Первоначально планировалось её применение по наземным целям, как носителя ядерного оружия. Хрущёв не доверял Устинову принимать решения ни по одному вопросу, связанному с работами Челомея. Историю эксплуатации П-5 на флоте Никита Сергеевич проанализировал по «тем документам» лично. И пришёл к неожиданному выводу, что в качестве стратегической ракеты она… не нужна. К тому времени, как сама ракета и её носители будут испытаны и запущены в серию, уже появятся баллистические ракеты со значительно большей дальностью. Точность у П-5 также была невелика, не лучше, чем у тогдашних баллистических ракет. Зато из неё можно было сделать вполне приличную сверхзвуковую ПКР.
Именно такая задача и была поставлена перед Челомеем.
(В реальной истории в первом квартале 1956 г. т. е. за три года до принятия на вооружение П-5 в ОКБ-52 в инициативном порядке начались работы над самонаводящимся самолетом-снарядом, получившем литерное обозначение П-6. Предполагалось, что он будет являться модификацией П-5, оснащенной радиолокационной головкой самонаведения и новой БСУ. Инициативу ОКБ-52 сначала поддержал руководитель ЦКБ-18 П.П. Пустынцев, а затем и Главком ВМФ. См. В. Асанин, «Ракеты отечественного флота»)
Первоначально Владимир Николаевич опешил:
— Никита Сергеич, за такие сроки невозможно сделать систему наведения!
— А ты постарайся, — ответил Хрущёв. — А то Бериев тебя обойдёт. Мы ему П-10 поручили делать.
П-10 замышлялась как стратегическая крылатая ракета, но большего размера, для размещения на более крупных носителях на базе дизельных лодок проекта 611. Проект Бериева был отменён на достаточно ранней стадии (АИ)
— Не знаю… — покачал головой Челомей.
— Я тебе подскажу, — усмехнулся Хрущёв. — Ты делай сначала ракету с ядерной боевой частью, и с подводным взрывом. Ей в авианосец попадать необязательно. Даже если рядом рванёт — мало не покажется. Зато у тебя летающая ракета уже будет. А тем временем электронщики систему наведения сделают. Да, и с Березняком скооперируйся насчёт самонаведения. Но, сразу закладывай полную унификацию. Когда будешь полноценную ПКР из неё делать, надо, чтобы на лодке можно было ядерную ракету из пусковой вытащить и ПКР засунуть, без всяких дополнительных работ.
Никита Сергеевич хорошо помнил, что в «той истории» для перевооружения лодки с П-5 на П-6 приходилось менять разъёмы, и пообещал свояку лично проследить за соблюдением требований унификации.
Проанализировав по переданным Серовым документам проблемы ПКРК П-6, Владимир Николаевич Челомей наметил основные недостатки, которые следовало устранить. Прежде всего необходима была унификация П-5 и П-6 по разъёмам. Вторая, пока неустранимая проблема — надводный старт ракет по наклонной траектории. Точность стрельбы была неудовлетворительна, хотя её можно было улучшить применением ГСН. Ракета была чувствительна к погодным условиям — температуре воздуха, направлению и силе ветра, что сильно влияло на дальность. Она не могла летать над местностью со сложным рельефом, но для ПКР это не являлось существенным недостатком. Пока ракета на большой высоте летела к цели, противник мог успеть навести на неё воздушный патруль перехватчиков, в том числе — с авианосца.
У П-5 было одно важное преимущество — после старта стратегическая версия ракеты не нуждалась в связи с лодкой, едва ли не впервые на флоте реализовав принцип «выстрелил и забыл». ПКР на тот момент так действовать не могли, нуждаясь в указании приоритетных целей оператором вручную.
Но недостатков было больше.
Уязвима была не только ракета, но и лодка-носитель. Радиус обнаружения целей был ограничен низко расположенной антенной радара на подводной лодке. Согласно полученной информации, старт ракет мог осуществляться только двумя последовательными залпами по 4 ракеты с промежутком между залпами по 12 минут. Это было ограничение тогдашней несовершенной аппаратуры наведения.
Первоначально система управления разрабатывалась под дизельную лодку проекта 651, вооружаемую четырьмя ракетами. Соответственно, она и обеспечивала старт 4-х ракет в одном залпе. При переносе комплекса на атомные лодки систему управления, «для экономии, чтоб не переделывать», позаимствовали как есть, обрекая тем самым подводников на смертельный риск в ходе 12-минутного ожидания второго 4-хракетного залпа. 12 минут требовались для предстартовой подготовки ракет второго залпа. Общее время нахождения лодки на поверхности составляло 24 минуты, что было явно неприемлемо.