Уцелевшие жители Кунгурского острожка обратились к царю с челобитной, и дьяк Алмаз Иванов на их грамоте начертал: «Велено на Кунгуре, отыскав место, где крепь, и к крепи устроить острожек». Место, «где крепь», отыскали на высоком гористом мысу, где сливаются Ирень и Сылва. В 1663 году здесь основали новый Кунгур. На горе построили деревянный кремль. Дьяк Семён Ремезов, посетивший Кунгур в 1703 году, в описании «Чертежа земли Кунгурского города» сказал: «А ныне город новый Кунгур стоит на красовитом месте и крепком от воинских воровских людей меж реками Сылвою и Иренью в мысу. А вокруг видети близко высокие каменные известные горы с красовитыми раздольи».
К 1664 году бунтовщиками были разорены Невьянская, Краснопольская, Пышминская, Алапаевская, Белослудская, Усть-Ирбитская и Арамашевская слободы. На Чусовой — Чусовская слобода (ныне село Слобода). Наконец русские воеводы собрались с силами и перешли в наступление. К 1665 году бунт был подавлен. Башкиры предпочли вернуться «под руку» московского государя. Впрочем, отдельные вспышки мятежа продолжались до 1670 года.
Более «социально обусловленным» стало восстание башкир в 1681 году. Теперь башкир поддержали и «закадычные враги» — калмыки. Восставшие были недовольны потерей своих угодий и боялись насильственной христианизации. Бунтовщики успели опустошить русские земли на Урале вплоть до реки Сылвы. Но, как обычно, главари не поделили наживу, и калмыцкие старшины поспешили покаяться перед московскими властями, а потом, в знак раскаяния, напали на тылы своих недавних сподвижников. К 1683 году восстание было подавлено.
Особенно яростной волна башкирского сопротивления была в 1704–1711 годах, после того как в Башкирии была проведена перепись населения, а вместо ясака были введены налоги. Башкиры возмутились грабительскими и обманными нововведениями.
Земли по верхней Чусовой башкиры считали своими и не желали мириться с присутствием здесь русских. Уфимскому воеводе Шаховскому в своей «сказке» они в 1724 году писали: «…по Чюсовой реке и которые речки впали в оную… вотчина изстари их, Челжеутской, да Терсятской, да Сатыринской волостей». («Челобитная» не помогла: известно, что в 1751 году в Челжеутской (Салзаутской) волости получил имение горный инженер Никифор Клеопин…)
Кровопролитным и трагичным был набег 1709 года, когда пострадали Уткинская Слобода и деревни Каменка, Мартьяново, Большие Галашки, Усть-Утка. В 1718 году был разорён Полевской рудник. В 1720 году на верхней Чусовой Татищев, дабы преградить башкирам путь на Уктусский и другие заводы, был принуждён на переправах устроить «новопоселённые чусовские деревни»: Косой Брод, Курганово, Раскуиха, Красная гора, Макарова и другие. В деревне Косой Брод, где находился единственный брод через Чусовую, был поставлен караул.
Деревни не помогли — в 1721 году башкиры налетели вновь. Тогда в 1723 году были возведены крепости («шанцы» с «транжементами») Полевская, Косой Брод и Горный Щит. В сказе «Две ящерки» Бажов писал: «С боем шли. Ну, казна, известно. Солдат послали. Деревню-то Горный Щит нарочно построили, чтоб дорога без опаски была». Волей-неволей и первые заводы пришлось строить внутри деревянных укреплений — «полисадных крепостей». К 1724 году все башкиры были насильно выселены с Чусовой на берега озера Иткуль.
События 1705–1728 годов были настоящей войной, которая охватила не только Урал, но и Поволжье. Повстанцы атаковали Уфу, Казань и Астрахань, искали выход к народам Кавказа. Правительство двинуло против повстанцев регулярные войска и вспомогательные калмыцкие отряды.
Обзор «Россия» рассказывает: «…идея возрождения мусульманского царства осталась бродить среди башкир и к 1705 г. подготовила новое восстание, почти не прекращавшееся до 1728 г. „Святой Султан" (звание, присвоенное себе одним башкиром) завёл личные сношения с исламитами Крыма и Константинополя, увлёк по пути массы недовольных русской неволей, а в Башкирии нашёл самый сочувственный отклик. Здесь сразу объявились три главаря восстания… Повстанцы грабили и дотла выжигали русские сёла и деревни по Каме, Белой и Самаре, и только подступив к Казани, были оттеснены и жестоко наказаны организованными Петром Великим вольными дружинами калмыков».