— Спасибо вам, товарищ, за информацию. А сейчас куда? — спросил Менжинский «Муравья». — Опять в Москву?
— Нет, надо ехать в Нижний.
После ухода «Муравья» Менжинский договорился с Петром о мерах по усилению конспирации, о наблюдении за «Люсей».
— Предупредите, товарищ Петр, всех товарищей, кто как-либо связан с этой дамой…
Наступление реакции между тем продолжалось.
3 июня царское правительство разогнало Государственную думу и арестовало социал-демократическую фракцию. Третьеиюньский переворот означал конец первой русской революции и начало столыпинской реакции.
28 июля 1907 года Петербургский военно-окружной суд через пристава третьего участка Московской части телеграфно предложил Менжинскому «явиться 31 сего июля к 12 часам в военно-окружной суд, Мойка, 26 для получения копии обвинительного акта».
На следующий день Вера Рудольфовна на явке ЦК вручила телеграмму Вячеславу Рудольфовичу.
31 июля Менжинский, явившись на Мойку, ознакомился с обвинительным актом: «…19 июля 1906 года в Петербурге в квартире Александра Львовича Харика состоялось собрание некоторых членов организации, на котором предполагалось обсудить вопрос, как использовать военное восстание в Свеаборге и как реагировать на это событие в С.-Петербурге. Собрание было задержано, причем, кроме Харика, арестованы сын коллежского советника Браудо, дантист Фрумкин и два лица, назвавшиеся дворянином Деканским и крестьянином Соловьевым. 25 июля Деканский заявил, что он в действительности помощник присяжного поверенного Менжинский, а Соловьев, что он Зимин…»
Далее шел список всех привлекаемых к военному суду. Затем Менжинский прочитал, что все перечисленные лица «подлежат обвинению в том, что в 1906 году в Петербурге они разновременно вступили в тайное сообщество под названием «Военная организация при С.-Петербургском объединенном комитете Российской социал-демократической рабочей партии», поставившем заведомо для них, обвиняемых, целью своей деятельности насильственное изменение посредством народного восстания и мятежей в армии и флоте… монархического образа правления на республиканский… путем вооруженного восстания добиться указанного изменения политического строя в государстве, а равно и распределения на началах общёй собственности всех средств производства, для чего члены этого сообщества вели в этом смысле устную пропаганду среди воинских чинов, устраивали недозволенные им сходки, распространяли среди них всевозможные революционные издания, брошюры и прокламации, а также и партийные органы повременной печати, в частности, газету «Казарма», специально приспособленную для пропагандирования среди войск упомянутых социалистических и революционных идей. Виновные в этом привлекаются к ответственности по статьям 51 и 102 уголовного уложения, издания 1903 года».
Хотя вина Менжинского и не была доказана — следствие даже не установило его партийную кличку, — ему грозила каторга.
Ознакомившись с обвинительным актом, Менжинский написал расписку, удостоверяющую, что он получил «список судей и прокурора, рассмотрению которых подлежит производящееся обо мне дело».
Судебный процесс по делу военной организации начался 6 сентября 1907 года. Полиция приняла меры, чтобы всех обвиняемых доставить в суд. В полицейское управление станции Удельная в первых числах сентября была направлена телеграмма следующего содержания: «Подсудимый Вячеслав Рудольфович Менжинский подлежит прибытию Петербургский военно-окружной суд шестого сентября десять утра…»
Пристав Лесного полицейского участка 5 сентября телеграфно уведомил суд, что «вызываемого Вячеслава Рудольфовича Менжинского на Удельной не оказалось». Повестка с вызовом Менжинского в суд была направлена и по адресу его родителей, но возвращена в суд околоточным надзирателем с надписью: «Вячеслав Менжинский, как значится в домовой книге, с Николаевской улицы выбыл…»
Вячеслав Рудольфович сознательно уклонился от суда. 5 сентября он направил в военно-окружной суд заявление о том, что не имеет возможности явиться в суд по болезни и доверяет защиту своих интересов в суде присяжному поверенному Сидамонову-Эрастову.
Некоторых других обвиняемых должен был защищать начавший входить в моду либерально настроенный присяжный поверенный Александр Федорович Керенский, известный как человек не без способностей, но снедаемый огромным честолюбием. В годы своей адвокатской практики Менжинский немного знал его.
Судебный процесс по делу Петербургской военной организации проходил с 6 по 19 сентября при закрытых дверях.