вообще свойствен мышлению Менделеева. И это ясно проявилось в тех рекомендациях, которые он разработал для русского земледелия. В те дни, когда на искусственные удобрения смотрели как на средство быстро исправить недостатки почвы, заменить навоз едва ли не мусором и начать получать максимальные урожаи на любых землях, Менделеев не уставал говорить о том, как важны для земледелия физические свойства почвы. Именно в доведении почвы до спелости, то есть до способности поглощать из воды и воздуха азотистые вещества и углекислоту и прочно удерживать эти вещества, видел Дмитрий Иванович первоочередную задачу отечественного земледелия.
«Эта спелости достигается разведением широколистных, отеняющих землю растений, продолжительным навозным удобрением, разработкою, мергелеванием, известкованием и особенно правильно устроенным паром, а когда земля поспела, она уже долго будет сама себя питать азотистыми началами воздуха и воды. Вот тогда-то и подействуют минеральные вещества — фосфаты и т. п…Потому я думаю, что навоз, хорошая обработка и известкование, а не фосфаты нужны нам».
Но в глубине души Дмитрий Иванович понимал, что его проповедь не достигает цели, ибо легче человеку купить даже за большие деньги бесполезную вещь, чем освоить трудное, хотя и полезное, искусство или ремесло. Легче завалить землю покупными фосфатами, чем заставить себя заняться долгим и систематическим трудом. И быть может, именно это тайное понимание безнадежности своих призывов побудило его завершить свой последний отчет «Об опытах над действием удобрений» такими словами: «Я еще раз позволю себе выразить желание, чтобы это начинание не осталось втуне, и заключу уверенностью, что рано или поздно будут продолжены наши опыты, которые, таким образом, положили начало тому, чего продолжение отложено, быть может, на долгие годы». Правда, кроме предчувствий, были здесь и другие, более осязательные причины: «Секретарем… Вольного экономического общества был тогда Ходнев… — вспоминал на склоне лет Менделеев. — Я предлагал у себя все сделать на свой счет, и дело сладилось. Но мало давали средств и помощников при исследованиях, а потом, когда результаты… все же получились, Ходнев захотел всем ворочать сам, и я отстал, а он ничего не сделал».
Так или иначе, предчувствия не обманули Менделеева… Продолжение его опытов действительно было отложено на многие годы, и они были забыты столь основательно, что о них ничего не упоминалось даже в учебниках по агрохимии. Но Менделеев оказался прав в том, что эти опыты когда-нибудь будут продолжены. В 1930-х годах Научный институт по удобрениям произвел грандиозные «географические опыты» академика Д. Прянишникова, когда по единому плану в течение пяти лет триста научных учреждений провели более 3800 полевых опытов.
Первый неофициальный химический кружок, возникший в Петербурге в 1854 году, собирался у профессора П. Ильенкова потому, что у него была удобная квартира и небольшая, хорошо обставленная химическая лаборатория, в которой каждый желающий мог провести научное исследование. У Ильенкова собирался весь цвет отечественной химии: Н. Зинин, А. Воскресенский, К. Клаус, Ю. Фрицше, Л. Шишков и др. Но, видно, время для создания химического общества еще не приспело, и кружок этот через два года распался.
Второй кружок организовали в 1857 году химик Н. Соколов и А. Энгельгардт — артиллерийский офицер, увлекшийся химией. Они устроили частную лабораторию по образцу гиссенской лаборатории Либиха, а в 1858 году начали издавать первый в России «Химический журнал». Однако и это предприятие просуществовало недолго: находясь в Гейдельберге, Дмитрий Иванович из писем друзей узнал, что журнал закрылся, а лаборатория пожертвована ее основателями Петербургскому университету. Но так велика и настоятельна была уже потребность в общении, что в 1860 году Шишков начал хлопотать об устройстве Химического общества. И когда в начале 1861 года Менделеев объявился в Петербурге, он оказался в самой гуще событий.