Российские и грузинские меньшевики попытались даже перетянуть на свою сторону Степана Шаумяна. Для этого в Баку была направлена жена Льва Дейча Эсфирь. Она убеждала лидера Бакинской коммуны в том, что Владимир Ленин мог бы «поддержать новые национальные правительства» Кавказа, что иной ход событий — это политическое усиление Сталина.
Но как бы то ни было, попытка вооруженного переворота в Тифлисе провалилась. Тогда из Царицына Сталин поставил перед Шаумяном другую задачу: захватить Гянджу. 2 июня 1918 года по приказу Шаумяна вооруженные силы Бакинского Совета начали наступление на этот город. В ответ азербайджанское правительство обратилось за военной помощью к Турции. 4 июня 1918 года в Батуме между делегациями Азербайджана и Турции был заключен договор о мире и дружбе Азербайджанской Республики и Османской Турции. И уже на следующий день, 5 июня 1918 года в Гяндже появились части 5-й турецкой дивизии под командованием Мюрсель-паши. Через день из Иранского Азербайджана прибыл отряд Назим-паши численностью в 7 тыс. солдат. Азербайджанское правительство с помощью турецких офицеров, еще до этого времени находившихся в Гяндже под командованием Нури-паши, смогло в короткий срок сформировать «Особый Азербайджанский корпус», объединенный с турецкими войсками в Кавказскую исламскую армию. И только после этого 16 июня 1918 года члены Национального Совета и правительство Азербайджанской Республики переехали из Тифлиса в Гянджу.
Но тут произошло невероятное. «Гянджинские турки», которые, как выяснилось позже, ориентировались не на официальный Стамбул, а на Мустафу Кемаля. Они потребовали роспуска азербайджанского Национального Совета и роспуска сформированного в Тифлисе «социалистического кабинета министров». Советник турецкого генерала Нури-паши Ахмед-бек Агаев во время беседы с Хан-Хойским настаивал на роспуске Совета и составлении нового правительственного кабинета, подчеркивая при этом, что в противном случае турки не будут защищать правительство. 17 июня 1918 года состоялось заседание Национального Совета Азербайджана, который под давлением турецкого командования сформировал новое правительство и упразднил Национальный Совет. Власть — законодательная и исполнительная — до созыва Учредительного собрания была передана второму Временному правительству, сформированному также под председательством Хан-Хойского.
Состав второго правительства был следующим: председатель Совета Министров — Фатали-хан Хойский; министры — Мамед Гасан Гаджинский, Насиб-бек Усуббеков, Алимардан-бек Топчибашев, Бейбут Ага Джаваншир, Халил-бек Хасмамедов, Хосров Паша-бек Султанов, Худадат-бек Рафибеков, Худадат-бек Мелик-Асланов, Ага Ашуров, Абдул Али-бек Амирджанов, Мусса-бек Рафиев. Это были уже не «социалисты», а представители «определенных кругов», имевших широкие международные контакты самого различного свойства. Например, министр внутренних дел Бейбут Ага Джаваншир поддерживал активные контакты со Сталиным, вел переписку с командованием Красной Армии.
Национальный Совет в то время принял решение о созыве Учредительного Собрания в течение короткого времени, а до этого правительство Хойского должно было держать власть в своих руках и никому ее не уступать «до поры до времени». В то же время Национальный Совет Азербайджана конкретно определил права и полномочия правительства до созыва Учредительного собрания не позднее, чем через шесть месяцев.
Дело было в том, что в соответствии с договором от 27 апреля 1918 года между московскими большевиками и Берлином Азербайджан был введен в сферу влияния Германии. Поэтому она не признала заключенный 4 июня 1918 года договор между азербайджанским кабинетом министров и турецкими военными, особенно в той части, где турки получили в свои руки нефтяную промышленность, суда каспийской флотилии, нефтепровод Баку — Батуми и ряд других предприятий азербайджанской промышленности. Немцы были также недовольны и тем, что турки в конце мая и начале июня ввели в Азербайджан крупные воинские подразделения. В результате сложилась крайне сложная, запутанная ситуация.
Берлин, признавший правительство Ноя Жордания, точно такую же акцию мог провести и в отношении азербайджанского правительства. Тогда получалось, что в роли союзников в Закавказье могли выступать московский большевистский Совнарком, Тифлис, азербайджанское правительство и Бакинский совет. В таком случае военный поход Степана Шаумяна на Гянджу приобретал смысл только в одном случае: если он поможет Хан-Хойскому избавиться от турецких войск, возглавляемых Нури-пашой, который не признавал азербайджанское правительство. Берлин исходил также из того, что Баку все же удастся удержаться в руках Бакинского Совета и азербайджанского правительства. Но для этого лидеры Бакинской коммуны должны были создать необходимые условия для переезда азербайджанского правительства в Баку, затем распустить Бакинский Совет и принять участие в выборах в Учредительное собрание. На этом направлении Берлин вел в Азербайджане активную работу. Немцы имели в Гяндже своих специальных представителей, снабжали оружием и боеприпасами азербайджанские отряды. С другой стороны, Нури-паша, контролировавший с помощью своих аскеров почти весь запад Азербайджана, установил контакты с находившимся в соседней Персии английским командованием.