20 декабря 1918 г. Народный комиссариат юстиции разработал и представил в СНК, ВЦИК и ЦК партии проект реорганизации чрезвычайных комиссий и революционных трибуналов, вносивший изменения в методы и формы деятельности этих органов. Согласно проекту, единственным органом, имеющим право выносить решения по следственным делам, признавался суд — революционный трибунал, а за чрезвычайными комиссиями сохранялись розыскные и следственные функции. В проекте предполагалось усилить возможности именно революционных трибуналов. Так, председатель Московского революционного трибунала А.М. Дьяконов утверждал, что время ЧК в советской стране уже прошло и их следует вообще ликвидировать, а борьбу с контрреволюцией возложить на общие судебно-следственные учреждения. Дьяконов мотивировал это тем, что после освобождения от немцев Латвии, Эстонии и Литвы осенью-зимой 1918/19 г. отделения ЧК там не создавались, и борьба с контрреволюцией возлагались исключительно на следственные комиссии и революционные трибуналы.
Сокращение штатов ЧК. 7 января 1919 г. Коллегия ВЧК решила сократить аппарат чрезвычайных комиссий и ликвидировать уездные ЧК. Это было подтверждено постановлением Президиума ВЦИК от 24 января 1919 г.
6 февраля 1919 г. в ЦК РКП(б) заслушали вопрос о чрезвычайных комиссиях и вынесли постановление о создании комиссии с участием в числе прочих Дзержинского и Сталина, задача которой была разработать новое положение о чрезвычайных комиссиях и революционных трибуналах на основании следующих положений: «1. право вынесения всех приговоров должно быть передано из ЧК в Ревтрибуналы; 2. аппарат ЧК должен остаться в качестве, во-первых, розыскных органов и, во-вторых, органов непосредственной борьбы с вооружёнными выступлениями (бандитскими, контрреволюционными и т. п.); 3. за ЧК сохраняется право расстрелов при объявлении местности на военном положении, если это право предусмотрено самим Постановлением об объявлении той или иной местности на военном положении».
17 февраля 1919 г. ВЦИК принял постановление «О Всероссийской Чрезвычайной комиссии», в первой статье которого говорилось о том, что у ЧК изъято право выносить приговоры по всем делам, возникающим в ЧК, и это право передаётся реорганизованным трибуналам. Постановление предусматривало основные принципы реорганизации революционных трибуналов с целью обеспечения эффективного и быстрого рассмотрения дел. Ревтрибуналам предоставлялось право проверки следственных действий чрезвычайных комиссий и законности содержания арестованных.
Хотелось бы напомнить одну особенность того периода — все органы власти были ещё многопартийными. На этом заседании от большевистской фракции выступил Дзержинский: «Мне кажется, что необходимость в реорганизации ЧК и Революционных Трибуналов настолько назрела, что возражать по этому поводу едва ли кто будет серьёзно. Методы враждебной деятельности против Советской власти в настоящее время изменились. Массовых сплочённых контрреволюционных сил на советской территории уже нет. Поэтому теперь нужно наказывать отдельных преступников через Революционные Трибуналы… Новое Положение проводит разделение труда и взаимное дополнение. ЧК будет доставлять материалы в ревтрибунал, для того чтобы последний судил…» (Из истории ВЧК. 1917–1921 гг. Сборник документов.)