После конференции работа Петербургской военной организации достигла особенно широкого размаха. Комитет имел связи более чем с сорока воинскими частями. Не было ни одного крупного выступления воинских частей, в которых не принимала бы участия военная организация. Она издала сотни тысяч экземпляров различных листков и прокламаций.
Автором некоторых листовок, изданных военной организацией, был Менжинский. Видимо, судя по стилю, его перу принадлежит листовка «Гвардия ненадежная», изданная не ранее 16 июня 1906 года:
«Зашаталась последняя опора царизма. Всероссийский преображенец потерял несколько сот телохранителей-пре-ображенцев — их захватила всероссийская революция.
Армия маленького венценосного полковника стала меньше на батальон: настолько же выросла армия Великой революции.
По «высочайшему» приказу 1 батальон л-гв. Преображенского полка переименован в особый пехотный батальон, он в опале, он наказан, у него нет знамени, ему не дано в шефы ни государя, ни государыни-вдовы, ни государыни-жены, ни короля датского, ни королевы греческой… он не носит имени никакого царя, императора, герцога, эрцгерцога.
Почетное наказание!
Революция будет его шефом, революция даст ему имя и Красное Знамя…»
Листовка появилась в связи с волнениями в Преображенском полку, которые происходили с 6 по 12 июня 1906 года. Поводом к волнениям послужил приказ командования гвардией о переводе полка в Петергоф для охраны резиденции царя, 6 и 7 июня в полку происходили сходки солдат, а вечером 9 июня, уже в Петергофе, состоялся митинг 1-го и 3-го батальонов, на котором обсуждались требования солдат. В полку были произведены аресты активных участников выступления. Царь Николай II, числившийся, как и все цари, начиная с Петра I, полковником Преображенского полка, подписал приказ о лишении 1-го батальона прав гвардии, переименовании его в особый пехотный батальон и расквартировании в селе Медведь Новгородской губернии. Волнения в гвардии настолько напугали царя, что он сместил командира полка Гадона, командира 1-й гвардейской дивизии Озерова и командира гвардейского корпуса князя Васильчикова.
В июне 1906 года забастовали рабочие Нового Адмиралтейства. На завод пригнали солдат, но они отказались выступить против рабочих. На вопрос командира порта, почему ничего не предпринимается против бастующих, солдаты отвечали: «Это не наше дело». Через несколько дней эти же солдаты отказались выполнить приказ офицера — взять в штыки митинговавших рабочих. Солдаты кричали, что стрелять в братьев не будут. На усмирение забастовщиков начальство послало новое подразделение, но и оно отказалось принять участие в подавлении забастовки. Командир роты, обращаясь к строю солдат, сказал: «Я надеюсь, что вы, братцы, беспрекословно исполните приказ начальства, если оно велит стрелять».
Солдаты дружно ответили: «Никак нет». Ротный командир потребовал, чтобы желающие выполнять приказ сделали шаг вперед. Из строя вышел лишь один солдат, а вся рота осталась на месте.
Подобные же настроения бытовали среди солдат и других частей петербургского гарнизона, особенно технических: саперных, понтонных, среди пограничной стражи.
15 февраля 1906 года вышел первый номер газеты «Казарма» — органа Петербургской военной организации РСДРП. В состав редакции тогда входили и большевики и меньшевики, и это наложило свой отпечаток на содержание газеты. В первом ее номере высказывалось неправильное положение о том, что мир воцарится в России только тогда, когда вся армия и гвардия перейдут к народу.
Ленин подверг критике это меньшевистское положение и принял меры к тому, чтобы сделать газету подлинно большевистской.
Летом 1906 года на совещании большевиков Ленин поставил вопрос о превращении «Казармы» в официальный военный орган партии и усилении состава ее редакции.
В новый состав редакционной коллегии, образованной после конференции военных организаций Петербурга, вошли только большевики: Менжинский — член комитета, «ответственный литератор», М. И. Фрумкин и Н. Ф. Насимович (Чужак). В работе коллегии принимал участие и другой член комитета, Ф. В. Гусаров. Этот состав редколлегии подготовил и издал очередной пятый номер «Казармы», который вышел 8 июля 1906 года. Именно с этого номера газета целиком перешла в руки большевиков. Как писал впоследствии Е. М. Ярославский, «Казарма», несомненно, была «одной из лучших газет того времени», «имела очень большое распространение и большой успех в солдатских и матросских масеах».