Начнем с того, что обстоятельства, связанные с исчезновением бакинских комиссаров, остаются во многом загадочными. 25 июля 1918 года на расширенном заседании Баксовета при обсуждении вопроса обороны города от наступления турецко-мусаватистских войск 258 голосами против 236 было принято решение об обращении за помощью к находившимся в соседней Персии англичанам. Совнарком решил сложить свои полномочия под предлогом, что помощь англичан «противоречит условиям Брестского договора».
Баксовет образовывал новое правительство — Диктатуру Центрокаспия. 9 августа 1918 года глава правительства Советской России Владимир Ленин посылает запрос председателю астраханского военсовета: «Положение Баку для меня неясно. Кто у власти? Где Шаумян? Запросите Сталина и действуйте по соображениям всех обстоятельств. Вы знаете, что я доверяю Шаумяну полностью».
Вскоре в Баку появляется со своим отрядом Г. К. Петров. 3 сентября 1918 года газета «Известия ВЦИК» печатает сообщение из Баку: «15 августа весь день на Петровской пристани выгружаются пароходы, прибывшие из Астрахани. На них находится большое количество вооружений. Эти части, прибыв в Баку и узнав, что Советской власти в городе больше не существует, а в Баку находятся несколько сот англичан, на своих собраниях выносили резолюции с требованием восстановления Советской власти». Г. К. Петров срочно телеграфирует Ленину: «Приходится вести борьбу с партиями, о которых в России почти не слышали. Как-то: дашнакцутюн и пр. Главное, у многих партий явно английская ориентация. Теперь все зависит от быстроты переброски моих частей сюда».
Но у Петрова в Баку ничего не получилось. Он принимает решение покинуть Баку. Ночью во время сильного шторма отряд Петрова вместе с комиссарами покидает на пароходах город. Однако им вдогонку бросились военные суда Каспийской флотилии, которые под угрозой обстрела заставляют корабли вернуться назад в Баку. Комиссаров арестовывают, обвиняя их в дезертирстве. Начинаются непростые переговоры.
В конце августа 1918 года в Баку прибывает из Астрахани Георгий Стуруа. Эсерам Саакянцу и Велунцу и меньшевику Садовскому — лидерам новой бакинской власти — он предлагает план. Большевики согласны оказывать помощь войсками — в течение недели из Астрахани прибудет 7–8 тысяч красноармейцев, освобождаются из заключения комиссары, начинается отпуск нефти в РСФСР, проблема власти остается открытой до разгрома турок.
Диктатура отвечает своими условиями: пропустить из Поволжья через Астрахань белочехов в обмен на беспрепятственную поставку нефти большевистской России. Переговоры срываются. Объявляется, что бакинские комиссары будут преданы суду. В дело опять вступает Петров. В обмен на освобождение из-под ареста комиссаров он направляет свои части на фронт и отбивает первый штурм турецко-мусаватистских частей. И все же бакинские комиссары на городской конференции принимают окончательное решение: покинуть город. Диктатура Центрокаспия вновь их арестовывает и принимает окончательное решение предать их военно-полевому суду.
Но в суматохе комиссарам удается покинуть город. Правда, намечавшийся поначалу план эвакуации на пароходе «Севан» таинственным образом срывается. Анастас Микоян договаривается с дашнаками, они предоставляют свой пароход «Туркмен», на котором и начались необычные приключения.
Дальнейший ход событий описывает в своих мемуарах сам Анастас Микоян. Пароход «Туркмен» был забит беженцами и вооруженными солдатами. Когда он отчалил от пристани и вышел из бухты, Микоян подошел к Шаумяну и сообщил, что все капитаны имеют предписание идти в Петровск, куда эвакуировалась Диктатура Центроскаспия.
Микоян предлагает переговорить с капитаном, чтобы заставить его незаметно изменить курс на Астрахань. Поначалу тот соглашается, но взбунтовалась команда, которая не пожелала отправляться к большевикам. Принимается решение идти на Красноводск.
Утром 16 сентября «Туркмен» был остановлен на рейде Красноводска баркасом «Бургас» с военными. Шаумян собирает всех в кают-компании и заявляет, что «нас будут арестовывать», и поэтому нужно спуститься вниз, чтобы смешаться с пассажирами, попытаться проскочить через контроль, пробраться в город с тем, чтобы добраться потом до Астрахани или до Ташкента.
Удалось пройти два пункта проверки. Но на третьем было арестовано 35 человек. Их поместили в арестный дом, стали выяснять, кто из задержанных Шаумян, Азизбеков, Джапаридзе. Позже, как пишет Микоян, часть арестованных была переправлена в ашхабадскую тюрьму.