В настоящее время на территории Вахшской, Кафирниганской и Пенджской долин открыто и исследовано около 20 памятников эпохи мезолита. На пяти из них велись систематические раскопки (Туткаул, Сай-Сайед, Ак-Танга, Шугноу, Даран Шур), на одном — разведочные шурфы и траншеи (Оби-Киик). Бо́льшая часть памятников представляет собой местонахождения с разрушенным культурным слоем. Среди них по насыщенности подъемного материала выделяется Чиль-Чор-Чашма, стоянки Бешкентская (Амосова, Соловьев, 1976) и Макони-Мор (Ранов, Юркевич, 1973).
Анализ мезолитических комплексов, проведенный еще А.П. Окладниковым и позднее В.А. Рановым, позволил высказать гипотезу об отсутствии культурного единства между сравниваемыми памятниками и существовании двух путей развития мезолита в горных и равнинных районах (Окладников, 1966а, с. 73, 74; Ранов, 1968, с. 27). Как показывает характер исследуемого материала, здесь действительно прослеживается большое разнообразие индустрий, свидетельствующее о культурно-хронологической неоднородности рассматриваемых памятников (Коробкова, 1975, с. 24). В настоящее время после открытия и раскопок новых стоянок эпохи мезолита на территории Южного Таджикистана выделяется по крайней мере четыре разнокультурных и разновременных комплекса (Коробкова, 1982, с. 14–16). Первый комплекс представлен материалами третьего горизонта Туткаула (табл. 99), шестого слоя Ак-Танги и Чиль-Чор-Чашмы (табл. 99), второй — индустрией слоя 2а Туткаула, Даран Шура и др. (табл. 97). Третий характеризуют материалы стоянок Оби-Киик (табл. 99), Куй-Бульон и др. Четвертый комплекс отражает инвентарь горизонта 0 Шугноу. Относительный и абсолютный возраст рассматриваемых комплексов определяется в основном по данным стратиграфии мезолитических слоев Туткаула, Сай-Сайеда, Ак-Танги, Шугноу, радиоуглеродных датировок (Марков, Образцов, 1981, с. 75, 76), полученных для основания горизонта 2 Туткаула, с учетом калибровочных поправок (6070–6310), слоя 6 Ак-Танги (6830–7100), нижних горизонтов Сай-Сайеда (6350–6600, 6250–6500, 5090–5280, 8900–9170) и археологических аналогий с синхронными памятниками Ближнего Востока. В целом весь мезолит Вахшской, Кафирниганской и Пенджской долин можно заключить в рамки XI–VII тысячелетий до н. э. Для того чтобы понять его археолого-культурный аспект, необходимо охарактеризовать каждый из четырех имеющихся комплексов.
Для первого комплекса (типа Туткаул 3) типично использование только кремневого сырья и применение микролитоидной пластинчатой техники расщепления. Основными заготовками являлись микропластины и средние пластины призматической формы неправильных очертаний и мелкие ощепы. Частично используются обломки крупных пластин. Для техники оформления орудий характерна мелкая затупливающая ретушь (реже крупная), нанесенная по двум или трем краям изделия со стороны спинки. Ведущие типы изделий — низкие трапеции и прямоугольники, ретушированные по боковым и верхнему краям (составляющие около 40 % от числа орудий), высокие микроскребки на отщепах и концевые на обломках или сечениях микропластин. Единичны крупные пластины неправильных очертаний с затупливающей ретушью, острия с противолежащей крупнофасеточной ретушью на продольных сторонах, нуклевидные скребки типа Самаркандской стоянки (Коробкова, 1972б), укороченно-конусовидные ядрища со смежными площадками. Незначительные отличия наблюдаются в индустрии Чиль-Чор-Чашмы, где трапеции — прямоугольники с ретушью по трем краям единичны, наряду с ними встречаются трапеции и треугольники высоких пропорций, каковых в горизонте 3 Туткаула и слое 6 Ак-Танги не обнаружено. На наш взгляд, это микрохронологические различия, существовавшие в рамках однокультурной группы памятников. Самобытность комплекса типа Туткаул 3 отмечалась давно (Ранов, Коробкова, 1971). Тогда же был поставлен вопрос о выделении целой группы памятников, близких горизонту 3 Туткаула (Коробкова, 1970, с. 25), и дана их характеристика (Коробкова, 1975, с. 24, 25; 1977, с. 113). В последние годы аналогичного типа стоянки обнаружены А.В. Виноградовым на соседней территории Северного Афганистана (Виноградов, 1979). Это Задиан 2, 3, 6, пункты 424а и 424б. На основании сопоставлений найденных местонахождений с Туткаулом 3 исследователь признал их культурное и хронологическое соответствие по ряду признаков. Позднее выводы А.В. Виноградова нашли подтверждение в работах Г.Ф. Коробковой (Коробкова, 1982, с. 14, 15). В пользу культурно-хронологического сходства сравниваемых материалов указывает наличие идентичных приземистых удлиненных трапеций и прямоугольников с тремя ретушированными краями, их количественное соотношение (30–50 % от числа всех орудий), значительного числа высоких скребков на отщепах и обломках крупных пластин, единичных микропластин неправильных очертаний с вогнутыми ретушированными лезвиями, острий с противолежащей крупнофасеточной ретушью и других типов и полное отсутствие иных геометрических форм, резцов и галечных изделий. В данную группу памятников, но (из-за значительной площади произведенных сборов) с некоторой осторожностью можно включить стоянку Ташкурган 40, имеющую черты сходства с материалами Чиль-Чор-Чашмы. Аналогии проявляются в сочетании приземистых прямоугольников с тремя обработанными краями и укороченных треугольников и сегментов.