Статья в «Еженедельнике ЧК» обсуждалась на всех уровнях. 25 октября 1918 г. Президиум ВЦИК признал, что «высказанные в ней мысли о борьбе с контрреволюцией находятся в грубом противоречии с политикой и задачами Советской Власти. Прибегая по необходимости к самым решительным мерам борьбы с контрреволюционным движением, помня, что борьба с контрреволюцией приняла формы открытой вооружённой борьбы, в которой пролетариат и беднейшее крестьянство не могут отказаться от мер террора, Советская власть отвергает в основе, как недостойные, вредные и противоречащие интересам борьбы за коммунизм меры, отстаиваемые в указанной статье. Президиум Центрального Исполнительного Комитета самым решительным образом осуждает как авторов статьи, так и редакторов “Еженедельника ЧК”, поместивших эту статью».
Президиум ВЦИК постановил детально ознакомиться с деятельностью ВЧК и её отделов и назначил с этой целью специальную комиссию. Одновременно для урегулирования деятельности центральной и местных чрезвычайных комиссий, а также их взаимоотношений с другими советскими учреждениями Президиум ВЦИК назначил комиссию по выработке «Положения о Чрезвычайных комиссиях» под председательством Я.М. Свердлова. Вместе с тем Президиум указал «на необходимость продолжать безпощадную систему борьбы с контрреволюцией и контрреволюционерами».
28 октября 1918 г. Президиум ВЦИК утвердил выработанное комиссией «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях». ВЧК в качестве органа Совета Народных Комиссаров признавалась центральным органом, «объединяющим деятельность местных чрезвычайных комиссий» и работающим в тесном контакте с народными комиссариатами внутренних дел и юстиции. Председатель ВЧК входил в коллегию Народного комиссариата внутренних дел. В свою очередь, комиссариаты внутренних дел и юстиции должны были делегировать своих представителей в ВЧК. Местные чрезвычайные комиссии согласно «Положению» комплектовались местными советами или их исполкомами на равных правах с остальными их отделами, причём члены местных ЧК назначались и отзывались исполкомами. Вышестоящим органам ЧК предоставлялось право посылать в нижестоящие органы своих представителей с правом решающего голоса, а также приостанавливать и отменять их постановления.
Амнистия. По предложению Совета Народных Комиссаров VI Всероссийский Чрезвычайный съезд Советов 6 ноября 1918 г. объявил амнистию.
Постановлением съезда предписывалось освободить из заключения всех лиц, задержанных органами борьбы с контрреволюцией, которым в течение двух недель со дня ареста не было предъявлено или не будет предъявлено обвинения в непосредственном участии в заговоре против советской власти или в подготовке оного, или в организации белогвардейских сил, или в содействии тем партиям и группам, которые явно поставили себе целью вооружённую борьбу против советской власти; освободить из заключения всех заложников, кроме тех из них, временное задержание которых необходимо как условие безопасности товарищей, попавших в руки врагов.
«Всем Революционным Трибуналам и народным судам предписывается в срочном порядке пересмотреть списки осуждённых ими лиц и применять досрочное освобождение в самых широких размерах в отношении тех, чьё освобождение не представляет прямой опасности для республики…»
В постановлении съезда содержалось положение о необходимости предъявлять конкретные обвинения всем задержанным органами борьбы с контрреволюцией и о запрещении каким бы то ни было организациям, кроме ВЧК, брать заложников.
На съезде было принято общее постановление «О революционной законности», которое закрепило требование революционной законности в качестве важнейшего принципа деятельности всех советских учреждений.
В тот период проходило заседание Совета Обороны по поводу взаимодействия ВЧК с транспортными органами. Дело было серьёзное в силу кромешного безпредела и бандитизма, и потому под председательством Ленина была создана специальная комиссия, которая должна была разработать соответствующее положение. Но тут есть один интересный факт. На заседании комиссии Ленин собственноручно написал заметки с предложениями. Лично мне очень понравился один пункт: «Более строго преследовать и карать расстрелом за ложные доносы». Жаль, что это благое пожелание не вошло в официальный текст.
11 декабря 1918 г. Совет Рабочей и Крестьянской Обороны принял постановление «О порядке ареста сотрудников советских учреждений и предприятий». В нём указывалось, что аресты сотрудников вызывают резко отрицательную реакцию и болезненно отзываются на работе учреждений и предприятий, в то время как борьба с ополчившимися на советскую Россию элементами требует напряжения всех сил. Совет Обороны потребовал от ВЧК и её местных органов в случаях, когда представится возможным, предварительно извещать соответствующее ведомство относительно своих постановлений об арестах ответственных работников, инженеров и техников, занятых на промышленных предприятиях и на железной дороге, а если невозможно известить предварительно, то делать это не позднее 48 часов после ареста, сообщая вместе с тем и существо обвинения, предъявленного арестованному. Народным комиссариатам, губернским и городским комитетам партии предоставлялось право посылать своих делегатов для участия в следствии об арестованных гражданах и право освобождать из-под ареста тех, за кого письменно поручатся два члена коллегии комиссариата (управления министерства) или два члена городского или губернского комитета партии. Такое же право предоставлялось губернским и городским советам депутатов — под письменное поручительство всех членов президиума, а также местным или центральным комитетам профсоюзов — под письменное поручительство всех членов правления союза. Во исполнение этого постановления 19 декабря ВЧК издала приказ местным органам, где жёстко объясняли экстремистам, что надо или соблюдать закон или уходить из ЧК.