Их совместная жизнь сложилась не сразу. Сначала Елена Сергеевна часто бывала в доме Булгаковых, подружилась с женой Михаила Афанасьевича Любовью Евгеньевной. В марте 1930 года она, несмотря на противодействие Шиловского, помогала Булгакову печатать и разносить по адресам знаменитое письмо Правительству СССР.
В конце 1930 или в начале 1931 года муж Елены Сергеевны узнал о ее любовной связи с Булгаковым. Сохранился отрывок письма Булгакова к Шиловскому: «Дорогой Евгений Александрович, я виделся с Еленой Сергеевной по ее вызову, и мы объяснились с нею. Мы любим друг друга так же, как любили раньше. И мы хотим пожениться».
3 сентября 1932 года Е. А. Шиловский написал родителям Елены Сергеевны в Ригу: «Дорогие Александра Александровна и Сергей Маркович! Когда Вы получите это письмо, мы с Еленой Сергеевной уже не будем мужем и женой. Мне хочется, чтобы Вы правильно поняли то, что произошло. Я ни в чем не обвиняю Елену Сергеевну и считаю, что она поступила правильно и честно. Наш брак, столь счастливый в прошлом, пришел к своему естественному концу… Мы хорошо прожили целый ряд лет и были очень счастливы. Я бесконечно благодарен Люсе за то огромное счастье и радость жизни, которые она мне дала в свое время. Я сохраняю самые лучшие и светлые чувства к ней и к нашему общему прошлому. Мы расстаемся друзьями».
Детей Шиловские поделили: старший — Женя — остался с отцом, младший — Сережа — с матерью.
С 1 сентября 1933 года Елена Сергеевна стала вести дневник, который стал одним из наиболее важных источников биографии Булгакова. Этот дневник свидетельствует о том, что в совместной жизни Елены Сергеевны и Булгакова не было ни одной ссоры. Удивительно, если учесть, как непросто складывалась дальнейшая жизнь писателя.
В Елене Сергеевне Михаил Афанасьевич обрел не только настоящего друга и возлюбленную, но и талантливого литературного секретаря, биографа, преданного и неутомимого сотрудника. Она всегда была в курсе его творческих планов.
В своих воспоминаниях известный сценарист С. А. Ермолинский писал, что у Булгакова появился дом, и дом этот дышал и жил его тревогами и его надеждами. В этом доме, где он ежедневно, ежечасно чувствовал, что он не неудачник, а писатель, делающий важное дело, талантливый писатель, не имеющий права сомневаться в своем назначении и в своем прочном, не зависящем ни от кого, ни от одного власть имущего человека, месте на земле — в своей стране, в своей литературе.
Дом их, словно назло всем враждебным стихиям, сиял счастьем и довольством! А ведь были, пожалуй, одни лишь долги при самом туманном будущем. Хозяйка была энергична и безудержно легкомысленна. И жизнь перестала быть страшной. Ведь счастье начинается с повседневности. «Славьте очаг», — повторялось у Булгакова во многих письмах, и не только в то время.
Писатель продолжает работу над романом «Мастер и Маргарита» и пьесой о Мольере. В октябре 1931 года он заключил договор о постановке этой пьесы с Ленинградским БДТ и с МХАТом.
В Ленинграде постановка «Мольера» была сорвана рядом резких критических статей в местной прессе, а в МХАТе репетиции затянулись на пять лет. Спектакль был показан в марте 1935 года К. С. Станиславскому, но ему постановка не понравилась, особенно много претензий было у него к булгаковскому тексту. Однако автор категорически отказался вносить в пьесу изменения. Позже Булгаков в одном из писем писал: «Мною многие командуют. Теперь накомандовал Станиславский. Прогнали для него Мольера (без последней картины (не готова)), и он, вместо того чтобы разбирать постановку и игру, начал разбирать пьесу.
В присутствии актеров (на пятом году!) он стал мне рассказывать о том, что Мольер гений и как этого гения надо описывать в пьесе. Актеры хищно обрадовались и стали просить увеличивать им роли.
Мною овладела ярость. Опьянило желание бросить тетрадь, сказать всем: пишите вы сами про гениев и про негениев, а меня не учите, я все равно не сумею».
Поскольку Станиславский отказался от репетиций, то за постановку взялся его сподвижник Вл. П. Немирович-Данченко. Он высоко отзывался о таланте Булгакова: «…хочется сказать несколько слов об авторе. Мне хочется подчеркнуть то, что я говорил много раз, что Булгаков едва ли не самый яркий представитель драматургической техники. Его талант вести интригу, держать зал в напряжении в течение всего спектакля, рисовать образы в движении и вести публику к определенной заостренной идее — совершенно исключителен, и мне сильно кажется, что нападки на него вызываются недоразумениями».